參考書：《Numerical Ecology with R》-Daniel Borcard -F-P

1钥星、基礎(chǔ)函數(shù)(數(shù)據(jù)Doubs魚類數(shù)據(jù))

table統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)出現(xiàn)的頻次

> z

?[1] 1 1 1 2 5 5 7 7 7 7 7 7

> table(z)

z

1 2 5 7?

3 1 2 6?

unlist函數(shù)的作用，就是將list結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)满着，變成非list的數(shù)據(jù)谦炒，即將list數(shù)據(jù)變成字符串向量或者數(shù)字向量的形式。不以列表形式展示

> j<-list(c(1,2,3),5)

> j

[[1]]

[1] 1 2 3

[[2]]

[1] 5

> unlist(j)

[1] 1 2 3 5

nrow 提取數(shù)據(jù)總行數(shù)

ncol 提取數(shù)據(jù)總列數(shù)

head 只展示數(shù)據(jù)前幾行

定義數(shù)據(jù)目標(biāo)數(shù)據(jù)风喇，對(duì)于大數(shù)據(jù)宁改，只需要顯示前幾行或者前幾列時(shí)如spe數(shù)據(jù)

spe( 1:5 , 1:10 ) 表示顯示數(shù)據(jù)spe前五行前五列

dim 提取數(shù)據(jù)框維度（行數(shù)列數(shù)）

> dim(spe)

[1] 30 27

colnames 提取數(shù)據(jù)列數(shù)

rownames 提取數(shù)據(jù)行數(shù)

summary 以列為單位對(duì)列變量進(jìn)行描述性統(tǒng)計(jì)

> summary(spa)

? ? ? ?X? ? ? ? ? ? ? ? Y? ? ? ? ?

?Min.? ?:? 0.00? ?Min.? ?: 20.00??

?1st Qu.: 80.94? ?1st Qu.: 42.13??

?Median : 96.56? ?Median : 73.14??

?Mean? ?: 97.58? ?Mean? ?: 66.57??

?3rd Qu.:130.03? ?3rd Qu.: 89.13??

?Max.? ?:159.44? ?Max.? ?:105.43??

?range 數(shù)據(jù)范圍?

range(spe)

[1] 0 5

barplot? 柱狀圖

?barplot(height, width = 1, space = NULL,names.arg = NULL, legend.text = NULL,beside = FALSE,horiz = FALSE, density = NULL, angle =45,col = NULL,?border =par("fg"),main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL,ylab = NULL,xlim = NULL, ylim = NULL, xpd = TRUE,log = "",axes = TRUE,?axisnames = TRUE, cex.axis=par("cex.axis"),cex.names=par("cex.axis"), inside = TRUE, plot = TRUE, axis.lty =0, offset = 0, add = FALSE, args.legend = NULL, ...)

density:底紋的密度。默認(rèn)值為NULL

angle：設(shè)置底紋的斜率

names.arg:邊框的名字

xlim和ylim:設(shè)置圖形x軸與y軸的范圍魂莫。

xlab和ylab：設(shè)置x軸與y軸的lable

axes:邏輯參數(shù)还蹲。設(shè)置圖形是否顯示x軸或y軸。(如果TRUE耙考，垂直（或水平谜喊，horiz如果是真實(shí)的）軸繪制)

