R Markdown是通過R來書寫可重復動態(tài)報告的一種格式帮哈。利?用它在幻燈?片、pdf芒粹、html?文檔、Word?文件中嵌?入R代碼和結果大溜，語法與Markdown一致化漆，下面主要介紹YAML表頭及代碼塊的參數(shù)設置
YAML 設置，注意是有縮進的
YAML 語言（發(fā)音 /?j?m?l/ ）的設計目標钦奋，就是方便人類讀寫座云。它實質(zhì)上是一種通用的數(shù)據(jù)串行化格式.
它的基本語法規(guī)則如下。參考
- 大小寫敏感
- 使用縮進表示層級關系
- 縮進時不允許使用Tab鍵付材，只允許使用空格朦拖。
- 縮進的空格數(shù)目不重要，只要相同層級的元素左側對齊即可
在Rmarkdown中放在“---”之間
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title: "標題"
author:"作者"
date:"`r Sys.Date()`"
output:html_document: or pdf_document or word_document
theme: cerulean #樣式
highlight: zenburn
codefloding:
number_sections:yes #目錄自動編號
toc:yes #可對全文檔添加目錄
toc_float: True #目錄作為側邊欄
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嵌入代碼的兩種方式厌衔，及設置輸出參數(shù)
1.嵌入行內(nèi)如：`r 1+1`
2.代碼塊璧帝，各種參數(shù)請看下面介紹
```{r 參數(shù):值}
plot(iris)
```
設置全局參數(shù)opts_chunk$set(echo = FALSE, fig.height = 4)
也可以每個代碼塊設置參數(shù){r 參數(shù):值}
eval TRUE 是否執(zhí)行代碼，F(xiàn)則原樣輸出源代碼
echo TRUE 是否顯示代碼富寿，甚至精確控制顯示哪幾段代碼（echo取數(shù)值）
warning TRUE 顯示警號信息睬隶，
error FALSE Whether to display errors
message TRUE Whether to display messages
tidy FALSE 代碼重排
highlight TRUE 增強可讀性，有無數(shù)的高亮主題可選页徐，僅適用于LaTeX和HTML輸出
results "markup" "markup", "asis", "hold", or "hide" 普通文本輸出或?qū)⑽谋据敵鲆栽瓨有问捷敵?br>
cache FALSE 選項cache=TRUE來啟用緩存苏潜，相應的cache.path選項用來設置緩存文件的路徑。
comment "##" Comment character to preface results with
out.width和out.height設置圖片在輸出文檔中的寬高
fig.width 7 Width in inches for plots created in chunk
fig.height 7 Height in inches for plots created in chunk
fig.path 用來設置圖形輸出的路徑
fig.keep 設置保留圖形的方式
fig.show 設置圖形顯示的方式
dev 設置用哪種圖形設備記錄圖形
詳細看
所有選項可參考官方說明： https://yihui.name/knitr/options/
輸出表格樣式
knitr::kable(mtcars) #表格
knitr::include_graphics() #讀取圖片
DT包
kableExtra包
渲染為PDF 或html docx
rmarkdown::render("<file path>")
交互的report
runtime: shiny 加到YAML中
Choose a time series:
\```{r echo = FALSE}
selectInput("data", "", c("co2", "lh"))
\```
See a plot:
\```{r echo = FALSE}
renderPlot({
d <- get(input$data)
plot(d)
})
\```
渲染方式
rmarkdown::run("a.Rmd")
參考鏈接：
參考卡片 https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/rmarkdown-cheatsheet.pdf
中文版 https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-chinese.pdf
