文章摘自
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扒一扒遺傳分析中群體那些事兒
阿飛?小麥研究聯(lián)盟?2018-01-04
? ? ? 遺傳分析中常用的作圖群體可以根據(jù)親本數(shù)量分為雙親群體展东、多親群體和特殊組配群體等房维，今天我們就借助一篇文獻(xiàn)（DOI:10.1111/pbi.12559，通訊作者是中國農(nóng)科院的徐云碧老師每窖，主要是介紹BulkedSampleAnalysis的分析方法）帮掉，著重介紹一下本文中關(guān)于遺傳群體的這部分內(nèi)容弦悉，剩余BSA相關(guān)的內(nèi)容我們下周再詳細(xì)解讀窒典。
雙親群體主要包括雜交F2或F2:3衍生群體、回交BC（back crossing）群體稽莉、重組自交系RIL（recombined inbred lines）群體瀑志、近等基因系NIL（near isogenic lines）群體以及雙單倍體DH（doubled haploid）群體等（創(chuàng)制示意圖見文章最后的圖片）。
F2群體或者衍生的F2:3群體是最常用的作圖群體污秆，配置簡單劈猪，不需要很長時間就可完成，屬于臨時定位群體良拼；共顯性標(biāo)記（codominant marker）在群體內(nèi)的分離比為1:2:1战得，顯性標(biāo)記（dominant marker）則為3:1。F2群體中各單株的基因型不同庸推，數(shù)量性狀可靠性差常侦，需要F2:3或其它單株衍生家系進(jìn)行驗(yàn)證。
BC群體與F2群體類似贬媒，通過F1單株和親本回交獲得聋亡，適合雄性不育材料分離群體的創(chuàng)制，也屬于臨時定位群體际乘。BC群體中數(shù)量性狀表型鑒定的結(jié)果很難重復(fù)坡倔，其交換型的配子在理論上要比F2群體少一半。
RIL群體即重組自交系群體脖含，是將F2群體不同個體連續(xù)自交或同胞交配罪塔，使家系內(nèi)個體基因型趨于純合，屬于永久性定位群體养葵；RIL群體的分離比率為1:1垢袱；單粒傳法是常見的RIL群體創(chuàng)制方法，但需要多年多世代的工作港柜。
NIL群體即近等基因系群體请契，群體內(nèi)不同個體的染色體絕大部分區(qū)間完全相同咳榜，只有少數(shù)幾個或一個區(qū)間彼此存在差異；NIL群體可以將多個QTL位點(diǎn)分解成單個孟德爾遺傳因子爽锥，將數(shù)量性狀轉(zhuǎn)化為質(zhì)量形狀涌韩，從而可以對主效QTL進(jìn)行精細(xì)定位和圖位克隆。DH群體是配子基因型經(jīng)染色體加倍形成的氯夷，不同個體基因型穩(wěn)定臣樱，屬于永久作圖群體。
DH群體標(biāo)記的分離比是1:1腮考；該類型的群體不僅可以對質(zhì)量性狀進(jìn)行定位雇毫，也可以對數(shù)量性狀進(jìn)行多年多點(diǎn)的重復(fù)實(shí)驗(yàn)，是研究基因型和環(huán)境互作的理想材料踩蔚。
多親群體顧名思義就是有三個或多個親本復(fù)合雜交所創(chuàng)制的群體棚放，比如嵌套聯(lián)合作圖NAM（nested association mapping）群體、多親本高級世代互交MAGIC（multi-parent advanced generationinter-cross）群體等馅闽。
NAM群體其實(shí)就是不同的親本材料分別與同一材料（CP, commonparent）做雜交飘蚯，再在雜交后代內(nèi)部分別進(jìn)行連續(xù)自交（單粒傳法）或同胞交配以創(chuàng)制不同的一系列重組自交系（RIL）。這些重組自交系均含有一個相同親本（CP）福也，不同的重組自交系都是基于兩個親本所創(chuàng)制的局骤。NAM群體結(jié)合了雙親群體和自然群體（natural population）的優(yōu)點(diǎn)，可以用來做關(guān)聯(lián)-連鎖不平衡分析（joint linkage–linkage disequilibrium mapping暴凑， doi/10.1073/pnas.1006105107）峦甩。第一個NAM群體是利用玉米自交系B73作為共有親本分別與25份不同自交系雜交和自交而創(chuàng)建的，一共包括25個RIL群體和大約5000個株系现喳。該群體已經(jīng)被成功用于玉米開花時間或者抗葉枯病等方面的研究凯傲。
MAGIC群體首先有多個雙親進(jìn)行兩兩進(jìn)行雜交，來自于兩個親本的雜交F1代再分別兩兩雜交產(chǎn)生雙交（double hybrids）后代拿穴，兩個雙交后代F1再進(jìn)一步雜交泣洞，這樣產(chǎn)生的后代就分別來自與8個不同的親本。這個雜交過程可以持續(xù)進(jìn)行默色，以盡可能包含更多的親本材料球凰。最后這些復(fù)合雜交的后代經(jīng)過自交或染色體加倍而形成一系列RIL群體或DH群體。MAGIC群體最早是在擬南芥（Arabidopsis thaliana）中創(chuàng)制的腿宰，大約來自于19個不同擬南芥材料相互交配的后代呕诉，一共包含527個重組自交系，該群體被用來進(jìn)行擬南芥QTL性狀的精細(xì)定位吃度。
除了雙親和多親群體之外甩挫，遺傳分析中還涉及到一些特殊組配的群體，比如雙列Diallel群體（盡可能多的來自于多個親本組合的雙親雜交F1組成的群體）椿每、NCD（North Carolina Design）群體（雙親雜交并自交的F2代隨機(jī)選擇進(jìn)行分組雜交或者與雙親進(jìn)行回交創(chuàng)制的群體伊者，或者不同的自交系親本分組進(jìn)行相互雜交而創(chuàng)制的群體）英遭、三重測交（TTC，triple testcrosse）群體（雙親雜交并自交的F2代中選出超過20個單株分別與雙親及雜交F1代雜交而創(chuàng)制的群體）亦渗、簡化地三重測交sTTC（simplified triple testcross）群體以及測交群體（testcrosspopulation挖诸，可用來進(jìn)行雜種優(yōu)勢或配合力測驗(yàn)以及比較遺傳分析）等。
另外還有兩個極端群體法精，只有一個親本材料經(jīng)過突變處理之后所創(chuàng)制的突變?nèi)后w（mutant library多律，突變體庫）和擁有大量親本的自然群體（Natural population）。自然群體一般是由一些列的自交系搂蜓、品種狼荞、地方品系或者野生近緣種材料組成，這些材料具之間在目標(biāo)性狀上具有很強(qiáng)的多態(tài)性帮碰，但在其它性狀上應(yīng)盡量保持隨機(jī)變異相味。
PS：由于小編水平有限，難免會出現(xiàn)翻譯或解釋錯誤收毫，還希望大家批評指正攻走！
