tophat2{官網(wǎng)下載}
首先安裝好bowtie2
下載地址：http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/
下載（最新版本的）
解壓：unzip bowtie2-2.3.3-linux-x86_64.zip
cd bowtie2-2.3.3-linux-x86_64
（由于這個(gè)已經(jīng)是編譯好的）
（將bowtie2 bowtie2-build bowtie2-inspect拷貝到你安裝目錄下的bin中）cp -abowtie2* /usr/local/bin(你也可以用export命令添加環(huán)境變量：exportPATH=$PATH:/home/mars/download/bowtie2-2.2.3/———這個(gè)命令在每次使用tophat，你都要export一次)（可以修改/root/.bashrc文件里面你新增的路徑或者修改/etc/profile文件刪除不需要的路徑）
點(diǎn)擊下載后黄虱，解壓：tar zxvf tophat-2.0.12.Linux_x86_64.tar.gz
