DrugBank數(shù)據(jù)庫是阿爾伯塔大學將詳細的藥物數(shù)據(jù)和全面的藥物目標信息結合起來，結果都是有實驗驗證過的，真實可靠的生物信息學和化學信息學數(shù)據(jù)庫。
DrugBank的角色主要有兩個：
①臨床導向的藥品百科全書。DrugBank能夠提供關于藥品泰佳，藥品靶點和藥物作用的生物或生理結果的詳細盼砍、最新、定量分析或分子量的信息乐纸。
②化學導向的藥品數(shù)據(jù)庫衬廷。DrugBank能夠提供許多內置的工具，用于查看汽绢、排序、搜索和提取文本侧戴、圖像宁昭、序列或結構數(shù)據(jù)。自數(shù)據(jù)庫首次發(fā)布信息起酗宋，DrugBank已被廣泛應用于計算機檢索藥物积仗、藥物“復原”、計算機檢索藥物結構數(shù)據(jù)蜕猫、藥物對接或篩選寂曹、藥物代謝預測、藥物靶點預測和一般制藥教育回右。
DrugBank包含13791種藥物條目隆圆，其中包括2653種經批準的小分子藥物、1417種經批準的生物技術(蛋白質/肽)藥物翔烁、131種營養(yǎng)品和6451種實驗藥物渺氧。此外，5236個非冗余蛋白(即藥物靶標/酶/轉運體/載體)序列與這些藥物條目相關聯(lián)蹬屹。每個DrugCard條目包含200多個數(shù)據(jù)字段侣背，其中一半用于藥物/化學數(shù)據(jù)，另一半用于藥物靶標或蛋白質數(shù)據(jù)慨默。DrugBank最大的特色是它支持全面而復雜的搜索贩耐，結合DrugBank可視化軟件，這些工具能讓科學家們非常容易的檢索到新的藥物靶目標厦取、比較藥物結構潮太、研究藥物機制以及探索新型藥物。
DrugBank
https://go.drugbank.com/drugs/
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好的蒜胖，接下里看看如何使用這個數(shù)據(jù)庫吧消别。
一、Search 搜索
從主頁面我們可以看出台谢，檢索方式有兩種寻狂，一種是專門的search模塊，一種是主頁快速搜索朋沮。
Search模塊給出的搜索模式很豐富（包括但不限于化學機構蛇券、分子量缀壤、藥理學的專業(yè)搜索），如下：
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其中Chemical structure允許用戶繪制（使用Marvin Sketch小程序或Chem Sketch小程序）或寫下（SMILES字符串）化合物纠亚，右側可以設置檢索相似值等塘慕，對結構式進行模糊檢索，可以找到與目標結構式相近的藥物蒂胞。
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主頁的搜索包括四種图呢，分別為“Drugs(藥品名)”、“Targets(靶點)”骗随、“Pathways(作用途徑)”蛤织、“Indications(適應癥)”，由于篇幅的原因鸿染，以下對Drugs進行介紹吧指蚜。
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這里我們以DRUGBANK熱門藥物Morphine嗎啡為例進行搜索，點擊enter涨椒，結果如下：
01 IDENTIFICATION
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這里可以看到對藥物的名稱摊鸡、描述、類型蚕冬、結構體同位素免猾、化學式等內容，比如這里描述說到嗎啡是鴉片的主要生物堿播瞳，于1805年首次從罌粟種子中獲得掸刊。是一種有效的止痛藥，盡管由于耐受性赢乓，戒斷和濫用風險而受到限制忧侧。嗎啡在1941年獲得FDA批準。
第二部分PHARMACOLOGY說到的就是藥理牌芋。藥效學蚓炬、作用機理、吸收性躺屁、分布量肯夏、蛋白質結合、代謝犀暑、消除途徑驯击、半衰期、清除率耐亏、毒性徊都、通路、藥物基因組效應/ ADR 广辰，清清楚楚列出暇矫。
**02 **PHARMACOLOGY
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**03 **INTERACTIONS
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這部分會給出嗎啡在使用過程中和其他藥物的互相作用和后果展示主之，以及一些食物的禁忌。
**04 **PRODUCTS
這里會展示藥物的產品李根，比如這里嗎啡的產品成分槽奕、產品圖片品牌、處方產品房轿、通用處方藥粤攒、混合產品等。
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**05 **CATEGORIES
CATEGORIES會給出ATC代碼和藥品類冀续、化學分類琼讽。
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**06 **CHEMICAL IDENTIFIERS
化學標識符:
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**07 **參考文獻
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后面還有臨床試驗、藥物制造各大公司集團洪唐、價格以及專利的介紹，靶點等等吼蚁，在結構欄可以看到凭需，詳細內容這里不再一一列出。
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二肝匆、Browse 瀏覽
瀏覽模塊可以讓我們選擇小分子藥物或者生物技術藥物粒蜈，篩選項包括是否批準（Approved）,是否保健品（Nutraceutical），是否違禁藥（Illicit）旗国，研究藥物（Investigational）枯怖，撤回藥物（Withdrawm）,實驗藥物（experimental）。最重要的是能曾，很多藥物在各個國家的使用情況是不一樣的度硝，因此，DrugBank提供了藥物使用地分組寿冕，可以選擇屬于美國蕊程，加拿大還是歐洲的市場。
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瀏覽的機構根據(jù)藥物的名稱驼唱、重量藻茂、結構體和藥物描述以及分類目錄進行展示，示例如下：
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點擊藥物后展示如下（和搜索結果基本一致）：
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有目的地尋找藥物相關內容時玫恳，可以根據(jù)左側點擊不同行的內容進行查看辨赐。
三、Download 下載
Drugbank支持下載所有的藥物信息京办，但是要先注冊賬號掀序。不同內容下載格式不同，完整版是xml臂港，結構體是SDF森枪，外部鏈接的數(shù)據(jù)是CSV格式视搏，蛋白質標識符是CSV，目標序列是FASTA县袱。
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PS：蛋白質識別符包括UniProt和PDB等資源的外部ID浑娜。這些下載首先按蛋白質/化合物類型（靶標，轉運蛋白等）劃分式散。其次筋遭，它們按毒品類別（批準的，非法的等）劃分暴拄。每個檔案包含2個文件：一個用于所有靶標/酶/轉運蛋白/載體漓滔，一個僅帶有標記為的文件pharmacologically active（與至少一種相關藥物的作用機制直接相關）。導出CSV文件中的每一行還包括一連串的DrugBank藥品ID（以分號分隔）的列表作為最后一列乖篷。
通過Drugbank 數(shù)據(jù)庫的各項功能可以幫助我們盡快的熟悉疾病相關藥物的信息响驴，查看相應的成分、產地和價格撕蔼，篩選所需藥物豁鲤，為了下一步實驗進行仿制藥or新藥的研發(fā)都有一定的幫助。希望大家使用愉快鲸沮，本期到此結束~
References
Wishart DS, Feunang YD, Guo AC, Lo EJ, Marcu A, Grant JR, Sajed T, Johnson D, Li C, Sayeeda Z, Assempour N, Iynkkaran I, Liu Y, Maciejewski A, Gale N, Wilson A, Chin L, Cummings R, Le D, Pon A, Knox C, Wilson M. DrugBank 5.0: a major update to the DrugBank database for 2018. Nucleic Acids Res. 2017 Nov 8. doi: 10.1093/nar/gkx1037.