las：與axes參數(shù)相對(duì)應(yīng)，表示坐標(biāo)軸label的方向（0和1）

plot:邏輯參數(shù)倦始。設(shè)置是否顯示條形圖斗遏。

beside:邏輯參數(shù)。如果FALSE楣号，那么將繪畫堆疊式的條形最易；如果是TRUE怒坯，將繪畫并列式條形炫狱。

cex.axis:設(shè)置坐標(biāo)軸數(shù)值的膨脹率藻懒。比如cex.axis=1.5

cex.names:?設(shè)置條形標(biāo)簽（barlabels）的膨脹率。比如cex.axis=1.5

col:?設(shè)置條形底紋或者填充顏色视译。

gray:由白色到黑色的gray(0:8 / 8)0為純白嬉荆，1為純黑，這兒分了8個(gè)程度

border：設(shè)置條形邊緣顏色酷含。如果設(shè)置為NA鄙早，則消除了邊緣

width：設(shè)置條形的寬度

axis.lty:設(shè)置x軸的類型（類似lty）。默認(rèn)axis.lty=0

names.arg:設(shè)置條形標(biāo)簽（barlabels）椅亚。

horiz：邏輯參數(shù)限番。設(shè)置圖形是水平或是垂直

space：設(shè)置各個(gè)條形間的寬度。相當(dāng)于各個(gè)條形寬度的一部分呀舔。

axisnames：邏輯參數(shù)弥虐。設(shè)置是否顯示條形標(biāo)簽

xaxt= "n"?去除橫坐標(biāo)

yaxt?= ?"n"去除縱坐標(biāo)

legend.text =?是添加文本

args.legend?文本的位置topright，topleft媚赖，（args.legend = list(x = "topleft", cex=2)）

add = “TRUE”將barplot加在目前已經(jīng)有的圖上

添加坐標(biāo)軸的標(biāo)簽

axis(side=1, c(-2, 0, 2),tcl=-0.2, labels=FALSE)#添加坐標(biāo)軸霜瘪，slide=1代表橫坐標(biāo)，slide=2代表縱坐標(biāo)惧磺，tcl的值代表添加坐標(biāo)軸的那個(gè)刻度的長度颖对，

圖例函數(shù)legend()主要參數(shù)解釋：

除了利用x,y設(shè)置圖例的坐標(biāo)外，用”topleft”磨隘， "center"缤底，"bottomright"等設(shè)置位置非常方便。ncol設(shè)置圖例的列數(shù), ?horiz設(shè)置圖例的排列方向番捂。常有的參數(shù)還有col训堆，lty，pch

?legend(x,y = NULL, legend, fill = NULL, col = par("col"),border="black", lty, lwd, pch,angle = 45, density = NULL, bty = "o", bg =par("bg"),box.lwd = par("lwd"), box.lty= par("lty"), box.col = par("fg"),pt.bg= NA, cex = 1, pt.cex = cex, pt.lwd = lwd,xjust = 0, yjust = 1, x.intersp = 1,y.intersp = 1,adj = c(0, 0.5), text.width = NULL,text.col = par("col"),merge = do.lines && has.pch,trace = FALSE,plot = TRUE, ncol = 1, horiz = FALSE,title = NULL, inset = 0, xpd, title.col = text.col)?

