簡單匯總一下目前接觸到的一些畫network/圖譜可視化blabla的工具以及example figures
具體包括：
- RAWGraphs
- MapEquation
- CiteSpace
- Sci2
- HistCite
- VOSviewer
- Gephi
- Cytoscape
- ORA LITE
- D3
- Discourse network analysis (DNA)
- Muxviz
- Visual diagram
- Paperholes
15 Netminer
16. Bibliometrix/biblioshiny (新增 推薦!）
1. RAWGraphs
簡介： 這個網(wǎng)站提供了很多不同種圖形的畫法经窖，非常適合可視化以及一些演示的過程，只需要注冊一個賬號就可以使用大部分的圖形功能 非常棒的online practice
上手程度：易
Website: https://rawgraphs.io/
Example:
2. MapEquation/Informap
簡介：提供了類似Informap的map方法, 用了很多flow-based的方法怔球“蹈希可以做基本的network，bipartite，multilayer淤翔，states，和tree佩谷。也可以做alluvial diagram旁壮，就可以去看出現(xiàn)了哪些structural changes. 這個可以不需要下載app
上手程度：中
Website: https://www.mapequation.org/apps.html
Example:
3. CiteSpace
簡介：這個之前也介紹過啦监嗜，是做biblio的一個很好的工具，尤其對科學引文抡谐，可以做很多citation network裁奇，cluster network，burst detection, 還有主題時間變化等等童叠】蛟總的來說如果input是英文的biblio data就非常方便也合適课幕。也可以做alluvial diagram之類的厦坛。依舊是我現(xiàn)在最喜歡用的工具之一。
上手程度：中
Website：http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/
Example：
4. Sci2
簡介：這個其實跟citespace功能類似乍惊，也都是在java環(huán)境下運行杜秸，也可以與R結(jié)合在一起使用，也可以做time slice润绎。和3. 是可以互用的 看你哪個上手撬碟，一般的東西都可以解決掉。
上手程度：中
Website：https://sci2.cns.iu.edu/user/index.php
Example：
5. HistCite
簡介：這個我也沒有用過莉撇，但功能和3.以及4.也是類似的. 但貌似只是比較支持WoS格式呢蛤。這些biblio data的錄入都大同小異，用plain text導入棍郎，但要注意各個格式對應的一些subject其障。
上手程度：中
有一個知乎專欄講 了介紹：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20902898. 并且還提供了一個pro的下載鏈接
Example:
6. VOSviewer
簡介：這又是另一個可視化的工具，不過功能比較簡單涂佃，可以實現(xiàn)基本的共引 關(guān)鍵詞共現(xiàn) 以及一些簡單的聚類励翼。畫出的圖與Sci2有點類似。
上手程度：易
Website: https://www.vosviewer.com/
Example:
7. Gephi
簡介：也是基于java的一個可視化軟件辜荠∑В可以做SNA，link analysis, 也可以通過加一些拓撲屬性進去來做一些property的分析伯病。但個人不是很適合我造烁，數(shù)據(jù)import方式還是比較fixed，layout其實也不是我心水的樣子午笛，但還是很便捷的惭蟋。有個很方便的是可以有plugins，比如可以做一下geolayout季研，還有其他七七八八的東西敞葛。不過結(jié)果還是很fancy的。
上手程度：中
Website：https://gephi.org/
Example:
8. Cytoscape
簡介：主要是用于生物信息方面的与涡，某一次在找畫complex network的時候看到了一個示意圖惹谐，然后就被吸引了持偏，但也并沒有怎么用過。也是一個要裝java環(huán)境的氨肌，基本操作以及數(shù)據(jù)錄入和其他軟件其實也差不多鸿秆。
上手程度：由于沒試過就不予評價啦
Website：https://cytoscape.org/download.html
Example：
9. ORA
簡介：這個在我之前的文章里也介紹過，功能很豐富怎囚，雖然免費版只能處理2000個節(jié)點卿叽，對于比較小型的還是夠用的，功能也很齊全恳守。一些小地方不開心的是time slice以及l(fā)ayout的設置不是很靈活考婴，不過還是很方便的，尤其是可以更仔細地歸類agent催烘，knowledge沥阱，event等等。Manual非常厚而且很全 感興趣的朋友 尤其像我這樣的小白 順著大綱讀對順一些知識點很有幫助伊群。
