有的時候數據中有NA，可以聚類出來媒抠，但是有的時候就會報一個這樣的錯誤：
“Error in hclustfun(distfun(x)) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)”
為什么會有這個錯誤戒劫，要從heatmap函數調用的計算距離的方法dist()和聚類方法hclust()說起伊脓。
首先創(chuàng)建一個存在NA的數據集，并作出heatmap：
library(gplots)
library()
mat = matrix( rnorm(25), 5, 5)
mat[c(1,6,8,11,15,20,22,24)] = NaN
Colors=rev(brewer.pal(11,"Spectral"))
heatmap.2( mat, col = Colors,
trace = "none",
xlab = "Comparison",
scale = c("none"),
na.color="gray",
dendrogram = "row",
Colv = FALSE )
可以做出來熱圖唱凯，其中灰色部分為NA：
heatmap with NAs
這個數據集是這樣的：
data
heatmap.2默認調用dist()函數計算距離（其他熱圖包基本默認也都是這個函數）：
dist
這個數據集存在NA桨仿，但是仍然可以做出來熱圖弧烤，原因就是因為dist()計算的距離中不存在NA，hclust()就仍然可以聚類。
如果我們有一個文件暇昂，里面存在很多NA莺戒，比如構建如下一個數據：
mat = matrix(rnorm(49), 7, 7)
mat = rbind(mat[1:4, ], c(rep(NA,6), 1.2416), mat[5:6, ])
mat[1:2,3:7] <- rep(NA, 10)
data2
計算dist()：
dist(mat)
返回：
dist2
這時候去做heatmap，報錯急波，hclust不能聚類：
Error in hclustfun(distr) : 外接函數調用時不能有NA/NaN/Inf(arg11)
這個的可以通過修改distfun參數來解決从铲，從默認的hclust改成我們自己定義的距離，把計算出來NA的距離換掉澄暮，比如可以這樣：
dist_no_na <- function(mat) {
edist <- dist(mat)
edist[which(is.na(edist))] <- max(edist, na.rm=TRUE) * 1.1
return(edist)
}
heatmap.2( mat, col = Colors,
trace = "none",
xlab = "Comparison",
scale = c("none"),
na.color="gray",
dendrogram = "row",
Colv = FALSE,
distfun=dist_no_na)
heatmap with changed NAs
注意有的有的熱圖函數是不能調整聚類方法的名段。