x和y:設(shè)置圖例在圖片上的位置。

title：設(shè)置圖例標(biāo)題凛忿。（在圖例盒子里）持灰。

title.col：設(shè)置圖例標(biāo)題的顏色。

text.col:?設(shè)置圖例中文本文字的顏色鲁沥。比如說：text.col=’red’。

text.width:?設(shè)置圖例文本文字的寬度耕魄。寬度比例與x軸相關(guān)画恰。

trace：邏輯參數(shù)。如果設(shè)置為TRUE吸奴，那么顯示出函數(shù)計(jì)算過程允扇。

fill:?設(shè)置一個(gè)填充了指定顏色的盒子放在文本旁邊缠局。

border：指定該盒子的邊緣顏色。

lty與lwd：設(shè)置圖例中線條的類型以及粗細(xì)考润。

density與angle:設(shè)置圖例中小盒子的底紋密度和角度狭园。

bty:設(shè)置圖例盒子的類型。只能選擇o或者n糊治。

bg：設(shè)置圖例盒子的背景顏色唱矛。

box.lty/box.lwd/box.col：設(shè)置圖例盒子邊緣線類型，粗細(xì)井辜，顏色绎谦。

pt.bg：設(shè)置圖例中點(diǎn)的背景顏色。

pt.cex：設(shè)置點(diǎn)的膨脹率粥脚。

pt.lwd：設(shè)置點(diǎn)的邊緣線的粗細(xì)窃肠。

xjust與yjust:上下調(diào)整圖例的位置。

x.intersp與y.intersp：設(shè)置圖例盒子空間大小刷允。

ncol:設(shè)置圖例顯示的列數(shù)冤留。

horiz:設(shè)置水平方式顯示圖例。默認(rèn)為垂直方式顯示

hist()： breaks設(shè)置每個(gè)柱的間距恃锉；freq柱圖表示count或frequency搀菩；polt設(shè)置是否畫圖；density和angle可以設(shè)置柱上的斜線破托；axes設(shè)置是否需要畫坐標(biāo)軸肪跋； cor設(shè)置柱圖的顏色；border設(shè)置柱圖邊界的顏色土砂；xlim設(shè)置橫軸范圍州既；ylim設(shè)置縱軸范圍。

layout()：mat用矩陣設(shè)置窗口的劃分萝映，矩陣的0元素表示該位置不畫圖吴叶，非0元素必須包括從1開始的連續(xù)的整數(shù)值，比如：1……N序臂，按非0元素的大小設(shè)置圖形的順序蚌卤。widths用來設(shè)置窗口不同列的寬度，heights設(shè)置不同行的高度奥秆。par()的mfcol,和mfrow參數(shù)也有類似layout的功能逊彭，不過相對(duì)layout就遜色多了。

par()：mar設(shè)置圖離四個(gè)邊緣的距離构订；bg設(shè)置背景顏色侮叮；xaxt和yaxt設(shè)置坐標(biāo)軸標(biāo)簽的類型（=”n”表示不畫軸標(biāo)簽）；xlim和ylim設(shè)置坐標(biāo)軸的范圍悼瘾。

axis()：las設(shè)置坐標(biāo)軸標(biāo)簽的方式（水平囊榜，垂直……）审胸。

mtext()：為四個(gè)坐標(biāo)軸添加標(biāo)簽。

text()：在給定坐標(biāo)的位置寫字卸勺。

lines()：lty設(shè)置線的類型砂沛；lwd設(shè)置線的寬度。

points()：pch設(shè)置點(diǎn)的類型孔庭。

heatmap()：Rowv和Colv設(shè)置是否需要按行或列聚類尺上；scale設(shè)置是否需要按行或列標(biāo)準(zhǔn)化材蛛；na.rm設(shè)置是否移去NA圆到；RowSideColors和ColSideColors可以在行或列邊緣添加顏色；keep.dendro設(shè)置是否畫聚類樹卑吭。

dendrogram()：'nodePar'和'edgePar'都是list芽淡，可以方便的設(shè)置節(jié)點(diǎn)和邊的各種屬性，如：顏色豆赏，樣式挣菲，寬度，標(biāo)簽……掷邦。

plot 散點(diǎn)圖

plot(x, y = NULL, type = "p", xlim = NULL, ylim = NULL, log = "", main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ann = par("ann"), axes = TRUE, frame.plot = axes, panel.first = NULL, panel.last = NULL, asp = NA, ...)

主要參數(shù)的含義如下：

（1）type為一個(gè)字符的字符串白胀，用于給定繪圖的類型，可選的值如下：

"p"：繪點(diǎn)（默認(rèn)值）抚岗；

"l"：繪制線或杠；

"b"：同時(shí)繪制點(diǎn)和線；

"c"：僅繪制參數(shù)"b"所示的線宣蔚；

"o"：同時(shí)繪制點(diǎn)和線向抢，且線穿過點(diǎn)；

"h"：繪制出點(diǎn)到橫坐標(biāo)軸的垂直線胚委；

"s"：繪制出階梯圖（先橫后縱）挟鸠；

"S"：繪制出階梯圖（先縱后豎）；

"n"：作空?qǐng)D亩冬。

（2）main參數(shù) 字符串艘希，給出圖形的標(biāo)題；

（3）sub參數(shù) 字符串硅急，給出圖形的子標(biāo)題覆享；

（4）xlab 和 ylab參數(shù) 字符串，用于給出x軸和y軸的標(biāo)簽铜秆。

（5）xlim 和 ylim參數(shù) 都是二維向量淹真，分別表示x軸和y軸的取值范圍。

1连茧、符號(hào)和線條

? ? pch：指定繪制點(diǎn)所使用的符號(hào)核蘸，取值范圍[0, 24]巍糯，其中4是“差號(hào)”，20是“點(diǎn)”