Website: http://www.casos.cs.cmu.edu/projects/ora/
上手程度：中等偏上
Example：
10. D3
感覺java還是挺重要的考杉，列一些JavaScript的軟件，有時間的話打算學習一下舰始。
Website： https://d3js.org/
上手程度：難
Example：
11. DNA
介紹：這個是在看一個政策話語分析的時候看到崇棠。可以做一下issue丸卷，actor枕稀，或者actor-issue的網(wǎng)絡（congruence，conflict及老，coalition等等）抽莱。manual中提的對象就是 annotated statements，用到java和R骄恶，還需要懂一些mysql食铐。（開發(fā)這個的prof就是network science+political science的背景）實際上我還沒用過，因為目前在做的東西還不需要僧鲁，但總體覺得這個軟件就是完成了 質(zhì)性分析+網(wǎng)絡分析虐呻，挺適合社科，而且配色和圖都是我的菜嚶嚶 （有一種academic的感覺）寞秃，不過上手還是有一定難度的斟叼。
上手程度：中上
Example：
附上github地址：https://github.com/leifeld/dna/
12. Muxviz
介紹：這個主要是畫multi-level以及可視化的軟件。based on R and GNU Octave
Website: http://muxviz.net/
Example:
13. Visual diagram
介紹：非常好用的可視化的軟件春寿，免費版本也可以用到很多功能（如果對導出圖片清晰度沒有什么太大的要求話朗涩，不過后期都可以ps掉也沒關(guān)系），不過這個似乎更偏企業(yè)場景一點（比如很多都是偏project management的design以及mapping and 搭建enterprise infrastructure)绑改，且很多功能對接excel的處理及可視化形式谢床。個人用的比較多的是它的charts（比如heatmap）兄一，還是很好用的，這part就會跟第一個軟件有點相像识腿。
Website：https://www.visual-paradigm.com/ 以及 https://online.visual-paradigm.com/charts/
Examples：
14. Paperpoles
介紹：在翻陳超美老師的文章時發(fā)現(xiàn)前兩年有發(fā)過一個叫paperholes的專門抓citation links的tool. 原文是 “PaperPoles combines text analytics, a rank‐augmented cluster view and flex interaction among multiple coordinated views to assist in an exploratory search of scientific articles.” 使用的數(shù)據(jù)庫是 Microsoft Cognitive Services Academic Knowledge API （免費有一定期限）不過過程個人感覺稍微有點多出革，而且如果是要進行一個范圍很大的search的話耗時會比較多，因此作者也說適用于自己已經(jīng)有想了解的task topics的citation analysis渡讼。最大的特色是 context-aware
基本操作步驟：
Websites: http://www.jiangenhe.com/paperpoles/
Examples:
15. NetMiner
介紹：可以有14天免費試用 但是要購買的骂束。結(jié)合了文本分析和SNA，也可以做知識圖譜
Website：http://www.netminer.com/product/overview.do
Reference
16. Bibliometrix
最近在用bibliometrix 感覺非常好用 而且簡單易上手 特別適合做bibliometrics的東西成箫。
它需要下載R展箱， 下載途徑：Bibliometrix R Package，然后在Rstudio的console窗里輸入 install.packages("bibliometrix")
但 如果只是基礎的用法用它完全不需要R的知識伟众，你只需要install完直接輸入 library(bibliometrix) 和 biblioshiny() 它就會彈出一個tiny app窗口, 有著一溜的功能給你選擇：
個人覺得它merge wos 和 scopus bib data的效果大概也許可能比citespace好一點析藕，因為是可以給你操作的
更多的可以去讀它的manual或者master website:
