1，日常生活中使用的顏色
日常生活中，我們經(jīng)常提到各種顏色想暗，例如赤橙黃綠青藍(lán)紫麻敌，中國(guó)紅栅炒，香蕉黃等，一般用來(lái)定性描述物體的顏色屬性术羔，不夠精確赢赊，例如，紅色级历，是紅綠燈的紅色释移，還是蘋果的紅色？所以一般不在科技論文中使用寥殖。
2秀鞭，RGB配色方案
最常用的顏色方案為RGB顏色趋观，其中R表示紅色（red），G表示綠色（green）锋边，B表示藍(lán)色（blue）皱坛，即所謂的三元色，通過三元色豆巨，可以衍生出來(lái)成千上萬(wàn)種顏色剩辟。該顏色方案一般使用6位16進(jìn)制的值（0-9，加上A往扔、B贩猎、C、D萍膛、E吭服、F，共16個(gè)值）來(lái)表示蝗罗，其中前兩位是Red的值艇棕，中間兩位是Green的值，最后兩位是Blue的值串塑，每種顏色數(shù)值范圍從00到FF沼琉，共16*16種，因此6位可以表示的顏色種類高達(dá)：16*16*16*16*16*16桩匪，約等于1600多萬(wàn)種顏色打瘪。當(dāng)然，我們幾乎用不到這么多種顏色傻昙，而且人眼也沒辦法區(qū)分細(xì)微顏色差別闺骚。
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圖1. 三元色
3，透明度（alpha）
alpha一般用作不透明度參數(shù)妆档。如果alpha為0葛碧，就是完全透明的，alpha為1表明完全不透明过吻。在0-1之間的值可以使得圖像透過背景顯示出來(lái)进泼，就像透過玻璃（半透明性），這種效果是簡(jiǎn)單的二元透明性（透明或不透明）做不到的纤虽。例如在做venn圖的時(shí)候乳绕，就需要設(shè)置透明度，這樣中間的重疊部分才能顯示出來(lái)。否則中間重疊部分就不能完整顯示出來(lái)。因此菇用，我們也可以在RGB顏色的基礎(chǔ)上，使用RGBA顏色菠发，這里的A就是alpha王滤。
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圖2. 透明度
4，背景色
一般情況下滓鸠，我們作圖使用的數(shù)據(jù)圖背景色均為白色雁乡，而在模式圖中使用背景色能夠區(qū)分不同的區(qū)域或者范圍，給人以視覺上的沖擊糜俗。例如下圖以不同的背景色表示細(xì)胞的區(qū)域踱稍，很形象。如果去掉背景色后悠抹，就會(huì)顯得很單薄珠月。
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圖3. 模式圖的背景色
IGV基因組瀏覽器中，以淺色背景標(biāo)注感興趣的peak楔敌，可以突出感興趣的區(qū)域啤挎。
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圖4. IGV中的背景色
IGV基因組瀏覽器中，以淺色背景標(biāo)注感興趣的peak楔敌，可以突出感興趣的區(qū)域啤挎。
5，漸變色
漸變色可以用來(lái)表示數(shù)值大小或者程度卵凑，顏色越深數(shù)值越大庆聘，顏色越淺數(shù)值越小，例如熱圖氛谜。
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圖5. 漸變色
6，撞色
撞色也叫對(duì)比色区端，就是兩個(gè)不相鄰的色系搭配在一起的效果值漫，更有彼此碰撞的美感。撞色一般在顏色比較多的情況下使用织盼，可以更容易地區(qū)分不同的區(qū)域杨何。撞色一般分為兩種：1）補(bǔ)色配合：色環(huán)中兩個(gè)完全相對(duì)（180度對(duì)角）的顏色的配合，例如：紅色與綠色沥邻，藍(lán)色與橙色危虱，黑色與白色等。2）強(qiáng)烈色配合：色環(huán)中兩個(gè)相隔較遠(yuǎn)的顏色相配唐全，例如：黃色與藍(lán)紫色埃跷，紅色與黃綠色等。
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7，常見期刊論文配色
每種期刊關(guān)注的內(nèi)容不同延届，當(dāng)形成自己風(fēng)格后剪勿，配色也就漸漸固定下來(lái)。這里列舉了常見期刊的配色方案方庭，供參考厕吉。
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圖7. 常用調(diào)色板
8酱固，編程語(yǔ)言中的調(diào)色包
1）R語(yǔ)言ggsci配色包
2）Python配色包c(diǎn)olorbm
Python也是我們經(jīng)常使用的繪圖語(yǔ)言钞钙，python中的colorbm（color beyond matplotlib）包也提供了眾多的配色方案：ggsci、seaborn 声离、cmocean歇竟、scientific、CMasher抵恋、CARTO焕议、Material Design等，貌似是ggsci的超集！安裝：pip install colorbm使用：
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圖10. colorbm代碼
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圖11. colorbm例圖
9盅安，取色