? ? cex：指定符號(hào)的大小客扎。cex是一個(gè)數(shù)值祟峦，表示pch的倍數(shù)，默認(rèn)是1.5倍

? ? lty：指定線條類型徙鱼。lty=1代表實(shí)線宅楞，2至6都是虛線，虛的程度不一樣

? ? lwd：指定線條寬度袱吆，默認(rèn)值為lwd=1厌衙，可以適當(dāng)修改1.5倍、2倍等

2绞绒、顏色

? ? col：默認(rèn)繪圖顏色婶希。某些函數(shù)(如lines、pie)可以接受一個(gè)含有顏色值的向量蓬衡，并自動(dòng)循環(huán)使用喻杈。

? ? ? ? ? ?例如：col=c("red", "blue")需要繪制三條線，那么三條顏色分別為red狰晚、blue筒饰、red

? ?col.axis：坐標(biāo)軸刻度文字的顏色，不是坐標(biāo)軸的顏色

? ? col.lab：坐標(biāo)軸標(biāo)簽(名稱)的顏色

? ? col.main：標(biāo)題的顏色

? ? col.sub：副標(biāo)題的顏色

? ? fg：圖形的前景色

? ? bg：圖形的背景色( 先要用pch指定形狀)

3壁晒、文本屬性(用來指定字號(hào)瓷们、字體、字樣)

? ? cex.axis：坐標(biāo)軸刻度文字的縮放倍數(shù)

????cex.lab：坐標(biāo)軸標(biāo)簽(名稱)的縮放倍數(shù)

? ? cex.main：標(biāo)題的縮放倍數(shù)

? ? cex.sub：副標(biāo)題的縮放倍數(shù)

? ? font：整數(shù)讨衣。用于指定字體樣式换棚。1常規(guī)、2粗體反镇、3斜體固蚤、4粗斜體

4、圖形尺寸與圖形邊界

? ? pin：以英寸表示圖形的寬和高

? ? mai：以數(shù)值向量表示邊界大小歹茶，順序?yàn)?下夕玩、左、上惊豺、右"燎孟，單位為英寸

????mar：以數(shù)值向量表示邊界大小，順序?yàn)?下尸昧、左揩页、上、右"烹俗，單位為英分爆侣，默認(rèn)值c(5, 4, 4, 2)+0.1

5萍程、標(biāo)題

? ? 可以使用函數(shù)title，格式為：

? ? ? ? title(main = " ", sub = " ", xlab = " ", ?ylab = " ")

? ?也可以直接把title里面的參數(shù)直接放在plot()里面

6兔仰、坐標(biāo)軸

? ? ?axes=FALSE ?將禁用全部坐標(biāo)軸茫负，框架和刻度全部沒有了

? ? ?xaxt="n" ? 禁用x軸的刻度線

? ? ?yaxt="n" ? 禁用y軸的刻度線

? ? ?asp 限定?y/x?aspect 比率

也可以通過axis函數(shù)自定義axis(……) ? ?

? ? ?side：一個(gè)整數(shù)。表示在圖形的哪邊繪制坐標(biāo)軸（1=下乎赴，2=左忍法，3=上，4=右）

? ??at：一個(gè)數(shù)值向量榕吼，表示需要繪制刻度線的位置

????labels：一個(gè)字符型向量(也可以是數(shù)值型)饿序，表示刻度線旁邊的文字標(biāo)簽(刻度值)，如果整個(gè)不寫友题，則直接使用at的值

? ? ?col：線條和刻度的顏色

? ? ?lty：線條類型

? ? ?las：標(biāo)簽的字體是否平行(=0)或者垂直(=2)坐標(biāo)軸

? ? ?tck：刻度線的長度(默認(rèn)值-0.01嗤堰，負(fù)值表示刻度在圖形外戴质，正值表示刻度在圖形內(nèi)側(cè))

7度宦、參考線

? ? ?????????abline(h=yvalues, v=xvalues)

????????????例如：plot(1:10)

? ? ? ? ? ? ?abline(h = c(1, 5)) ?#則在y=1和5處各有一條水平線

????????????abline(v = c(1, 5)) ?#則在x=1和5處各有一條垂直線

lines 給散點(diǎn)圖連接直線

text 坐標(biāo)軸中添加文字，格式：text(x,y,"內(nèi)容",cex = ,col= )

par 繪圖窗口分成多個(gè)區(qū)域

par(mfrow=c(a,b)):分成a行b列

apply?

