萬(wàn)能轉(zhuǎn)換据悔，R圖和統(tǒng)計(jì)表轉(zhuǎn)成發(fā)表級(jí)的Word，PPT耘沼，Excel极颓，HTML，LaTeX群嗤，矢量圖等

R包export可以輕松的將R繪制的圖和統(tǒng)計(jì)表輸出到Microsoft Office（Word菠隆，PowerPoint和Excel），HTML和Latex中狂秘，其質(zhì)量可以直接用于發(fā)表骇径。

你和PPT高手之間，就只差一個(gè)I幻燈片式
Excel改變了你的基因名赃绊，30％相關(guān)自然文章受影響既峡，NCBI也受波及

特點(diǎn)

可以用命令將交互式R圖或ggplot2，Lattice或base R保存到Microsoft Word碧查，Powerpoint或其他各種位圖或矢量格式运敢。
完全可編輯的簡(jiǎn)報(bào)矢量格式輸出，支持手動(dòng)整理繪圖布局忠售。
將統(tǒng)計(jì)分析的輸出保存為的Excel传惠，Word，PowerPoint中稻扬，乳膠或HTML文檔的表格形式卦方。
自定義?輸出格式。

安裝

export包可以在Windows中泰佳，Ubuntu的和蘋(píng)果機(jī)上跨平臺(tái)運(yùn)行不過(guò)有些Mac的發(fā)行版默認(rèn)情況下沒(méi)有安裝開(kāi)羅設(shè)備盼砍，需要自行安裝如果Mac的用戶(hù)已安裝XQuartz，這個(gè)問(wèn)題就解決了逝她，它可以從HTTPS：// www.xquartz.org/免費(fèi)獲得浇坐。

官方CRAN發(fā)布

install.packages("export")

該包主要包括以下幾種轉(zhuǎn)換

graph2bitmap
graph2office
graph2vector
rgl2bitmap轉(zhuǎn)換3D圖
table2office
table2spreadsheet
table2tex
graph2bitmap：將當(dāng)前R圖保存到bmp文件中
graph2png：將當(dāng)前R圖保存到png文件中
graph2tif：將當(dāng)前R圖保存到TIF文件中
graph2jpg：將當(dāng)前R圖保存為JPEG文件

使用幫助信息如下：

graph2bitmap(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PNG","JPG", "TIF"),
        aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL, dpi = 300,scaling = 100,
        font =ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial",
        "Helvetica")[[1]], bg = "white", cairo = TRUE,
        tiffcompression = c("lzw", "rle", "jpeg", "zip", "lzw+p", "zip+p"),
        jpegquality = 99, ...)

aspectr：期望縱橫比。如果設(shè)置為空黔宛，則使用圖形設(shè)備的縱橫比近刘。
width：所需寬度（英寸）;可以與期望的縱橫比aspectr組合。
height：所需高度（英寸）;可以與期望的縱橫比aspectr組合臀晃。
scaling：按一定比例縮放寬度和高度觉渴。
font：PNG和TIFF輸出中標(biāo)簽所需的字體; 的Windows系統(tǒng)默認(rèn)為宋體，其他系統(tǒng)默認(rèn)為黑體徽惋。
bg：所需的背景顏色案淋，例如“白色”或“透明”。
cairo：邏輯险绘，指定是否使用Cairographics導(dǎo)出踢京。
tiffcompression：用于TIF文件的壓縮回右。
jpegquality：JPEG壓縮的質(zhì)量。

準(zhǔn)備開(kāi)始

完安裝 export包后漱挚，先調(diào)用該包

library(export)

用`ggplot2`繪圖

library(ggplot2)library(datasets)

x=qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris,
        color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7))

qplot()的意思是快速作圖，利用它可以很方便的創(chuàng)建各種復(fù)雜的圖形渺氧，其他系統(tǒng)需要好幾行代碼才能解決的問(wèn)題旨涝，用qplot只需要一行就能完成。

