Hello伤靠，大家好，今天小編給大家?guī)淼氖怯嘘P(guān)DNA損傷修復(fù)基因以及膀胱癌亞型免疫調(diào)節(jié)的文章，文章主要挖掘了膀胱癌不同亞型中免疫調(diào)節(jié)基因并進(jìn)行了生物信息學(xué)分析指么，內(nèi)容豐富卻也不難理解，于2019年發(fā)表在Journal for Immunotherapy of Cancer雜志上榴鼎。
長話短說伯诬，快和小編一起來看一看作者都做了哪些研究吧~
一.研究背景
尿路上皮癌（UC）的分子亞型顯著提高了對膀胱癌異質(zhì)性的理解以及預(yù)后和預(yù)測生物標(biāo)志物的發(fā)展。腫瘤免疫編輯對癌細(xì)胞的行為具有一定的影響并且UC中最近的免疫檢查點阻斷（ICB）療法已經(jīng)證明了DNA損傷修復(fù)（DDR）基因中突變的預(yù)測潛力巫财。因此盗似，作者以此為出發(fā)點，旨在全面了解DDR基因失活相關(guān)的免疫調(diào)節(jié)基因的表達(dá)平项，有助于擴展當(dāng)前的免疫療法和預(yù)測性生物標(biāo)志物赫舒，對于患者個性化治療具有一定的指導(dǎo)意義。
二.數(shù)據(jù)和方法
數(shù)據(jù)
作者從TCGA中下載了原始和level 3?水平的RNAseq, array-CGH?(aCGH), SNV以及408例MIUC腫瘤的相關(guān)臨床數(shù)據(jù)闽瓢。
通過仔細(xì)閱讀文章小編了解到作者主要分析了五種來自癌癥基因組圖譜的膀胱癌（MIUC）的分子亞型的轉(zhuǎn)錄組圖譜接癌，使用CIBERSORT免疫細(xì)胞豐度測定工具進(jìn)行分析，顯示了MIUC亞型之間免疫細(xì)胞譜和豐度的顯著差異扣讼。包括免疫刺激和抑制基因在內(nèi)的67個基因的的表達(dá)模式顯示出與亞型和DDR基因突變狀態(tài)的顯著關(guān)聯(lián)缺猛。
方法
（1）MIUC RNA-Seq數(shù)據(jù)的免疫細(xì)胞密度分析
（2）DDR基因失活狀態(tài)的表征
（3）分析67種免疫調(diào)節(jié)基因的亞型特異性表達(dá)
（4）DDR基因失活狀態(tài)與免疫原性突變之間的關(guān)聯(lián)
（5）DDR基因突變與免疫調(diào)節(jié)基因表達(dá)的相關(guān)性
三.結(jié)果展示
1：MIUC腫瘤表現(xiàn)出mRNA亞型特異性免疫細(xì)胞浸潤模式
作者對MIUC腫瘤中的亞型特異性免疫細(xì)胞豐度進(jìn)行了展示。文中使用的是絕對腫瘤純度評分和CIBERSORT衍生的免疫細(xì)胞相對評分確定了五種膀胱癌亞型中免疫細(xì)胞的豐度椭符。結(jié)果表明荔燎，基底鱗狀腫瘤具有最高水平的白細(xì)胞分?jǐn)?shù)，與其他亞型相比销钝，基底鱗狀腫瘤具有顯著更高的NK細(xì)胞有咨，M1巨噬細(xì)胞和記憶CD4 +T細(xì)胞豐度≌艚。總之座享，這些結(jié)果表明婉商，基底亞型腫瘤具有嚴(yán)重的免疫浸潤，具有T輔助I型（Th1）免疫應(yīng)答的特征征讲。然后作者在為了驗證就分析了每個亞型的Th1据某，Th2和Th17免疫細(xì)胞的豐度，這一結(jié)果得到了證實诗箍。
2：免疫調(diào)節(jié)基因表達(dá)譜與MIUC mRNA亞型相關(guān)
以上的分析沒有發(fā)現(xiàn)整體基因組變化與MIUC亞型之間的免疫細(xì)胞組成之間的關(guān)聯(lián)癣籽，為此作者試探索免疫基因表達(dá)的改變是否與MIUC的分子亞型相關(guān)。作者對67種免疫調(diào)節(jié)的基因與五種亞型進(jìn)行了相關(guān)性分析滤祖，無監(jiān)督聚類顯示基底鱗狀和管腔浸潤腫瘤的聚集筷狼。與其他亞型相比，基底鱗狀細(xì)胞顯示免疫抑制劑的高表達(dá)評分匠童。結(jié)果顯示出這些免疫基因與MIUC分子亞型的明顯關(guān)聯(lián)埂材。
3：預(yù)先存在的高CD8 + TILs的MIUC具有適應(yīng)性免疫抗性的特征
因為CD8 + TILs在實體腫瘤中具有預(yù)后相關(guān)性，作者對408名治療前MIUC分為CD8 + TILs高和低兩組汤求。有趣的事情發(fā)生了俏险，作者發(fā)現(xiàn)CD8 + TILs豐度在五種亞型中高度可變。
作者對408個腫瘤患者分為高與低CD8 + TIL兩組進(jìn)行生存分析以確定其對膀胱癌結(jié)果的影響扬绪，結(jié)果顯示低CD8 + TIL豐度與早期疾病復(fù)發(fā)顯著相關(guān)竖独。CD8 + T細(xì)胞豐度與總體存活率顯著相關(guān)〖放＃基底鱗狀腫瘤顯示兩組不同的高和低CD8 + T細(xì)胞豐度莹痢，與疾病復(fù)發(fā)顯著相關(guān)，并且可以預(yù)測該MIUC亞型的較短總體存活率墓赴。
然后竞膳，作者比較了408個腫瘤中免疫調(diào)節(jié)基因在高CD8 +TILs低CD8 + TILs兩組之間的表達(dá)。結(jié)果表明MIUC中高CD8 + TIL的組在整個群組（a）以及基底鱗狀亞型（b）中免疫檢查點基因的表達(dá)都顯著增加诫硕。在基底鱗狀亞型中免疫檢查點基因表達(dá)的增加是一種新的發(fā)現(xiàn)坦辟，它表明IFN誘導(dǎo)的適應(yīng)性免疫抗性的存在，這也是導(dǎo)致侵襲性疾病的潛在因素章办。
4：DDR基因的突變與免疫調(diào)節(jié)基因表達(dá)譜相關(guān)
由于整體基因組和染色體不穩(wěn)定性未能解釋每種MIUC亞型內(nèi)免疫細(xì)胞組成的差異长窄，在這一部分結(jié)果中作者試圖研究DDR突變與MIUC中的免疫調(diào)節(jié)基因表達(dá)的相關(guān)性。因此作者通過對每個包含DDR基因中的雙等位基因纲菌，單等位基因或野生型突變的腫瘤的z評分表達(dá)水平進(jìn)行平均，結(jié)果顯示具有DDR突變的腫瘤在免疫調(diào)節(jié)基因的表達(dá)模式上有差異疮绷。DDR雙等位基因和單等位基因失活在免疫調(diào)節(jié)基因表達(dá)中的作用分別顯示在（a）和（b）中翰舌。攜帶DDR突變的腫瘤的平均表達(dá)水平逐漸降低。
好啦冬骚，這篇文章的基本內(nèi)容也就這么多了椅贱，總體來說作者研究的是當(dāng)下科研的熱點：免疫懂算，內(nèi)容豐富，結(jié)果漂亮庇麦，有研究免疫的小伙伴可以仔細(xì)研讀呦计技！下期再見
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