例子：

b為：

? ? ? first second

one? ? ? 1? ? ? 4

two? ? ? 2? ? ? 5

three? ? 3? ? ? 6

apply(b,1,sum)

上面的指令代表對(duì)矩陣b進(jìn)行行計(jì)算告匠，分別對(duì)每一行進(jìn)行求和戈抄。函數(shù)涉及了三個(gè)參數(shù)：

第一個(gè)參數(shù)是指要參與計(jì)算的矩陣；

第二個(gè)參數(shù)是指按行計(jì)算還是按列計(jì)算后专，1——表示按行計(jì)算划鸽，2——按列計(jì)算；

第三個(gè)參數(shù)是指具體的運(yùn)算參數(shù)戚哎。

sort 數(shù)據(jù)按照升序排列

hist? 立方圖

x: 用于繪制直方圖的數(shù)據(jù)裸诽，該參數(shù)的值為一個(gè)向量

break : 該參數(shù)的指定格式有很多種

第一種： 指定一個(gè)向量，給出不同的斷點(diǎn)

breaks = c(0.5, 1.5, 2.5, 3.5)

第二種：指定分隔好的區(qū)間的個(gè)數(shù)型凳，會(huì)根據(jù)區(qū)間個(gè)數(shù)自動(dòng)去計(jì)算區(qū)間的大小

breaks = seq(0,30,by = 5)

freq: 邏輯值丈冬，默認(rèn)值為TRUE , y軸顯示的是每個(gè)區(qū)間內(nèi)的頻數(shù)，F(xiàn)ALSE, 代表顯示的是頻率（= 頻數(shù)/ 總數(shù)）

probability : 邏輯值甘畅，和 freq 參數(shù)的作用正好相反埂蕊，TRUE 代表頻率， FALSE 代表頻數(shù)

?labels: 顯示在每個(gè)柱子上方的標(biāo)簽疏唾，

axes : 邏輯值蓄氧，是否顯示軸線

?col : 柱子的填充色

border : 柱子的邊框的顏色，默認(rèn)為black, 當(dāng)border = NA 時(shí)槐脏， 代表沒有邊框

densitty 和 angle , 用線條填充柱子

seq??生成一系列的數(shù)值

seq(a,b,c)

開始數(shù)值為a喉童，結(jié)束數(shù)值為b，步長c,無步長默認(rèn)為1

+, -, * , /?矩陣的四則運(yùn)算顿天，對(duì)應(yīng)位置的元素進(jìn)行運(yùn)算要求矩陣的維數(shù)必須相同

t() 矩陣的行列轉(zhuǎn)置

colSums() 分別對(duì)矩陣的每一列進(jìn)行求和

rowSums() 分別對(duì)矩陣的每一行進(jìn)行求和

colMeans() 分別對(duì)矩陣的每一列進(jìn)行求平均值

rowMeans() 分別對(duì)矩陣的每一行進(jìn)行求平均值

det() 解方程的行列式

crossprod() 解兩個(gè)矩陣的內(nèi)積

outer() 解兩個(gè)矩陣的外積堂氯，又叫叉積

%*% 矩陣乘法重抖，要求第一個(gè)矩陣的列數(shù)與行數(shù)相同

diag() 對(duì)矩陣取對(duì)角元素，若對(duì)象為向量（不管有沒有缺失值）祖灰，則生成以向量為對(duì)角元素的對(duì)角矩陣

solve() 在矩陣可逆的情況下钟沛，對(duì)矩陣求逆矩陣

eigen() 對(duì)矩陣求解特征值和特征向量