unet 處理multi-label的數(shù)據(jù)

辦法1:debug原來的unet代碼蘑志,看看哪里不對(duì)勁。

1.sigmoid

sigmoid是處理二分類問題的贬派。

在loss function里急但,用了sigmoid函數(shù)進(jìn)行prediction結(jié)果的二分類。

所以應(yīng)該是一個(gè)channel用來表示一個(gè)label比較合適搞乏。

所以針對(duì)我們的問題:

就是2個(gè)output channel 就可以了波桩。

辦法2:跑新的代碼

https://github.com/zsdonghao/u-net-brain-tumor

以后再說。

具體操作:

1.label the gourndtruth

2. 思路是:

在同一張圖中l(wèi)abel请敦,然后再手動(dòng)轉(zhuǎn)化成two channels.然后丟進(jìn)網(wǎng)絡(luò)里去跑镐躲。

3.直接改loss function部分就好啦

直接在lossfunction里 把groudnturth的一張圖變成兩個(gè)channel

詳細(xì)的改loss function的步驟:

建議是都用 tensor寫储玫,不要轉(zhuǎn)化成numpy

view(-1) 是把a(bǔ)rray變成一維的


torch的一些tip:

1.查看數(shù)組的type

var.size()

2.

torch.zeros([2,4],dtype=torch.int32)

3.

torch轉(zhuǎn)numpy的轉(zhuǎn)換方法

Numpy2Tensor:1. torch.from_numpy(Numpy_data)?2. torch.tensor(Numpy_data)?

Tensor2Variable: 1.?Variable(Tensor_data)

Variable2Tensor: 1. Variable_data.data()

Tensor2Numpy : 1.Tensor_data.numpy()?

4.

畫圖

import matplotlib.pyplot?as?plt?

plt.imshow(img).?imshow()

debug:

1. Totensor這個(gè)是怎么實(shí)現(xiàn)的。

可以從to_tensor()函數(shù)看到匀油,函數(shù)接受PIL Image或numpy.ndarray缘缚,將其先由HWC轉(zhuǎn)置為CHW格式,再轉(zhuǎn)為float后每個(gè)像素除以255.

記錄:label1是171敌蚜,label2是85

2.問題出在label不是單純的171和85

找到原因了桥滨。放大nrrd圖,其實(shí)同一個(gè)cell的label的顏色還是不一樣的弛车!

現(xiàn)在需要做的事情是nrrd圖轉(zhuǎn)tif圖的過程的檢查

運(yùn)行命令行:

python main.py -n_classes 2

報(bào)錯(cuò):

RuntimeError: expected backend CPU and dtype Float but got backend CUDA and dtype Float

期望得到CPU類型張量齐媒,得到的卻是CUDA張量類型。

很典型的錯(cuò)誤纷跛,例如計(jì)算圖中有的參數(shù)為cuda型有的參數(shù)卻是cpu型就會(huì)遇到這樣的錯(cuò)誤喻括。

把數(shù)據(jù)從cpu遷移到cuda的網(wǎng)址:

https://blog.csdn.net/qq_28444159/article/details/78781201

https://blog.csdn.net/hustchenze/article/details/79154139


結(jié)果:

用了這里的代碼

https://github.com/HZCTony/U-net-with-multiple-classification

代碼理解和分析:

為什么之前自己跑不出來!

shape問題贫奠!

gt? 和 prediction flat之后相減唬血,對(duì)應(yīng)元素對(duì)不上!

https://github.com/ophir91/MultiClass_UNet

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