主要參考生信技能樹RNA-seq基礎入門
http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html
1. 系統(tǒng)準備
Win10自帶Ubuntu子系統(tǒng)，開啟詳見：
Linux001 win10 linux子系統(tǒng)安裝
Linux010 Miniconda安裝及使用
2. 安裝前準備
在安裝轉錄組相關軟件之前椒功，我們需要新建一個虛擬環(huán)境荠锭，因轉錄組某些軟件對Python版本有要求证九，如tophat要求Python=2.7，下面會有涉及到
另外因為嘗試了多次赔桌，在安裝多個軟件的過程中，需要某些軟件的安裝會升級python梨撞，造成依賴于指定python版本的安裝包不可用港粱，因此在安裝的時候寸宏，需要仔細核查
Linux018 conda虛擬環(huán)境
3. 軟件安裝
3.1 sratoolkit
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
Linux011 Sra toolkit安裝及使用
linux025 SRA數(shù)據(jù)下載工具ascp的安裝及使用
3.2 數(shù)據(jù)質(zhì)控 fastqc
安裝過程中落午，確認Python版本號為2.7
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
Linux012 Fastqc安裝及使用
3.3 質(zhì)控數(shù)據(jù)整合 multiqc
https://pypi.org/project/multiqc/
# 我也不確定這么做能不能指定multiqc為python2.7構建肚豺，但是確實安裝成功了
conda install multiqc
multiqc --help
3.4 hisat2
https://daehwankimlab.github.io/hisat2/
conda install hisat2
3.5 samtools
conda install samtools
samtools
如果有報錯溃斋，請參考linux023 conda安裝常用生信軟件
3.6 tophat
tophat安裝過程我折騰了很久，主要是一開始不了解軟件的要求吸申，建議在安裝軟件之前梗劫，最好是在bioconda主頁https://bioconda.github.io/index.html檢索是否有該安裝包享甸，另外需要確認軟件的安裝要求。
我們在bioconda檢索tophat梳侨，可以看到tophat要求的Python環(huán)境為2.7蛉威，這就是我們?yōu)槭裁丛陂_始裝軟件之前要配置Python=2.7的虛擬環(huán)境的原因
http://bioconda.github.io/recipes/tophat/README.html#package-tophat
# 首先新建一個Python2.7版本的虛擬環(huán)境，如不指定Python版本號走哺，則默認安裝當下最新版本
# 如果指定Python=2.7蚯嫌，則安裝軟件過程中，會自動檢索該環(huán)境下最新版本的軟件
conda create -n rna python=2.7
# 如不在指定Python版本進行安裝丙躏，會報錯failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve
conda install tophat
tophat
3.7 htseq
conda install htseq
# 查看是否安裝成功
htseq-count
