數(shù)據(jù)下載兩種方式
- 打開(kāi)鏈接红且，下載id ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov//geo/query/acc.cgi?acc=GSE52778
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即可下載id號(hào)
- 利用perfetch id號(hào)下載數(shù)據(jù)
首先記住命令：
cat id |while read id ;do echo $id;done
cat id |while read id ;do prefetch $id ;done
#就可以下載id號(hào)對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)博个，&+()表示后臺(tái)運(yùn)行
nohup prefetch SRR1039511 -O ~ &
[1] 6948
(rna) vip77 16:34:09 ~/rna-seq
$ nohup: ignoring input and appending output to 'nohup.out'
# 輸入一個(gè)nohup prefetch SRR1039511 -O ~ &命令后就會(huì)有這種顯示，按enter 鍵會(huì)出現(xiàn)
[1]+ Exit 3 nohup prefetch SRR1039511 -O ~
ls
id nohup.out #會(huì)多出nohup.out 文件喜庞，可以查看命令運(yùn)行狀況
ps -ef |grep prefe #可以看見(jiàn)輸入命令在后臺(tái)運(yùn)行
ps -ef |grep prefe| kill 9524 # kill后面接的是第二列數(shù)字（即為任務(wù)id），可以殺死相應(yīng)進(jìn)程
殺死后臺(tái)運(yùn)行的命令：
cat id |while read id;do prefetch $id -O ~ 1>$id.download.log 2>&1;done
ps -ef | grep "命令"
ps -ef |grep prefe|awk '{print $2}'|while read id ;do kill $id;done #可以殺死
Q1:
nohup prefetch SRR1039511 &
cat nohup.out
Read 22852619 spots for /teach/project/1.rna/1.sra_data/SRR1039510.sra
Written 22852619 spots for /teach/project/1.rna/1.sra_data/SRR1039510.sra
2019-05-07T09:51:27 prefetch.2.9.1: 1) Downloading 'SRR1039511'...
2019-05-07T09:51:27 prefetch.2.9.1: Downloading via fasp...
2019-05-07T09:52:22 prefetch.2.9.1: fasp download failed
2019-05-07T09:52:22 prefetch.2.9.1: 1) failed to download SRR1039511
2019-05-07T10:52:52 prefetch.2.9.1: 1) Downloading 'SRR1039511'...
2019-05-07T10:52:52 prefetch.2.9.1: Downloading via fasp...
一直在報(bào)錯(cuò) 媽呀
cp /teach/project/1.rna/2.raw_fq ~/rna-seq/ #報(bào)錯(cuò)筑辨，
cp -r /teach/project/1.rna/2.raw_fq ~/rna-seq/ #解決報(bào)錯(cuò)
cp /teach/project/1.rna/2.raw_fq/SRR1039510_2.fastq.gz ~/rna-seq/
cp: error writing '/trainee1/vip77/rna-seq/SRR1039510_2.fastq.gz': No space left #無(wú)奈啊总滩，內(nèi)部不夠８俣隆！闰渔！
free -hl
total used free shared buff/cache avail
Mem: 15G 338M 768M 153M 14G
Low: 15G 14G 768M
High: 0B 0B 0B
Swap: 0B 0B 0B
#感覺(jué)好像內(nèi)存占用沒(méi)那么大席函，問(wèn)了jimmy大神
df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
udev 7.8G 0 7.8G 0% /dev
tmpfs 1.6G 153M 1.5G 10% /run
/dev/vda1 50G 5.9G 42G 13% /
tmpfs 7.8G 24K 7.8G 1% /dev/shm
tmpfs 5.0M 0 5.0M 0% /run/lock
tmpfs 7.8G 0 7.8G 0% /sys/fs/cgroup
/dev/vdb1 473G 406G 43G 91% /trainee1
/dev/vdc1 473G 43G 406G 10% /trainee2
/dev/vdd1 148G 58G 83G 41% /teach
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/500
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1022
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1005
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1071
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1064
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1078
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1000
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1008
#還是沒(méi)搞懂
參考：
http://www.reibang.com/p/2aecf90bf1f3
http://www.reibang.com/p/dee6db5afeff
b站生信技能樹(shù)轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)視頻
沒(méi)有解決的問(wèn)題：
- prefetch 下載報(bào)錯(cuò)
- 內(nèi)存怎么回寺 蒙圈中
感覺(jué)今天困難重重，b站生信技能樹(shù)linux視頻再刷一遍冈涧，先把RNA-Seq小作業(yè)做完
本篇簡(jiǎn)書(shū)純屬瞎編茂附，沒(méi)有參考價(jià)值，解決問(wèn)題還得考谷歌叔叔
