生物信息學(xué)分析和作圖是科研狗們的必備技能川蒙。近幾年贡翘，隨著數(shù)據(jù)類型的增多蹈矮，excel、SPSS等常用軟件已經(jīng)不能滿足科研需求了鸣驱。R語言以其方便泛鸟、快捷的優(yōu)勢(shì)，迅速獲得許多編程技術(shù)不好的科研狗的青睞踊东。憑借短短幾行代碼北滥，就能完成各種高大上的數(shù)據(jù)分析，關(guān)鍵還能做出漂亮的圖闸翅。但天天跟代碼打交道也頗為頭疼再芋，作為一般的科研人員，并不需要完全掌握代碼坚冀，只要會(huì)使用生物信息學(xué)網(wǎng)頁工具就差不多了济赎。

1、轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫

???????? ooTFD：http://www.ifti.org

2记某、北京大學(xué)生物信息學(xué)中心

???????? http://www.cbi.pku.edu.cn

3联喘、BioEdit?軟件

??????? 核苷酸和蛋白質(zhì)序列分析軟件：http://www.bioedit.com/

4、韋恩圖

??????? Venny2.0

升級(jí)版韋恩圖

jvenn: 可做到6個(gè)

5辙纬、基因預(yù)測

??????? FGENESH

6豁遭、phylogenetic

???????? 進(jìn)化樹：iTOL

?????? 在線構(gòu)建進(jìn)化樹

?????? IQTREE Web Server: Fast and accurate phylogenetic trees under maximum likelihood

7、啟動(dòng)子區(qū)預(yù)測

??????? Promoter Scan

8贺拣、蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)分析

??????? PredictProte

9蓖谢、ExPASy-ProtParam tool

10捂蕴、蛋白質(zhì)磷酸化位點(diǎn)

?????????? NetPhos 2.0

11、信號(hào)肽

?????????? SignalP

12闪幽、跨膜結(jié)構(gòu)域

?????????? TMHMM Server v. 2.0

13啥辨、蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位

?????????? TargetP 1.1 Server

14、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析

?????????? SOPMA

15盯腌、蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測

?????????? SWISS-MODEL

16溉知、短序列拼接

?????????? Cap3

17、多序列比對(duì)相似性展示

?????????? SimiTriX-SimiTetra

18腕够、多序列比對(duì)可視化

??????????? MView: A multiple alignment viewer or AlignmentViewer

19级乍、過濾多序列比對(duì)結(jié)果

??????????? GUIDANCE2 Server: Server for alignment confidence score

20、繪制GO注釋結(jié)果

??????????? WEGO：Web Gene Ontology Annotation Plotting

21帚湘、蛋白質(zhì) Pfam database meme:Multiple Em for Motif Elicitation

?????? SMART Conserved Domains within a protein or coding nucleotide sequence

1. 模體(motif)

屬于蛋白質(zhì)的超二級(jí)結(jié)構(gòu)玫荣，由2個(gè)或2個(gè)以上具有二級(jí)結(jié)構(gòu)的的肽段，在空間上相互接近大诸，形成一個(gè)特殊的空間構(gòu)象捅厂，并發(fā)揮專一的功能。一種類型的模體總有其特征性的氨基酸序列资柔。

模體是二級(jí)結(jié)構(gòu)有規(guī)律的組合焙贷。例如螺旋-環(huán)-螺旋，貝塔折疊的組合贿堰、阿而法螺旋組合等辙芍。再比如亮氨酸拉鏈、鋅指結(jié)構(gòu)都是典型的模體官边，它們執(zhí)行一定的功能沸手，即模體即是結(jié)構(gòu)的單位，又是功能單位注簿，他們可直接作為結(jié)構(gòu)域和三級(jí)結(jié)構(gòu)的建筑塊契吉。某些蛋白質(zhì)因子與DNA大溝結(jié)合的部位靠的就是某些特異的模體。

2. 結(jié)構(gòu)域（domain）

是指在較大的分子（主要指蛋白質(zhì)也包括核酸分子）中形成的某些在空間上可以辨別的結(jié)構(gòu)诡渴，往往是球狀壓縮區(qū)或纖維狀壓縮區(qū)捐晶。它們也既是結(jié)構(gòu)單位，又是功能單位妄辩。例如免疫球蛋白的功能區(qū)就是結(jié)構(gòu)域惑灵。

22、基因組雜合性評(píng)估

?????????? GenomeScope：Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical?? approach

23眼耀、circos圖

?????????? CIRCOS可以用來畫基因組數(shù)據(jù)的環(huán)狀圖英支，也可以用來繪制其它數(shù)據(jù)的相關(guān)環(huán)狀圖。

