手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析(七)—— 基因集富集分析

往期回顧B站中只有視頻課程凉泄,代碼部分整理在往期推送之中:

手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析(一)——緒論

手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析(二)——各類輸入文件讀取

手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析(三)——單樣本分析

手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析(四)——多樣本整合

手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析(五)——細(xì)胞類型注釋

手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析(六)——組間差異分析及可視化

其他單細(xì)胞相關(guān)技術(shù)貼也在這里:

細(xì)胞的數(shù)量由誰決定?

答讀者問(三)單細(xì)胞測序前景

答讀者問(四):如何分析細(xì)胞亞群

答讀者問(六)艺谆、Seurat中如何讓細(xì)胞聽你指揮

單細(xì)胞中應(yīng)該如何做GSVA屎债?




如果這期視頻看不懂仅政,你可能需要看看這些:

上一講中我們已經(jīng)教會了大家如何對多樣本的數(shù)據(jù)做差異分析,拿到差異基因列表盆驹。通常情況下差異基因數(shù)量是非常多的圆丹,顯然拿著這么長的list直接撰文是不科學(xué)的。這時(shí)就需要我們利用一定的“先驗(yàn)”通路躯喇,去評估我們獲得的差異基因集辫封,從而幫助大家更好的了解自己手中的數(shù)據(jù),解釋好數(shù)據(jù)背后的生物學(xué)意義廉丽,向文章邁進(jìn)!

在線做富集分析DAVID:

https://david.ncifcrf.gov/當(dāng)然倦微,我不是很推薦這種,原因在這里:

都2022年了正压,還在用DAVID?

PPI同樣有這個(gè)功能欣福,視頻里我們也演示了:

String:不僅僅是一個(gè)PPI分析平臺

如果你想使用clusterProfiler又不想寫代碼:

老俊俊的生信筆記(公眾號)

clusterProfiler 的 shiny 版上線了!

http://139.186.136.72:3838/Enrichtool2.3/

GSVA不用再多說了吧,花很多篇幅說過了:

文獻(xiàn)閱讀系列(九)蔑匣、一文了解GSVA原理

三行搞定GSVA分析

一文搞定GSVA及下游分析的代碼實(shí)現(xiàn)

單細(xì)胞中應(yīng)該如何做GSVA劣欢?

GSEA的內(nèi)容也是更過的:

答讀者問 (一)單基因究竟能否進(jìn)行GSEA



正餐

保姆級教程 《手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析》(七)—— 基因集富集分析

(B站同步播出,先看一遍視頻再跟著代碼一起操作裁良,建議每個(gè)視頻至少看三遍)



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