使用半透明的顏色可以有效減少圖形元素重疊的現(xiàn)象侣背，要?jiǎng)?chuàng)建半透明的顏色白华，可以使用alpha圖形屬性，其值從0（完全透明）到1（完全不透明）贩耐。更多ggplot2繪圖見(jiàn)ggplot2高效實(shí)用指南（可視化腳本弧腥，工具，套路潮太，配色）（往期教程更有很多生物信息相關(guān)的例子）管搪。

鳶尾花（iris）是數(shù)據(jù)挖掘常用到的一個(gè)數(shù)據(jù)集，包含150個(gè)鳶尾花的信息铡买，每50個(gè)取自三個(gè)鳶尾花種之一（setosa更鲁，versicolour或virginica）。每個(gè)花的特征用下面的5種屬性描述萼片長(zhǎng)度（Sepal.Length）奇钞，萼片寬度（Sepal.Width）澡为，花瓣長(zhǎng)度（Petal.Length），花瓣寬度（Petal.Width）景埃，類(lèi)（Species）媒至。

在console里展示數(shù)據(jù)圖（長(zhǎng)寬比自己調(diào)節(jié)）：

image

導(dǎo)出圖形對(duì)象

# 需運(yùn)行上面的ggplot2繪圖
# Create a file name
# 程序會(huì)自動(dòng)加后綴
filen <- "output_filename" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot")

# There are 3 ways to use graph2bitmap():

### 1. Pass the plot as an object
graph2png(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2tif(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2jpg(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)

導(dǎo)出當(dāng)前繪圖窗口展示的圖

### 2. Get the plot from current screen device

# 注意這個(gè)x，是運(yùn)行命令谷徙，展示圖像
x
graph2png(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2tif(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2jpg(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)

導(dǎo)出自定義函數(shù)輸出的一組圖

### 3. Pass the plot as a functio
plot.fun <- function(){
  print(qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris,
              color = Species, size = Petal.Width, alpha = 0.7))
}
graph2png(file=filen, fun=plot.fun, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2tif(file=filen, fun=plot.fun, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2jpg(file=filen, fun=plot.fun, dpi=400, height = 5, aspectr=4)

轉(zhuǎn)換后的圖形：

image

與辦公室系列的交互

大部分圖的細(xì)節(jié)修改都是用代碼完成的拒啰，不需要后續(xù)的修飾;但如果某一些修改比較特異，不具有程序的通用性特征蒂胞，或?qū)崿F(xiàn)起來(lái)比較困難图呢，就可以考慮后期修改比如用AI 文章用圖的修改和排版。熟悉PPT的骗随，也可以用PPT蛤织，這時(shí)?的圖導(dǎo)出PPT，用到就要graph2office系列函數(shù)了鸿染。

graph2ppt：將當(dāng)前R圖保存到Microsoft Office PowerPoint / LibreOffice Impress演示文稿中指蚜。

graph2doc：將當(dāng)前的R圖保存到Microsoft Office Word / LibreOffice Writer文檔中。

函數(shù)參數(shù)展示和解釋

graph2office(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PPT", "DOC"),
        append = FALSE, aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL,scaling = 100,
        paper = "auto", orient = ifelse(type[1] == "PPT","landscape", "auto"),
        margins = c(top = 0.5, right = 0.5, bottom = 0.5, left= 0.5),
        center = TRUE, offx = 1, offy = 1, upscale = FALSE, vector.graphic = TRUE, ...)

