現(xiàn)在隨著各個主要家畜物種進(jìn)入了GS時代，那如果還采用傳統(tǒng)的BLUP去估計育種值响蓉，其是否會出偏差呢硕勿？
答案是的。出現(xiàn)的原因如下幾篇文章給出.

1 奶欧慵祝基因組預(yù)選導(dǎo)致的遺傳評估偏差的證據(jù)源武。 2011

參考文章：Evidence of biases in genetic evaluations due to genomic preselection in dairy cattle

背景：
年輕公牛的基因組預(yù)選步驟現(xiàn)在通常包含在奶牛育種計劃中。根據(jù)其基因組育種值選擇年輕公牛想幻。它們具有更好的孟德爾采樣貢獻(xiàn)粱栖，因此顯然違反了遺傳評估中隨機(jī)孟德爾采樣項的假設(shè)。當(dāng)使用 BLUP 評估這些公牛及其后代時脏毯，人們擔(dān)心估計的育種值會出現(xiàn)偏差闹究。

方法：
通過模擬保持法國荷斯坦種群的結(jié)構(gòu)，研究了基因組選擇對遺傳評估的影響食店。遺傳評估的質(zhì)量是通過計算偏差和準(zhǔn)確性來評估的渣淤，這些偏差和準(zhǔn)確性分別來自真實和估計育種值之間的差異和相關(guān)性赏寇，以及預(yù)測的均方誤差。測試了不同水平的遺傳力价认、選擇強(qiáng)度和基因組評估的準(zhǔn)確性嗅定。

結(jié)果：
僅一代后，無論何種情況用踩，預(yù)選的年輕公牛及其女兒的育種價值都被顯著低估渠退，其準(zhǔn)確性降低。在遺傳評估模型中需要考慮基因組預(yù)選脐彩。

2.基因組選擇下豬健康和生長性狀遺傳參數(shù)的變化碎乃。2020.

參考文獻(xiàn)：Changes in genetic parameters for fitness and growth traits in pigs under genomic selection.

背景：
基因組選擇提高了準(zhǔn)確性并減少了世代間隔，加速了種群的遺傳變化惠奸。然而梅誓，選擇引起的強(qiáng)烈變化可以減少遺傳變異，并可以加強(qiáng)不良的遺傳相關(guān)性晨川。
目的：
調(diào)查與繁殖率 (FT1) 和窩產(chǎn)仔數(shù) (FT2 和 FT3) 相關(guān)的適合性狀的遺傳參數(shù)以及豬的生長性狀 (GT1 和 GT2) 隨時間的變化证九。

數(shù)據(jù)：
該數(shù)據(jù)集包含 2009 年至 2018 年獲得的 21,269 (FT1)、23,246 (FT2)共虑、23,246 (FT3)愧怜、150,492 (GT1) 和 150,493 (GT2) 表型記錄。 系譜文件包括 672019 只出生和 7 只動物其中 39,103 個被基因分型妈拌。使用 3 年滑動子集用雙變量模型（FT1-GT1拥坛、FT1-GT2、FT2-GT1尘分、FT2-GT2猜惋、FT3-GT1 和 FT3-GT2）估計遺傳參數(shù)。通過使用 GIBBS3F90 程序的貝葉斯實現(xiàn)培愁，計算被執(zhí)行為基因組分析 (GEN) 或基于譜系的分析 (PED)著摔，即分別有或沒有基因型。

結(jié)果：
對于GEN（PED）定续，從第一年到最后一年的間隔谍咆，即從2009-2011到2015-2018的遺傳力變化為FT1的8.6到5.6（7.9到8.8），7.8到7.2（7.7到10.8） FT2為11.4至7.6（10.1至7.5）FT3私股，35.1至16.5（32.5至23.7）GT1和35.9至16.5（32.6至24.1）GT2摹察。
還觀察到遺傳相關(guān)性的差異，因為它們從 FT1-GT1 的 -0.31 到 -0.58（-0.28 到 -0.73）倡鲸，F(xiàn)T1-GT2 的 -0.32 到 -0.50（-0.29 到 -0.74）供嚎，-0.27 到 -0.45 (-0.30 to -0.65) FT2-GT1, -0.28 to -0.45 (-0.32 to -0.66) for FT2-GT2, 0.14 to 0.17 (0.11 to 0.04) for FT3-GT1, and 0.14 to 0.14 to 0.18 (-0.32 to -0.66) for FT2-GT2 ) 用于 FT3-GT2。
豬的強(qiáng)烈選擇降低了遺傳力，并強(qiáng)調(diào)了適應(yīng)性和生長性狀之間的對抗性遺傳關(guān)系克滴”普考慮到基因型，遺傳力估計值更小偿曙，遺傳相關(guān)性比僅使用譜系和表型的估計值要大氮凝。

結(jié)論：
當(dāng)選擇是基于基因組信息時羔巢，在沒有這種信息的情況下估計的遺傳參數(shù)可能會有偏差望忆，因為預(yù)選沒有被模型所考慮。

3 通過來自豬竿秆、肉牛和肉雞的BLUP和ssGBLUP的不同趨勢檢測基因組選擇的有效起點(diǎn)启摄。2021.

