Fastq & Fasta
- Fastq格式：一種基于文本的首昔，保存生物序列（通常是核酸序列）和其測(cè)序質(zhì)量信息的標(biāo)準(zhǔn)格式,一般都包含有4行。
第一行：由‘@’開(kāi)始圈暗，后面跟著序列ID和可選的描述泽铛，序列ID是唯一的；
第二行：堿基序列北发；
第三行：由‘+’開(kāi)始纹因，后面是序列的描述信息；
第四行：第二行序列的質(zhì)量評(píng)價(jià)(quality value) - Fasta格式：
(1)：以“>”為開(kāi)頭琳拨，fasta格式標(biāo)志瞭恰。
(2)：序列ID號(hào)，gi號(hào)狱庇，NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的標(biāo)識(shí)符惊畏，具有唯一性。
格式為：gi|gi號(hào)|來(lái)源標(biāo)志|序列標(biāo)志（接收號(hào)密任、名稱(chēng)等）颜启，若某項(xiàng)缺失可以留空，“|”保留浪讳。
(3)：序列描述缰盏。
(4)：堿基序列，序列中允許空格淹遵、換行口猜、空行，一般一行60個(gè) - Fastq文件→Fasta文件
Linux命令
法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
法2：seqtk seq -A input.fastq > output.fasta
FASTX-Toolkit
?一款用于處理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序透揣，里面包含了豐富的Fasta/Fastq文件格式轉(zhuǎn)換济炎、統(tǒng)計(jì)等命令。
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
測(cè)序思維導(dǎo)圖.png