margins：預(yù)設(shè)留白邊距向量涨椒。
paper：紙張尺寸 - “A5”至“A1”用于Powerpoint導(dǎo)出摊鸡，或“A5”至“A3”用于Word輸出;默認(rèn)“auto”自動(dòng)選擇適合您的圖形的紙張大小绽媒。如果圖太大，無(wú)法在給定的紙張大小上顯示免猾，則按比例縮小是辕。
orient：所需的紙張方向 - “自動(dòng)”，“縱向”或“橫向”; 字輸出默認(rèn)為“自動(dòng)”猎提，簡(jiǎn)報(bào)默認(rèn)為“橫向”获三。
vector.graphic：指定是否以可編輯的向量DrawingML格式輸出。默認(rèn)值為T(mén)RUE锨苏，在這種情況下疙教，編輯Powerpoint或Word中的圖形時(shí)，可以先對(duì)對(duì)圖形元素進(jìn)行分組伞租。如果設(shè)置為FALSE贞谓，則將該圖以300 dpi的分辨率柵格化為PNG位圖格式。（柵（shān）格化葵诈，是PS中的一個(gè)專(zhuān)業(yè)術(shù)語(yǔ)裸弦，柵格即像素，柵格化即即矢量圖形轉(zhuǎn)化為位圖作喘。）

同樣有3種導(dǎo)出方式

# 需運(yùn)行上面的ggplot2繪圖
# Create a file name
filen <- "output_filename" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot")

# There are 3 ways to use graph2office():

### 1. Pass the plot as an object
# 導(dǎo)出圖形對(duì)象

graph2ppt(x=x, file=filen)
graph2doc(x=x, file=filen, aspectr=0.5)
### 2. Get the plot from current screen device

# 導(dǎo)出當(dāng)前預(yù)覽窗口呈現(xiàn)的圖
x
graph2ppt(file=filen, width=9, aspectr=2, append = TRUE)
graph2doc(file=filen, aspectr=1.7, append =TRUE)

### 3. Pass the plot as a function
# 導(dǎo)出自定義函數(shù)輸出的一系列圖
graph2ppt(fun=plot.fun, file=filen, aspectr=0.5, append = TRUE)
graph2doc(fun=plot.fun, file=filen, aspectr=0.5, append = TRUE)

導(dǎo)出到辦公室（PPT和字）中的圖形烁兰，是可編輯的：

image

其它導(dǎo)出到PPT的例子（設(shè)置長(zhǎng)寬比）

graph2ppt(file="ggplot2_plot.pptx", aspectr=1.7)

增加第二張同樣的圖，9英寸寬和A4長(zhǎng)寬比的幻燈片（append = T徊都，追加）

graph2ppt(file="ggplot2_plot.pptx", width=9, aspectr=sqrt(2), append=TRUE)

添加相同圖形的第三張幻燈片沪斟，寬度和高度固定

graph2ppt(file="ggplot2_plot.pptx", width=6, height=5, append=TRUE)

禁用矢量化圖像導(dǎo)出

graph2ppt(x=x, file=filen, vector.graphic=FALSE, width=9, aspectr=sqrt(2), append = TRUE)

用圖填滿(mǎn)幻燈片

graph2ppt(x=x, file=filen, margins=0, upscale=TRUE, append=TRUE)

輸出矢量圖

graph2svg：將當(dāng)前的R圖保存為SVG格式
graph2pdf：將當(dāng)前的R圖保存為PDF格式
graph2eps：將當(dāng)前的R圖保存為EPS格式

函數(shù)參數(shù)解釋

graph2vector(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = "SVG",aspectr = NULL,
        width = NULL, height = NULL, scaling = 100,
        font = ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows",
        "Arial","Helvetica")[[1]], bg = "white", colormodel = "rgb",
        cairo = TRUE,fallback_resolution = 600, ...)

fallback_resolution：dpi中的分辨率用于柵格化不支持的矢量圖形。

#需運(yùn)行上面的ggplot2繪圖
# Create a file name
filen <- "output_filename" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot")
# There are 3 ways to use graph2vector():
### 1. Pass the plot as an object
# 導(dǎo)出圖形對(duì)象
graph2svg(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman",
          height = 5, bg = "white")
graph2pdf(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5,  bg = "transparent")
graph2eps(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")

# 導(dǎo)出當(dāng)前預(yù)覽窗口呈現(xiàn)的圖
### 2. Get the plot from current screen device
x
graph2svg(file=filen, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")
graph2pdf(file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman",
          height = 5, bg = "white")
graph2eps(file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman",
          height = 5, bg = "white")

# 導(dǎo)出自定義函數(shù)輸出的一系列圖
### 3. Pass the plot as a function

graph2svg(file=filen, fun = plot.fun, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")
graph2pdf(file=filen, fun=plot.fun, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")
graph2eps(file=filen, fun=plot.fun, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")

轉(zhuǎn)換3D圖形

rgl2png：將當(dāng)前的rgl 3D圖形保存為PNG格式暇矫。

rgl2bitmap(file = "Rplot", type = c("PNG"))

# Create a file name
filen <- tempfile("rgl") # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/rgl")

# Generate a 3D plot using 'rgl'
x = y = seq(-10, 10, length = 20)
z = outer(x, y, function(x, y) x^2 + y^2)
rgl::persp3d(x, y, z, col = 'lightblue')

# Save the plot as a png
rgl2png(file = filen)
# Note that omitting 'file' will save in current directory

生成的3D圖形：

image

將生成的3D圖形保存為PNG格式：

image

輸出統(tǒng)計(jì)結(jié)果到表格 `table2spreadsheet`

table2excel：導(dǎo)出統(tǒng)計(jì)輸出到Microsoft Office Excel / LibreOffice Calc電子表格中的一個(gè)表主之。
table2csv：將統(tǒng)計(jì)輸出以CSV格式導(dǎo)出到表中（“”“”，表示值分隔李根，表示小數(shù)）
table2csv2：將統(tǒng)計(jì)輸出以CSV格式導(dǎo)出到表中（“;”表示值分隔槽奕，“，”表示小數(shù)）

table2spreadsheet(x = NULL, file = "Rtable", type = c("XLS", "CSV",
  "CSV2"), append = FALSE, sheetName = "new sheet", digits = 2,
  digitspvals = 2, trim.pval = TRUE, add.rownames = FALSE, ...)

sheetName：一個(gè)字符串房轿，給出創(chuàng)建的新工作表的名稱(chēng)（僅針對(duì)類(lèi)型==“XLS”）粤攒。它必須是惟一的（不區(qū)分大小寫(xiě)），不受文件中任何現(xiàn)有工作表名稱(chēng)的影響囱持。
digits：除具有p值的列外夯接，要顯示所有列的有效位數(shù)的數(shù)目。
digitspvals：具有p值的列要顯示的有效位數(shù)的數(shù)目纷妆。

# Create a file name
filen <- "table_aov" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov")

# Generate ANOVA output
fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets'
x=summary(fit)

# Save ANOVA table as a CSV
### Option 1: pass output as object
# 輸出對(duì)象
table2csv(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames=TRUE)

# 屏幕輸出導(dǎo)出到文件
### Option 2: get output from console
summary(fit)
table2csv(file=filen, digits = 2, digitspvals = 4, add.rownames=TRUE)

# Save ANOVA table as an Excel
# Without formatting of the worksheet
x
table2excel(file=filen, sheetName="aov_noformatting", digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames=TRUE)
# 更多參數(shù)
# With formatting of the worksheet
table2excel(x=x,file=filen, sheetName="aov_formated", append = TRUE, add.rownames=TRUE, fontName="Arial", fontSize = 14, fontColour = rgb(0.15,0.3,0.75),  border=c("top", "bottom"), fgFill = rgb(0.9,0.9,0.9), halign = "center", valign = "center", textDecoration="italic")

