前言
說到單細胞數(shù)據(jù)分析，不得不提的一個工具就是基于R語言構建的一站式分析軟件--Seurat腊嗡。即使目前每年都有很多新的單細胞工具被開發(fā)出來，Seurat仍然是目前市場占有率最高拾酝，使用最廣泛的工具燕少。而且最難能可貴的是Seurat一直都在Rahul Satija的帶領下不斷更新，不斷完善蒿囤。
鑒于本篇推文內容有限棺亭，Immugent只從幾個角度對Seurat v5進行一個大致介紹，希望能起到拋磚引玉的作用蟋软，鼓動大家去官網系統(tǒng)學習镶摘。
主要內容
我們知道，2009年單細胞測序的概念首次被湯富酬老師提出岳守，但是直到2015年前后這項技術才被廣泛應用凄敢。其中最主要的一個原因就是在2015年出現(xiàn)了一個劃時代的單細胞分析工具--Seurat，而且第一版就發(fā)在了著名的NBT雜志上湿痢。隨后涝缝，Seurat為了滿足單細胞測序新技術的分析需求下，在不斷完善其功能：2018年的v2譬重，2019年的v3和最近一次在2021年更新的v4拒逮。
就在最近，Seurat重磅推出了它的v5版本臀规，雖然目前發(fā)表在預印刊雜志--bioRxiv上滩援，但是Immugent相信很快就會被各大雜志搶著發(fā)表。
需要強調的是塔嬉，Seurat的每一個高級版本都向下兼容玩徊，因此，以往的分析流程在v5中還是可以正常運行的谨究。此外恩袱，這次更新的v5對很多流程進行了優(yōu)化，其中Immugent想最先介紹的就是它的整合算法胶哲。這次更新的IntegrateLayers函數(shù)畔塔，整合了CCA，RPCA，Harmony澈吨，F(xiàn)astMNN把敢，scVI等很多其它主流R包的方法。
其次棚辽，隨著單細胞數(shù)據(jù)越來越龐大，對計算資源的需求越來越高冰肴。因此屈藐，這次Seurat v5提出了不同于之前的運行數(shù)據(jù)存儲理念，大大降低了對運行內存的依賴熙尉，并加快了數(shù)據(jù)讀取联逻、存儲的速度。
還有要強調的是Seurat v5這次極大的完善了單細胞多組學數(shù)據(jù)處理的需求检痰，特別是對單細胞空間轉錄組數(shù)據(jù)的處理上進行了極大的提升包归。除此之外，還有對表觀組學：scATAC-seq,scBS-seq和scCUT&Tag單細胞數(shù)據(jù)的整合分析铅歼。
此外公壤，Seurat v5增加了更多類型單細胞數(shù)據(jù)的接口，包括了：10x Visium, SLIDE-seq, Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, Nanostring CosMx, and Akoya CODEX椎椰。
最后,Immugent給出Seurat v5版本的安裝代碼厦幅，大家趕緊用起來吧。
## 安裝Seurat v5版本
remotes::install_github("satijalab/seurat", "seurat5", quiet = TRUE)
## 一些依賴的新的數(shù)據(jù)集和包
remotes::install_github("satijalab/seurat-data", "seurat5", quiet = TRUE)
remotes::install_github("satijalab/azimuth", "seurat5", quiet = TRUE)
remotes::install_github("satijalab/seurat-wrappers", "seurat5", quiet = TRUE)
remotes::install_github("stuart-lab/signac", "seurat5", quiet = TRUE)
## 安裝處理大數(shù)據(jù)的依賴包BPCells
remotes::install_github("bnprks/BPCells", quiet = TRUE)
說在最后
Seurat的這次更新可以說是具有劃時代意義的慨飘，基本考慮到了目前單細胞測序數(shù)據(jù)分析的全部問題确憨，具體的內容大家可以去Seurat的官網系統(tǒng)學習。
此外瓤的，還值得一提的是從Seurat V4開始休弃，這個包的第一作者就變成了華人學者--Yuhan Hao。這位大佬行事很低調圈膏，很少出現(xiàn)在公眾媒體塔猾，但是實力超凡，值得我們每一個人學習稽坤。
好啦桥帆，本期分享到這里就結束了，我們下期再會~~
[參考文獻]
Dictionary learning for integrative, multimodal, and scalable single-cell analysis bioRxiv 2022.02.24.481684; doi: https://doi.org/10.1101/2022.02.24.481684.