1. 需要注意的是上傳數(shù)據(jù)格式為空格或tab分隔的txt格式純文本列表文件哮伟，值均為非負(fù)整數(shù)干花，若存在缺失值妄帘，用“-”線代替，若有小數(shù)池凄，每一個(gè)單元格乘以某一值(如1000)抡驼，化為整數(shù)，且每個(gè)單元格中只能有數(shù)字肿仑，其他任何符號(hào)都不行致盟，除了缺失的“-”，(1555尤慰，而不是1,555)馏锡；

2. 在線版只能繪制75階方陣數(shù)據(jù)，若需要繪制較復(fù)雜的請(qǐng)下載Circos and use the tableviewer tool割择。

3. 每一個(gè)標(biāo)簽所對(duì)應(yīng)半圈的總長度為這一標(biāo)簽所對(duì)應(yīng)的所有值的和眷篇，不同半圈間連線表示這兩標(biāo)簽所表示的值萎河。

元數(shù)據(jù)可視化

Web-Igloo：Interactively visualizing multivariate data without feature decomposition

需要數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)兩個(gè)文件,實(shí)例數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如下：

數(shù)據(jù)(Select data file (Tab delimited))

Samples ? ?Palmitic ? ?Palmitoleic ? ?Stearic ? ?Oleic ? ?Linoleic ? ?Linolenic ? ?Arachidic ? ?Eicosenoic

S1 ? ?1075 ? ?75 ? ?226 ? ?7823 ? ?672 ? ?36 ? ?60 ? ?29

S2 ? ?1088 ? ?73 ? ?224 ? ?7709 ? ?781 ? ?31 ? ?61 ? ?29

S3 ? ?911 ? ?54 ? ?246 ? ?8113 ? ?549 ? ?31 ? ?63 ? ?29

S4 ? ?966 ? ?57 ? ?240 ? ?7952 ? ?619 ? ?50 ? ?78 ? ?35

S5 ? ?1051 ? ?67 ? ?259 ? ?7771 ? ?672 ? ?50 ? ?80 ? ?46

S6 ? ?911 ? ?49 ? ?268 ? ?7924 ? ?678 ? ?51 ? ?70 ? ?44

S7 ? ?922 ? ?66 ? ?264 ? ?7990 ? ?618 ? ?49 ? ?56 ? ?29

S8 ? ?1100 ? ?61 ? ?235 ? ?7728 ? ?734 ? ?39 ? ?64 ? ?35

S9 ? ?1082 ? ?60 ? ?239 ? ?7745 ? ?709 ? ?46 ? ?83 ? ?33

S10 ? ?1037 ? ?55 ? ?213 ? ?7944 ? ?633 ? ?26 ? ?52 ? ?30

S11 ? ?1051 ? ?35 ? ?219 ? ?7978 ? ?605 ? ?21 ? ?65 ? ?24

S12 ? ?1036 ? ?59 ? ?235 ? ?7868 ? ?661 ? ?30 ? ?62 ? ?44

元數(shù)據(jù)（Select metadata (Tab delimited)）

Samples ? ?Geography

S1 ? ?N

S2 ? ?N

S3 ? ?N

S4 ? ?NA

S5 ? ?NA

S6 ? ?NA

S7 ? ?NAp

S8 ? ?NAp

S9 ? ?NAp

S10 ? ?NApulia

S11 ? ?NApulia

S12 ? ?NApulia

24荔泳、基因結(jié)構(gòu)展示

?????? GSDS2.0: Gene Structure Display Server

AnnotationSketch

25、外顯子-內(nèi)含子結(jié)構(gòu)

??????????? Exon-Intron Graphic Maker MyDomains DomainDraw draws

蛋白突變位點(diǎn)注釋

MutationMapper: interprets mutations with protein annotations

26虐杯、regulatory genes 分析

Transcription factors, transcription regulators, and chromatin regulators, collectively referred to as regulatory genes.

PlantTFcat: An Online Plant Transcription Factor and Transcriptional Regulator Categorization and Analysis Tool

27玛歌、密碼子偏好性 (Codon Optimization)

?????????? Codon Optimization On-Line (COOL)

????????? Codon Optimization Tool：Integrated DNA Technologies

28、序列格式轉(zhuǎn)換(Sequence Format Conversion)

??????????? EMBOSS Seqret

29擎椰、真菌效應(yīng)蛋白預(yù)測

??????????? EffectorP: predicting fungal effector proteins from secretomes using machine learning

BLAST結(jié)果可視化

kablammo: Visualize your BLAST results

30支子、植物基因家族分類和富集分析

?????????? GenFam: Gene Family based classification and enrichment analysis

31、生物類文件格式轉(zhuǎn)換

?????????? Sequence conversion

32达舒、Plant-Specific Myristoylation Predictor

??????????? Plant-Specific Myristoylation Predictor

33值朋、啟動(dòng)子元件預(yù)測

??????????? Plant CARE: Search for CARE

34、植物啟動(dòng)子/轉(zhuǎn)錄因子分析

??????????? PlantPAN 3.0