生信完全入門線路圖及資源大全

成為一個合格的生信工程師必經(jīng)之路

6大基礎知識的掌握

首先你需要了解一些測序基礎知識颇蜡，生物學基礎知識辆亏，這個主要靠自己看扮叨，還有平時多積累。

在生信技能樹論壇上面我列了一下碍沐，需要自行花時間自學，遇到不懂的名詞多搜索尘喝，多熟記朽褪。對應我們生信技能樹的論壇版塊是：生信技能樹?生信技能樹?生信基礎?測序原理-數(shù)據(jù)格式-數(shù)據(jù)庫

然后你需要掌握一門編程語言无虚，可以從<http://www.biotrainee.com/forum-90-1.html> 里面的題目開始骑科，當然你需要先來一些簡單咆爽，你先看這個置森，<http://www.biotrainee.com/thread-834-1-1.html> 編程學會怎么著也得兩三個月了斗埂。對應我們生信技能樹的論壇版塊是：生信技能樹?互動作業(yè)?腳本能力實踐?生信人必練的200個數(shù)據(jù)處理任務

如果是linux，不妨看看實驗樓的練習：

全部課程 — >Linux凫海，新手入門呛凶，計算機專業(yè)課 — > Linux 基礎入門（新版）

也可以跟著視頻來練習，如果你實在是需要行贪，這里推薦業(yè)界馬哥的視頻教程漾稀，鏈接: <https://pan.baidu.com/s/1slukNwT> 密碼: xyq9

這些基礎掌握的七七八八了，就可以開始NGS組學之旅了建瘫。

NGS組學技術的掌握

首先看 5 篇綜述并翻譯崭捍，涵蓋主流的5個NGS組學技術：WES/RNA-seq/CHIP-seq/miRNA-seq/lncRNA-seq

Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data : <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3828144/>
A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data : <http://bib.oxfordjournals.org/content/15/2/256.short>
A survey of best practices for RNA-seq data analysis : <http://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8>
Online resources for miRNA analysis : <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009912013000994>
Long non-coding RNA discovery pipeline : <http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0025915>

對應這些組學的PPT也需要自行搜索后瀏覽，掌握概念殷蛇，原理。

然后看5篇測序數(shù)據(jù)分析例子：

miRNA-seq ： RNA expression profiling of human iPSC-derived cardiomyocytes in a cardiac hypertrophy model. : <http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0108051>
CHIP-seq ： CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and Metastasis <http://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(13)00536-9>
WES : Clinical Whole-Exome Sequencing for the Diagnosis of Mendelian Disorders <http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1306555#t=article>
LncRNA： Integration of Genome-wide Approaches Identifies lncRNAs of Adult Neural Stem Cells and Their Progeny In Vivo <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590913000982>
RNA-seq: RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies CRISPLD2 as a Glucocorticoid Responsive Gene that Modulates Cytokine Function in Airway Smooth Muscle Cells

然后看5篇芯片數(shù)據(jù)分析例子：lncRNA : <http://pubmedcentralcanada.ca/pmcc/articles/PMC3691033/> 橄浓，我就不繼續(xù)羅列了粒梦。

轉(zhuǎn)錄組流程

https://f1000research.com/articles/4-1070/v1

https://f1000research.com/articles/5-1438/v1

https://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/

當然，實踐這些項目你肯定是需要流程荸实，代碼匀们，在我的github里面已經(jīng)有了，但是你需要掌握了linux准给，軟件安裝等等昼蛀，才能看懂宴猾。我的github地址是: https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline

等你實踐經(jīng)驗足夠了，你會發(fā)現(xiàn)它們本質(zhì)上都只是數(shù)據(jù)處理而已叼旋，你可以看我以前錄制好的總結視頻：有參組學(全基因組仇哆，全外顯子組學，轉(zhuǎn)錄組學夫植，表觀)的幾個NGS測序數(shù)據(jù)分析的表現(xiàn)形式的異同點讹剔，視頻見騰訊課堂：https://biotree.ke.qq.com/ 敬請關注。

當然详民，我的視頻還有很多延欠，如果你感興趣，可以自行按需下載：我做博客3年來錄制的所有免費視頻, 因為百度云總是禁止我分享沈跨，所以我會慢慢轉(zhuǎn)移到騰訊課堂：https://biotree.ke.qq.com/ 敬請關注由捎。

我還在論壇上面收集整理了很多NGS組學實踐項目，歡迎大家前去練習饿凛，http://www.biotrainee.com/forum-108-1.html狞玛，這個取決于你的悟性了。

但是如果要真正步入生信的殿堂涧窒，編程其實是少不了的心肪，請繼續(xù)學下去。

關于R語言

知道什么是R語言纠吴，了解基本語法硬鞍，Rstudio編輯器，讀寫文件戴已，跟Excel的區(qū)別固该，繪圖等可視化，生物信息學相關的bioconductor系列包糖儡。

首先下載R語言打印版的 cheatsheet蹬音，鏈接:<http://pan.baidu.com/s/1nv5Oulb> 密碼:4tsn 放在辦公桌，或者枕頭邊上休玩，隨時瀏覽記憶著淆。然后這里有一個網(wǎng)絡視頻教程，鏈接:<https://pan.baidu.com/s/1slbPogX> 密碼:ga9x 是數(shù)據(jù)分析與R語言視頻教程+課件 請務必抽時間聽完拴疤，一步步跟著操作學習永部，可以保證你R語言能入門。

上面的鏈接可能會被百度云封鎖呐矾，看看這個：鏈接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密碼:7tmg 生信入門(包括史上最全R語言資料合集苔埋，北大的生物信息學公開課等) 瀏覽器打開，選擇感興趣有需要的資料下載即可

如果所有的鏈接都失效了蜒犯，你試試看百度云搜索功能组橄，也許可以找到我們新的分享荞膘。

尤為注意的是，初學者千萬不要鉆牛角尖玉工，而是要廣泛涉獵羽资，牢記基礎，應用加實踐遵班，其背后的計算機邏輯算法等可以后期再補屠升，而且要時刻記住，學習R語言是為了分析生物信息學數(shù)據(jù)狭郑。

約翰?霍普金斯大學的Bioconductor學習課程
斯坦福大學的暑期小課程-用bioconductor做統(tǒng)計分析
a Little Book of R for Bioinformatics!
生物學家應該這樣學R繪圖-視頻腹暖，數(shù)據(jù)，代碼全公開

一般不建議初學者直接下載 史上最全R語言資料匯總翰萨，鏈接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密碼:7tmg 里面的資料實在是太多了脏答，初學者很容易迷失在里面。但我還是給大家亩鬼，畢竟入門之后的提高殖告，還是用得著的。

關于PYTHON

同樣的辛孵，接下來你應該要開始實踐：

生信技能樹?生信技能樹?互動作業(yè)?腳本能力實踐?生信編程實戰(zhàn)5個月傳送門~~~

需要自己跟著一套視頻來一步步練習丛肮，這里推薦煉數(shù)成金的python課程鏈接: <https://pan.baidu.com/s/1bo9WmvX> 密碼: di8q

小成境界

我大概總結了一下：

生信小成

生信菜鳥團 http://www.bio-info-trainee.com/
我們的論壇：生信技能樹 http://www.biotrainee.com/thread-1376-1-1.html
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