原始數(shù)據(jù)的表格：

image

轉(zhuǎn)換格式之后的盔几，在控制臺(tái)中的數(shù)據(jù)：

image

文件（CSV和EXCEL）中表格數(shù)據(jù)：

image

導(dǎo)出為字中的表，再也不用復(fù)制粘貼調(diào)格式了 `table2office`

table2ppt：導(dǎo)出統(tǒng)計(jì)輸出到Microsoft Office PowerPoint / LibreOffice Impress演示文稿中的表

table2doc：將統(tǒng)計(jì)輸出導(dǎo)出到Microsoft Office Word / LibreOffice Writer文檔中的表

table2office(x = NULL, file = "Rtable", type = c("PPT", "DOC"),
  append = FALSE, digits = 2, digitspvals = 2, trim.pval = TRUE,
  width = NULL, height = NULL, offx = 1, offy = 1,
  font = ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial",
  "Helvetica")[[1]], pointsize = 12, add.rownames = FALSE)

# Create a file name
filen <- "table_aov"
# filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov")

# Generate ANOVA output
fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets'
# Save ANOVA table as a PPT
### Option 1: pass output as object
x=summary(fit)
table2ppt(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames =TRUE)

### Option 2: get output from console
summary(fit)
table2ppt(x=x,file=filen, width=5, font="Times New Roman", pointsize=14, digits=4, digitspvals=1, append=TRUE, add.rownames =TRUE) # append table to previous slide

# Save ANOVA table as a DOC file
table2doc(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames =TRUE)
summary(fit)
table2doc(file=filen, width=3.5, font="Times New Roman", pointsize=14,  digits=4, digitspvals=1, append=TRUE, add.rownames =TRUE) # append table at end of document

將表格數(shù)據(jù)導(dǎo)出到PPT和詞中：

image

`table2tex`

table2html：導(dǎo)出統(tǒng)計(jì)輸出到HTML表掩幢。

table2tex(x = NULL, file = "Rtable", type = "TEX", digits = 2,
  digitspvals = 2, trim.pval = TRUE, summary = FALSE, standAlone = TRUE,
  add.rownames = FALSE, ...)

summary：是否匯總數(shù)據(jù)文件逊拍。

standAlone：導(dǎo)出的乳膠代碼應(yīng)該是獨(dú)立可編譯的上鞠，還是應(yīng)該粘貼到另一個(gè)文檔中。

add.rownames：是否應(yīng)該將行名添加到表中（在第一列之前插入一列）芯丧。

# Create a file name
filen <- tempfile(pattern = "table_aov") # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov")

# Generate ANOVA output
fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets'
x=summary(fit)

# Export to Latex in standAlone format
table2tex(x=x,file=filen,add.rownames = TRUE)
# Export to Latex to paste in tex document
summary(fit) # get output from the console
table2tex(file=filen, standAlone = FALSE,add.rownames = TRUE)

# Export to HTML
table2html(x=x,file=filen) # or
summary(fit) # get output from the console
table2html(file=filen,add.rownames = TRUE)

導(dǎo)出到HTML或TEX中的表格數(shù)據(jù)：

image

最后編輯于：2019.11.02 15:13:47

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者

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開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 30,882評(píng)論 0贊 21
一樁弒父案惜互，背后竟有這般陰謀
文/蒼蘭香墨我抬頭看了看天上的太陽(yáng)。三九已至琳拭，卻和暖如春训堆，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間，已是汗流浹背白嘁。一陣腳步聲響...
開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 32,121評(píng)論 1贊 267
情欲美人皮
我被黑心中介騙來(lái)泰國(guó)打工坑鱼，沒(méi)想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道東北人。一個(gè)月前我還...
沈念sama閱讀 46,628評(píng)論 2贊 362
代替公主和親
正文我出身青樓鲁沥，卻偏偏與公主長(zhǎng)得像呼股，于是被迫代替她去往敵國(guó)和親。傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子画恰，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
茶點(diǎn)故事閱讀 43,724評(píng)論 2贊 351

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用`ggplot2`繪圖

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導(dǎo)出當(dāng)前繪圖窗口展示的圖

導(dǎo)出自定義函數(shù)輸出的一組圖

與辦公室系列的交互

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導(dǎo)出為字中的表，再也不用復(fù)制粘貼調(diào)格式了 `table2office`

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