Detecting effective starting point of genomic selection by divergent trends from best linear unbiased prediction and single-step genomic best linear unbiased prediction in pigs, beef cattle, and broilers
背景：
基因組選擇已在國內(nèi)和國際上用于不同的牲畜和植物物種。然而幽钢，了解基因組選擇是否有效是工業(yè)界和學(xué)術(shù)界的一個基本問題歉备。一旦開始使用基因組評估后，再使用系譜最佳線性無偏預(yù)測 (BLUP) 的育種值估計就會有偏差匪燕，因為該方法不考慮使用基因組信息進(jìn)行選擇蕾羊。因此，可以通過兩種可能的方式檢測基因組選擇的有效起點(diǎn)帽驯，包括遺傳趨勢的分歧和使用 BLUP 和單步基因組 BLUP (ssGBLUP) 獲得的實現(xiàn)孟德爾采樣 (RMS) 趨勢龟再。

目的：
本研究旨在通過比較使用 BLUP 和 ssGBLUP 獲得的趨勢，找到三種牲畜物種中一組重要經(jīng)濟(jì)性狀的基因組選擇的開始日期尼变。

數(shù)據(jù)：
為此使用了三個數(shù)據(jù)集：1) 具有 117k 基因型和 130 萬家譜動物的豬數(shù)據(jù)集利凑，2) 包含約 842k 基因型和 1150 萬家譜動物的安格斯牛數(shù)據(jù)集，以及 3) 包括純種肉雞數(shù)據(jù)集使用了大約 154k 基因型和 1.3M 家譜雞嫌术。

結(jié)果：
對于 2014 年出生的基因分型動物哀澈，豬的遺傳趨勢在平均日增重 (ADG) 和背膘 (BF) 方面有所不同。
在肉牛中度气，2009 年斷奶體重 (WW) 和 2016 年斷奶后增重 (PWG) 的趨勢開始出現(xiàn)差異割按，而出生體重 (BTW) 的差異很小。在肉雞中磷籍，通過 ssGBLUP 和 BLUP 估計的遺傳趨勢在育種周期 6 時對于三個生產(chǎn)性狀中的兩個出現(xiàn)分歧适荣。
基因分型豬的 RMS 趨勢在 2014 年出生的動物中有所不同，ADG 的差異大于 BF 的择示。
在肉牛中束凑，2009 年 WW 和 2016 年 PWG 的 RMS 趨勢開始出現(xiàn)分歧，BTW 的趨勢微不足道栅盲。
在肉雞中汪诉，ssGBLUP 和 BLUP 的 RMS 趨勢在育種周期 6 的兩個生產(chǎn)性狀上有很大差異，另一個性狀略有差異。

結(jié)論：
ssGBLUP 和 BLUP 的遺傳趨勢的差異表明基因組選擇的開始扒寄。 RMS 趨勢的存在表明選擇性基因分型鱼鼓，有或沒有基因組選擇「帽啵基因組選擇和基因分型策略的開始與這三個物種的行業(yè)實踐一致迄本。
總之，基因組選擇的有效開始可以通過 BLUP 和 ssGBLUP 的遺傳和 RMS 趨勢之間的差異來檢測课竣。

4 一個拓展： 預(yù)選對預(yù)選動物的后續(xù)ssGBLUP 評估的影響

Investigating the impact of preselection on subsequent single-step genomic BLUP evaluation of preselected animals
背景
候選人的預(yù)選嘉赎，以下稱為預(yù)選，是育種計劃中的常見做法于樟。在隨后的基于譜系的最佳線性無偏預(yù)測 (PBLUP) 中公条，預(yù)選會導(dǎo)致偏差和準(zhǔn)確性損失。然而迂曲，預(yù)選對后續(xù)單步基因組 BLUP (ssGBLUP) 的影響尚不完全清楚靶橱。因此，在本研究中路捧，作者模擬研究了不同遺傳力的強(qiáng)度和預(yù)選類型對預(yù)選動物的后續(xù) ssGBLUP 評估的影響关霸。

方法
作者模擬了育種計劃的核心，其中最近的 15 代種群是通過基于 PBLUP 的選擇產(chǎn)生的杰扫。在這個最近種群的第 15 代中队寇，使用幾種預(yù)選方案預(yù)選了下一代的父母。這些場景是三種預(yù)選強(qiáng)度（無涉波、高或非常高預(yù)選）和三種類型的預(yù)選（基因組英上、父母平均或隨機(jī)）的組合，跨越三種遺傳力（0.5啤覆、0.3 或 0.1）苍日。在每個預(yù)選場景之后，使用 ssGBLUP 通過排除來自預(yù)選動物的所有信息進(jìn)行后續(xù)評估窗声，并在預(yù)選動物的準(zhǔn)確性和偏差以及實現(xiàn)的遺傳增益方面對這些遺傳評估進(jìn)行比較相恃。

結(jié)果
預(yù)選類型影響預(yù)選和后續(xù)評估階段的選擇準(zhǔn)確性。雖然預(yù)選準(zhǔn)確性下降笨觅，但隨后 ssGBLUP 評估的準(zhǔn)確性提高了拦耐，從基因組到親本平均再到隨機(jī)預(yù)選場景。偏見總是可以忽略不計的见剩。從基因組到親本平均到隨機(jī)預(yù)選場景杀糯，遺傳增益降低。遺傳增益也隨著預(yù)選強(qiáng)度的增加而降低苍苞，但從無到非常高的基因組預(yù)選方案最多只能降低 0.1 加性遺傳標(biāo)準(zhǔn)偏差固翰。

結(jié)論
在隨后的評估中使用 ssGBLUP 可以防止預(yù)選偏差狼纬，無論預(yù)選的強(qiáng)度和類型以及遺傳力如何。使用 GPS骂际，除了顯著減少表型分析工作外疗琉，在隨后的評估中使用 ssGBLUP 實現(xiàn)的遺傳增益僅略低于沒有預(yù)選時實現(xiàn)的遺傳增益。對于測量成本高昂的性狀（例如單只肉雞的采食量）和表型只能在生命后期階段測量的性狀（例如豬的產(chǎn)仔數(shù)）尤其如此歉铝。