使用codeml的時(shí)候遇到的一個(gè)報(bào)錯(cuò)，一直百思不得其解母蛛，明明也沒(méi)有多括號(hào)翩剪，為什么報(bào)錯(cuò)，直到看到了這位仁兄的文章
mcmctree分化時(shí)間 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)
最后一段彩郊，“在跑完樹(shù)后對(duì)樹(shù)修剪前弯，導(dǎo)致部分node自帶括號(hào)★牛”
檢查了一下我報(bào)錯(cuò)的樹(shù)恕出，確實(shí)是因?yàn)樾藿ǖ脑颍藿ㄖ蟮臉?shù)雖然沒(méi)有node了违帆，但是括號(hào)還在浙巫，舉個(gè)例子：
((((((Lynx_canadensis:55.3616,(Enhydra_lutris_kenyoni:40.12,(Ailuropoda_melanoleuca:19.2563,Ursus_maritimus:19.2563):20.8637):15.2416):18.8884,Equus_asinus:74.25):1.75,(Sus_scrofa:61.8426,Bos_mutus:57.7881):14.1573):5.02605,(Hipposideros_armiger:62,(Desmodus_rotundus:51.3141,Myotis_myotis:51.3141):10.6859):19.0261):12.974,((Ochotona_princeps:78.9706,((Marmota_flaviventris:11.3826,Ictidomys_tridecemlineatus:11.3826):23.08,Sciurus_carolinensis:34.4626):35.7399):8.22939,((Microcebus_murinus:36,Lemur_catta:36):37.7549,Homo_sapiens:72.3654):13.4451):6.8):66);
這棵樹(shù)乍一看沒(méi)啥問(wèn)題，括號(hào)看起來(lái)也是一一對(duì)應(yīng)的刷后，我把樹(shù)簡(jiǎn)化之后其實(shí)是這樣的：
(((((Microcebus_murinus:36,Lemur_catta:36):37.7549,Homo_sapiens:72.3654):13.4451):6.8):66);
(((((Microcebus_murinus,Lemur_catta),Homo_sapiens))));
多了冗余的括號(hào)的畴，paml不接受，所以得把括號(hào)去掉惠险，變成((Microcebus_murinus,Lemur_catta),Homo_sapiens);
那原來(lái)的樹(shù)就刪掉后面node的括號(hào)苗傅，變成
(((((Lynx_canadensis:55.3616,(Enhydra_lutris_kenyoni:40.12,(Ailuropoda_melanoleuca:19.2563,Ursus_maritimus:19.2563):20.8637):15.2416):18.8884,Equus_asinus:74.25):1.75,(Sus_scrofa:61.8426,Bos_mutus:57.7881):14.1573):5.02605,(Hipposideros_armiger:62,(Desmodus_rotundus:51.3141,Myotis_myotis:51.3141):10.6859):19.0261):12.974,((Ochotona_princeps:78.9706,((Marmota_flaviventris:11.3826,Ictidomys_tridecemlineatus:11.3826):23.08,Sciurus_carolinensis:34.4626):35.7399):8.22939,((Microcebus_murinus:36,Lemur_catta:36):37.7549,Homo_sapiens:72.3654):13.4451):6.8);
就可以啦
在這個(gè)例子中我其實(shí)并不知道我刪除的是哪個(gè)node，也就是我最后的枝長(zhǎng)可能是錯(cuò)誤的班巩，之前用hyphy做選擇分析渣慕，發(fā)現(xiàn)hyphy busted和absrel會(huì)重新估計(jì)枝長(zhǎng)，查了下paml的手冊(cè)抱慌，發(fā)現(xiàn)codeml也會(huì)重新計(jì)算逊桦，所以其實(shí)有沒(méi)有枝長(zhǎng)在做選擇分析的時(shí)候是無(wú)關(guān)緊要的。