顏色是一門學(xué)問唤锉，例如，有老師要求使用冷色調(diào)别瞭，有老師喜歡暖色調(diào)窿祥。有些圖需要漸變色好看，有些圖需要撞色蝙寨。那么晒衩，我們需要學(xué)習(xí)怎么配色嗎？個(gè)人觀點(diǎn)：沒必要墙歪，需要的時(shí)候听系，直接根據(jù)所選期刊，使用取色器取色即可虹菲。推薦FastStone Capture軟件進(jìn)行取色靠胜。
10，科研繪圖需要明確顏色編碼
一張圖的繪制需要對(duì)數(shù)據(jù)毕源、繪圖類型浪漠、配色等有深入了解。針對(duì)科技繪圖霎褐，一般我們使用R或者Python址愿，或者在線網(wǎng)站進(jìn)行繪圖（例如微生信），這時(shí)你需要保留繪圖代碼/顏色編號(hào)冻璃，以便后續(xù)進(jìn)行更新响谓，避免重復(fù)勞動(dòng)。同時(shí)俱饿，期刊有自己傾向的配色歌粥，如需改投其他雜志塌忽，一般情況下需要重新繪圖拍埠，以滿足不同期刊編者的“癖好”。
以下是幾個(gè)小技巧：
微生信助力發(fā)文章吁系，谷歌引用640+德召，知網(wǎng)引用480+
圖6. 撞色
例如在繪制物種分布堆疊柱狀圖時(shí)邮利，使用撞色進(jìn)行區(qū)分會(huì)比較明顯弥雹。
例如在繪制物種分布堆疊柱狀圖時(shí)邮利，使用撞色進(jìn)行區(qū)分會(huì)比較明顯弥雹。
7，常見期刊論文配色
每種期刊關(guān)注的內(nèi)容不同延届，當(dāng)形成自己風(fēng)格后剪勿，配色也就漸漸固定下來(lái)。這里列舉了常見期刊的配色方案方庭，供參考厕吉。
8酱固，編程語(yǔ)言中的調(diào)色包
為了更方便地展示和調(diào)用不同的配色方案，出現(xiàn)了各種配色包头朱≡吮可以簡(jiǎn)單理解為：使用期刊名字來(lái)代替顏色編碼，例如npg就代表了#E64B35髓窜、#4DBBD5扇苞、#00A087、#3C5488寄纵、#F39B7F鳖敷、#8491B4、#91D1C2程拭、#DC0000定踱、#7E6148、#B09C85這十種顏色恃鞋，在編程的時(shí)候崖媚，直接使用npg簡(jiǎn)寫即可，省時(shí)恤浪，還不浪費(fèi)腦細(xì)胞畅哑。
1）R語(yǔ)言ggsci配色包
R語(yǔ)言中g(shù)gsci包，可以直接使用期刊的縮寫來(lái)調(diào)用顏色水由。ggsci工具包拓展了ggplot2繪圖系統(tǒng)的顏色函數(shù)荠呐，并且遵從scale_col_*和scale_fill_*式的命名規(guī)則∩翱停可以根據(jù)期刊名縮寫快速生成符合期刊要求的配色泥张。此外，還有來(lái)自其他數(shù)據(jù)可視化庫(kù)鞠值、科幻電影和電視作品等中的配色媚创。
安裝：install.packages(“ggsci”)使用：
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圖8. ggsci代碼
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圖9. Ggsci示例，上面為默認(rèn)顏色彤恶，下面為nature publishing group顏色
安裝：install.packages(“ggsci”)使用：
2）Python配色包c(diǎn)olorbm
Python也是我們經(jīng)常使用的繪圖語(yǔ)言钞钙，python中的colorbm（color beyond matplotlib）包也提供了眾多的配色方案：ggsci、seaborn 声离、cmocean歇竟、scientific、CMasher抵恋、CARTO焕议、Material Design等，貌似是ggsci的超集！安裝：pip install colorbm使用：
9盅安，取色
顏色是一門學(xué)問唤锉，例如，有老師要求使用冷色調(diào)别瞭，有老師喜歡暖色調(diào)窿祥。有些圖需要漸變色好看，有些圖需要撞色蝙寨。那么晒衩，我們需要學(xué)習(xí)怎么配色嗎？個(gè)人觀點(diǎn)：沒必要墙歪，需要的時(shí)候听系，直接根據(jù)所選期刊，使用取色器取色即可虹菲。推薦FastStone Capture軟件進(jìn)行取色靠胜。
10，科研繪圖需要明確顏色編碼
一張圖的繪制需要對(duì)數(shù)據(jù)毕源、繪圖類型浪漠、配色等有深入了解。針對(duì)科技繪圖霎褐，一般我們使用R或者Python址愿，或者在線網(wǎng)站進(jìn)行繪圖（例如微生信），這時(shí)你需要保留繪圖代碼/顏色編號(hào)冻璃，以便后續(xù)進(jìn)行更新响谓，避免重復(fù)勞動(dòng)。同時(shí)俱饿，期刊有自己傾向的配色歌粥，如需改投其他雜志塌忽，一般情況下需要重新繪圖拍埠，以滿足不同期刊編者的“癖好”。
以下是幾個(gè)小技巧：
1）同一篇論文的配色一般要保持一致
2）盡量避免使用大紅大綠的配色
3）一般用紅色表示上調(diào)土居，綠色/藍(lán)色表示下調(diào)枣购，紅色表示腫瘤患者等
4）避免使用紅色和綠色配色以考慮紅綠色盲讀者（審稿人）的易讀性，因?yàn)榧t綠色盲所占人口比例相當(dāng)高擦耀，男性占8%棉圈，女性占0.5%。
5）不要使用過多的顏色類別
6）文字不一定一直要用黑色眷蜓，需要與圖片的顏色匹配
更多小技巧分瘾，歡迎留言補(bǔ)充！
微生信助力發(fā)文章吁系，谷歌引用640+德召，知網(wǎng)引用480+
