一.信息類數(shù)據(jù)庫

1.綜合型數(shù)據(jù)庫

NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

UCSC:http://genome.ucsc.edu/ (基因組瀏覽器)

Ensembl : http://asia.ensembl.org/index.html

Genecards : https://www.genecards.org/

BioGPS : http://biogps.org/#goto=welcome 大型綜合數(shù)據(jù)庫

MGD : http://www.informatics.jax.org/ 小鼠基因組

2.蛋白數(shù)據(jù)庫

UniProt :https://www.uniprot.org/ 蛋白信息

SMART : http://smart.embl-heidelberg.de/ 信息/結(jié)構(gòu)域/修飾/互作

CR2Cancer : http://cis.hku.hk/CR2Cancer/ 信息/表達/甲基化/CNV/預(yù)后/…

COBALT : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/re_cobalt.cgi 保守性

Clustalo : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 保守性

ClustalW : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 保守性

multalin : http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/ 保守性

InterPro : http://www.ebi.ac.uk/interpro/ motif分析

PROSITE : https://prosite.expasy.org/ motif分析

ELM : http://elm.eu.org/ motif分析

NLSdb : https://rostlab.org/services/nlsdb/ 核定位

iACP : http://lin-group.cn/server/iACP 預(yù)測抗癌肽

3.-miRNA數(shù)據(jù)庫

miRBase : http://www.mirbase.org/ 信息

Tools4miRs : https://tools4mirs.org 整合型

mirPath :http://snf-515788.vm.okeanos.grnet.gr/ 通路

miRPathDB : https://mpd.bioinf.uni-sb.de/ 通路

HMDD : http://www.cuilab.cn/hmdd pub/疾病

MISIM : http://www.lirmed.com/misim/Home 預(yù)測/疾病

Oncomir : http://www.oncomir.org/ 腫瘤/表達預(yù)后

miRNACancerMap : http://cis.hku.hk/miRNACancerMAP/ 腫瘤/表達預(yù)后

DIANA Tools : http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software 功能/機制

ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ ceRNA

4.lncRNA數(shù)據(jù)庫

noncode : http://www.noncode.org/ 信息

lncrnadb : http://www.lncrnadb.org/ 信息

lncipedia : http://www.lncrnadb.org/ 信息

LncBook : http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index 信息

AnnoLnc :http://annolnc.cbi.pku.edu.cn 信息/表達/機制

Rsite2 : http://www.cuilab.cn/rsite2 結(jié)構(gòu)

RNA-MoIP : http://rnamoip.cs.mcgill.ca/ 結(jié)構(gòu)

TANRIC : https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/tanric/ 腫瘤/表達

lnCAR :https://lncar.renlab.org 表達/結(jié)構(gòu)

Lnc2Cancer : http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/ pub/表達/表型

lncRNADisease : http://www.rnanut.net/lncrnadisease/ pub/疾病

HDncRNA : http://hdncrna.cardiacdev.com/ pub/心血管

iLoc-LncRNA : http://lin-group.cn/server/iLoc-LncRNA/ 定位/預(yù)測/Fasta

lncLocator : http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/# 定位/預(yù)測/Fasta

RNAlocate :http://www.rna-society.org/rnalocate/index.html 定位/檢索

lncATLAS : http://lncatlas.crg.eu/定位/基于測序

Co-LncRNA : https://www.lncrnablog.com/tag/co-lncrna/ 功能/相關(guān)性

LncBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index-predicted ceRNA

LncTar : http://www.cuilab.cn/lnctar lncRNA-RNA

LncTar: a tool for predicting the RNA targets of long noncoding RNAs

Lnc2Meth : http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/ 甲基化

LncRNASNP2 : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP#!/ SNP/CNV/突變

LncRNA2Target : http://www.lncrna2target.org lncRNA-蛋白/miRNA

LNCediting : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/ A-to-I

5.circRNA數(shù)據(jù)庫
circBase : http://www.circbase.org/ 信息

circbank : http://www.circbank.cn/help.html 信息/ceRNA

CIRCpedia : https://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/ 信息/保守性

circAtlas : http://circatlas.biols.ac.cn/ 信息/ceRNA/RBP

CircInteractome : https://circinteractome.nia.nih.gov 信息/ceRNA/RBP/siRNA

circRNADb : http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb 信息/編碼蛋白

CircFunBase : http://bis.zju.edu.cn/CircFunBase/ 信息/功能/蛋白/miRNA

TSCD : http://gb.whu.edu.cn/TSCD/ 組織特異性分析

CSCD : http://gb.whu.edu.cn/CSCD/ 腫瘤特異性分析

circRNADisease : http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ pub/疾病

TRCirc : http://www.licpathway.net/TRCirc/view/index 轉(zhuǎn)錄因子-circ

ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ ceRNA/RBP

6.外泌體數(shù)據(jù)庫

EVmiRNA : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/ miRNA

exoRBase : http://www.exorbase.org/ 血液/mRNA/lnc/circ

miRandola : http://mirandola.iit.cnr.it/ RNA/疾病-高通量

7.假基因數(shù)據(jù)庫

dreamBase : http://rna.sysu.edu.cn/dreamBase/ 整合型/表達/組蛋白修飾/RNA修飾/蛋白結(jié)合/miRNA

8.融合基因數(shù)據(jù)庫

ChimerDB : http://ercsb.ewha.ac.kr/fusiongene/整合型/pub+預(yù)測

COSMIC Fusion : https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion pub

9.DNA修飾數(shù)據(jù)庫

AWESOME :http://www.awesome-hust.com/ snp

Pancan-meQTL : http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/ SNP/甲基化-生存/調(diào)控

iDNA6mA-PseKNC : http://lin-group.cn/server/iDNA6mA-PseKNC N6甲基化/Fasta

MethBank : https://bigd.big.ac.cn/methbank/ 甲基化/多物種/注釋庫

10 RNA修飾數(shù)據(jù)庫

RMBase :http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/ RNA修飾/SNP

m6AVar : http://m6avar.renlab.org/ m6A

WHISTLE : http://180.208.58.19/whistle/index.html m6A/預(yù)測

iRNA-3typeA :http://lin-group.cn/server/iRNA-3typeA.php m1A/m6A/A-to-I/預(yù)測

LNCediting : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/ A-to-I

11.蛋白修飾數(shù)據(jù)庫

PTMD : http://ptmd.biocuckoo.org/ 修飾-疾病

Phosphonet : http://www.phosphonet.ca/ 磷酸化

PhosphositePlus : https://www.phosphosite.org/homeAction.action 磷酸化

qPhos : http://qphos.cancerbio.info/ 磷酸化

GPS : http://gps.biocuckoo.cn/index.php 磷酸化

GPS-MSP : http://msp.biocuckoo.org/index.php 蛋白甲基化

12.藥物數(shù)據(jù)庫

DGIdb : http://www.dgidb.org/ 藥物-基因

Pubchem : https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 化合物/信息/結(jié)構(gòu)

CTD : http://ctdbase.org/ 信息/化合物/互作

NRDTD :http://chengroup.cumt.edu.cn/NRDTD/ 藥物-ncRNA

ETCM : http://www.tcmip.cn/ETCM/ 中藥/靶分子/功能/疾病

BATMAN-TCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病

TCMSP : https://lsp.nwu.edu.cn/ 中藥成分/靶分子/疾病

TCMID : http://119.3.41.228:8000/tcmid/ 中藥信息

SymMap : https://www.symmap.org/ 整合型

VigiBase ：https://www.who-umc.org/vigibase/vigilyze/ 藥物不良數(shù)據(jù)庫

13.疾病數(shù)據(jù)庫

HMDD : http://www.cuilab.cn/hmdd (疾病/miRNA/靶分子)

lncRNADisease : http://www.rnanut.net/lncrnadisease/ (疾病/lncRNA)

circRNADisease : http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ (疾病/circRNA)

HDncRNA :http://hdncrna.cardiacdev.com (心血管疾病/ncRNA)

OsteoporosAtlas : http://biokb.ncpsb.org/osteoporosis/ (骨質(zhì)疏松/基因/miRNA)

AlzBase : http://alz.big.ac.cn/alzBase(阿爾茨海默癥/GEO)

14.其他數(shù)據(jù)庫

Autophagy：http://www.autophagy.lu/index.html 自噬數(shù)據(jù)庫

eFORGE：https://eforge.altiusinstitute.org/ 表觀遺傳數(shù)據(jù)庫

CellMarker：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/ 細胞標志物數(shù)據(jù)庫

COSMIC：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/ 癌癥體細胞突變數(shù)據(jù)庫

二.樣本數(shù)據(jù)庫
1.樣本存儲數(shù)據(jù)庫

GEO : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ (2020)大型/眾多疾病

TCGA : https://portal.gdc.cancer.gov/ (2020)腫瘤

ICGC : https://dcc.icgc.org (2020)腫瘤

CGGA : http://www.cgga.org.cn/download.jsp 膠質(zhì)瘤

CPTAC : https://cptac-data-portal.georgetown.edu 腫瘤蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫

Treehouse : https://treehousegenomics.soe.ucsc.edu/public-data/#v9publicpolya 兒童腫瘤

CCEL : https://portals.broadinstitute.org/ccle 腫瘤細胞株

cbioportal : http://www.cbioportal.org/ 腫瘤

Protein Atlas : http://www.proteinatlas.org/ 免疫組化數(shù)據(jù)庫/腫瘤

GTEx : https://www.gtexportal.org/home/index.html 正常樣本

Cistrome : http://cistrome.org/db/#/ (2020)表觀組數(shù)據(jù)

ReMap : http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php ChIPseq數(shù)據(jù)

HMP : https://portal.hmpdacc.org/ 人類菌群數(shù)據(jù)

PanglaoDB : https://panglaodb.se/index.html 單細胞轉(zhuǎn)錄組/表達/亞群marker

2.分析平臺

NetworkAnalyst : https://www.networkanalyst.ca /芯片/RNAseq

GREIN : www.ilincs.org/apps/grein/ GEO-array/RNAseq-預(yù)分析

BioJupies :https://amp.pharm.mssm.edu/biojupies/ RNAseq

IRIS-EDA : http://bmbl.sdstate.edu/IRIS/ RNAseq/scRNA-seq

iDEP.85 : http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/ 芯片/RNAseq

Granatum : http://granatum.dcmb.med.umich.edu:8102/?state_id=c11e507cd31c35d0&tab=info 單細胞測序

MicrobiomeAnalyst : https://www.microbiomeanalyst.ca 微生物組學

Microbializer : https://microbializer.tau.ac.il 微生物組學

3.基于GEO/TCGA開發(fā)的數(shù)據(jù)庫

GEO2R : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/ 差異分析/芯片編號

BART : http://igc1.salk.edu:3838/bart/ 差異分析/芯片編號/原始文件

ImaGEO : http://bioinfo.genyo.es/imageo/ meta/芯片編號

R2 : https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi 多種分析

CRN : http://syslab4.nchu.edu.tw/ 腫瘤相關(guān)

Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc.swmed.edu/lungcancer/index.php#page-top 肺癌

GEPIA : http://gepia.cancer-pku.cn/ 表達/預(yù)后/相關(guān)性

Oncomine : https://www.oncomine.org/resource/login.html 表達/預(yù)后/相關(guān)性

UALCAN : http://ualcan.path.uab.edu/index.html 表達/預(yù)后/相關(guān)/甲基化

LinkedOmics : http://www.linkedomics.org/login.php 表達/相關(guān)/甲基化

TRGAted : https://nborcherding.shinyapps.io/TRGAted/ 預(yù)后/OS/DFS/DFI

KM plotter : http://kmplot.com/analysis/ 預(yù)后/mRNA/miRNA

MethSurv : https://biit.cs.ut.ee/methsurv/ 甲基化預(yù)后

MethHC : http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php 甲基化-表達

MEXPRESS : https://mexpress.be/ 甲基化

Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc.swmed.edu/lungcancer/index.php#page-top 肺癌

HCMDB：http://hcmdb.i-sanger.com/index 人腫瘤轉(zhuǎn)移數(shù)據(jù)

三.交互數(shù)據(jù)庫
1.RNA-DNA數(shù)據(jù)庫

LongTarget : http://lncrna.smu.edu.cn/ R-loop

R-loopDB : http://rloop.bii.a-star.edu.sg/ (R-loop)

2.(RNA-RNA) miRNA-RNA數(shù)據(jù)庫

ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ (ceRNA)

TargetScan : http://www.targetscan.org/vert_72/ ceRNA

miRWalk : http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ (整合型)

TarBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex pub

miRTarBase : http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php (預(yù)測)

LncBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 預(yù)測/lncRNA

LncACTdb 2.0 : http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html pub/預(yù)測/ceRNA

miRTissue : http://150.145.111.118:3838/mirTissue/ 交互的影響

3.蛋白-DNA) 轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫

JASPAR :http://jaspar.genereg.net/ (2020)

AnimalTFDB : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/ 找TF

Unibind : https://unibind.uio.no 轉(zhuǎn)錄因子信息

iTIS-PseTNC : http://lin-group.cn/server/iTIS-PseTNC 預(yù)測TSS

dbtoolkit : http://dbtoolkit.cistrome.org/ TF預(yù)測

ChIPBase : http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php (TF-ncRNA/蛋白/共表達)

