emapplot是富集分析可視化的一種，展示有共同基因的通路蛤织，詳見：http://www.reibang.com/p/c45cc2e3890f
前幾天上課時，原本能運(yùn)行的emapplot發(fā)生了報錯鸿染，我猜這個是版本問題指蚜，就去查了一下，發(fā)現(xiàn)11月15號,enrichplot剛更新了一下牡昆。
1.示例數(shù)據(jù)
library(clusterProfiler)
##
## clusterProfiler v3.18.0 For help: https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler
##
## If you use clusterProfiler in published research, please cite:
## Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han, Qing-Yu He. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287.
##
## Attaching package: 'clusterProfiler'
## The following object is masked from 'package:stats':
##
## filter
library(DOSE)
## DOSE v3.16.0 For help: https://guangchuangyu.github.io/software/DOSE
##
## If you use DOSE in published research, please cite:
## Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Guang-Rong Yan, Qing-Yu He. DOSE: an R/Bioconductor package for Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis. Bioinformatics 2015, 31(4):608-609
library(enrichplot)
data(geneList)
de <- names(geneList)[1:100]
x <- enrichDO(de)
2.問題重現(xiàn)
我的版本是1.4.0姚炕，畫emapplot直接運(yùn)行emapplot(X)即可
但學(xué)員運(yùn)行時出了錯
emapplot(x)
## Error in has_pairsim(x): Term similarity matrix not available. Please use pairwise_termsim function to deal with the results of enrichment analysis.
經(jīng)過核實，我問了他的版本是1.10.0丢烘，我的版本是1.4.0柱宦，因為學(xué)員的包都是課前安裝的，而我的很早前就安裝啦播瞳。
3.解決辦法
我把clusterprofiler和erichplot都更新到最新版本掸刊，查看emapplot的幫助文檔，發(fā)現(xiàn)y叔寫了滴赢乓，照搬即可
x2 <- pairwise_termsim(x)
emapplot(x2)
為啥要多加這么一步忧侧，俺也不知道石窑，俺也不敢問，反正這是事實蚓炬，知道怎么解決就行了唄松逊，在非常多編程問題里，“為什么”沒啥重要的肯夏。