ChIP-Atlas : http://chip-atlas.org/ TF找靶分子

TRRUST : www.grnpedia.org/trrust/ pub/預(yù)測乙漓？

miRGen : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3%2Findex TF-miRNA

TransmiR : http://www.cuilab.cn/transmir TF-miRNA

mirTrans : https://mcube.nju.edu.cn/jwang/lab/soft/mirtrans/ TF-miRNA

4.(蛋白-DNA) 增強子數(shù)據(jù)庫

EnhancerDB : http://lcbb.swjtu.edu.cn/EnhancerDB/ 增強子-TF-基因/miRNA

HACER : http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/ 增強子-TF-靶基因

EnhancerAtlas :http://www.enhanceratlas.org/CONTACT 增強子-基因

TiED : https://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED 組織特異性/TF/靶分子/SNP

HEDD :http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php (增強子-疾病)

5.蛋白-蛋白數(shù)據(jù)庫

STRING : https://string-db.org/cgi/input.pl (蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò))

BioGRID : https://thebiogrid.org/ pub

APID :http://apid.dep.usal.es (pub/實驗)

OLS:https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mi

HDOCK :http://hdock.phys.hust.edu.cn/ (預(yù)測/蛋白-蛋白)

InterEvDock2 : https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/InterEvDock2/ 預(yù)測

6.藥物-蛋白數(shù)據(jù)庫

DGIdb :http://www.dgidb.org/ (藥物-基因)

NRDTD : (藥物-ncRNA)

ETCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病

BATMAN-TCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病

TCMSP : https://lsp.nwu.edu.cn/ 中藥成分/靶分子/疾病

SEA:http://sea.bkslab.org/ 預(yù)測藥物靶點

SuperPred：http://prediction.charite.de/ 預(yù)測藥物靶點

KINOME: https://kinome.dddc.ac.cn/en/ 預(yù)測藥物調(diào)控激酶

VARIDT：http://varidt.idrblab.net/ttd/ 藥物轉(zhuǎn)運體數(shù)據(jù)庫

7.腫瘤微環(huán)境數(shù)據(jù)庫

CIBERSORT : https://cibersort.stanford.edu/ 免疫浸潤

TIMER : http://timer.cistrome.org/ 免疫浸潤

TISIDB : http://cis.hku.hk/TISIDB/ 基因-免疫細胞

CancerSEA : http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/ 腫瘤單細胞

四.富集數(shù)據(jù)庫
1.功能數(shù)據(jù)庫

Metascape : https://metascape.org/gp/index.html 富集分析

DAVID : https://david.ncifcrf.gov/ 富集分析

WebGestalt : http://www.webgestalt.org/ ORA/GSEA/NTA

TAM : http://www.lirmed.com/tam2/ miRNA富集分析

GSEA : https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp GSEA

Enrichr : http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/ 富集

KOBAS : http://kobas.cbi.pku.edu.cn/index.php 聚類

g: Profiler : https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 聚類/ID轉(zhuǎn)換

OmicsNet : www.omicsnet.ca 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

FunRich：http://funrich.org/download

2.通路數(shù)據(jù)庫

KEGG : https://www.kegg.jp 通路

Reactome : https://reactome.org/ 通路

Pathview : https://reactome.org/ 通路/可視化

五.實驗數(shù)據(jù)庫
1.試劑數(shù)據(jù)庫

CiteAb : https://www.citeab.com/ 抗體

BenchSci : https://www.benchsci.com 抗體

Labome : https://www.labome.com/index.html 抗體/siRNA

Selleckchem : https://www.selleck.cn/ 抑制劑

CRISPRlnc : http://www.crisprlnc.org/ crispr/lncRNA

MRPrimerW2 : http://mrprimerw2.com/ qPCR引物

ChIPprimersDB : https://www.chipprimers.com ChIP-PCR引物

PrimerBank：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ qPCR引物

Addgene：http://www.addgene.org/ 載體信息共享網(wǎng)站

2.實驗protocol數(shù)據(jù)庫

Jove : https://www.jove.com 視頻/權(quán)限

bio-protocol : https://bio-protocol.org/cn/default.aspx protocol

Current Protocols : https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/ protocol

Nature protocol : https://www.nature.com/nprot/ protocol

Springer Protocols : https://experiments.springernature.com/springer-protocols-closure protocol

Cold Spring Harbor Protocols : http://cshprotocols.cshlp.org/ protocol

cirRNA
https://mp.weixin.qq.com/s/bzDfU_5w5un5UH_V2k4GRw
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原文鏈接：https://blog.csdn.net/wish_to_top/article/details/118481524