本文將詳細(xì)解釋sixoclock運(yùn)作機(jī)制茴扁，并結(jié)合一個(gè)案例展示通過sixoclock處理數(shù)據(jù)的過程痪欲，您可點(diǎn)擊六點(diǎn)了跳轉(zhuǎn)至網(wǎng)站筒占。
通過本文稚瘾，你將了解：
?sixoclock是什么计呈？?下載sixoclock客戶端軟件?從sixoclock倉庫下載軟件?通過客戶端運(yùn)行下載的軟件
1. sixoclock是什么？
sixoclock是一個(gè)提供可重用雨席、模塊化菩咨、可視化生物醫(yī)療數(shù)據(jù)處理算法的云協(xié)作平臺(tái)。通過使用sixoclock舅世，你將快速獲取可靠的數(shù)據(jù)處理軟件旦委、流程奇徒，并通過在線的可視化參數(shù)配置界面完成軟件參數(shù)的設(shè)置雏亚、軟件的下載，利用本地計(jì)算設(shè)備摩钙，完成一鍵下載罢低，一鍵運(yùn)行。
2. 下載sixoclock客戶端軟件
運(yùn)行sixoclock平臺(tái)的軟件胖笛，需要您的系統(tǒng)中安裝有sixoclock客戶端軟件网持，您可前往下載中心[1]下載對(duì)應(yīng)版本安裝程序，sixoclock基于docker(需要root或docker運(yùn)行權(quán)限)或udocker（不需要root權(quán)限长踊，但部分軟件無法正常運(yùn)行）功舀，軟件運(yùn)行需要您的電腦中安裝有docker或udocker，運(yùn)行安裝程序?qū)⒅笇?dǎo)您安裝這些依賴環(huán)境身弊。
2.1 windows用戶
雙擊程序installer.exe完成安裝辟汰，詳情可前往Sixbox windows版使用說明[2]查看。
2.2 linux用戶
運(yùn)行命令bash Sixbox_linux64_latest.sh完成安裝, 詳情可前往Sixbox linux版使用說明[3]查看阱佛。
3. 從sixoclock倉庫下載軟件
登陸并訪問sixoclock軟件倉庫[4]帖汞，搜索需要的軟件。
點(diǎn)擊所選軟件條目凑术，進(jìn)入軟件詳情頁翩蘸， 頁面詳情頁提供軟件基本信息，使用說明淮逊，以及軟件結(jié)構(gòu)幾部分催首。其中扶踊，
軟件結(jié)構(gòu)與參數(shù)配置面板提供軟件參數(shù)的詳細(xì)介紹，您可點(diǎn)擊下方軟件結(jié)構(gòu)圖中的圖標(biāo)進(jìn)行查看郎任。
頁面右上角下載按鈕提供了該軟件主文件的下載姻檀，我們提供json與yaml兩種格式,您可任選一種下載。
設(shè)置運(yùn)行按鈕提供該軟件運(yùn)行參數(shù)的在線配置功能涝滴，對(duì)于大多數(shù)用戶绣版，我們建議您通過這種方式配置軟件，點(diǎn)擊?設(shè)置運(yùn)行?按鈕歼疮，開始配置軟件運(yùn)行參數(shù)杂抽，
以軟件?samtools-faidx?對(duì)參考基因組索引為例，點(diǎn)擊?input_f?圖標(biāo)韩脏，設(shè)置參考基因組路徑缩麸，
用戶可前往下載hg19.chr21.fasta[5]以作測(cè)試用，
如本例赡矢，輸入本地下載后的路徑杭朱，D:\Downloads\hg19.chr21.fasta完成該參數(shù)的配置。
點(diǎn)擊下載吹散，選擇下載數(shù)據(jù)完成軟件與參數(shù)配置文件的下載弧械。
這里，我們建議點(diǎn)選主文件同時(shí)下載軟件與參數(shù)配置文件空民，此時(shí)下載結(jié)果為zip壓縮包刃唐。
4. 通過客戶端運(yùn)行下載的軟件
下載自sixoclock的軟件需要使用客戶端軟件運(yùn)行，您可前往下載中心[6]下載對(duì)應(yīng)版本安裝程序界轩。
4.1 windows用戶
對(duì)于一般windows用戶画饥，我們提供了一個(gè)簡(jiǎn)易的可視化運(yùn)行軟件，您可前往Sixbox[7]了解詳情浊猾。
4.2 Python用戶
對(duì)于Python用戶抖甘，我們建議您下載sixoclock官方包sixrunr[8]運(yùn)行下載的軟件，
您可通過pip安裝sixrunr葫慎，
pipinstall sixrunr
以運(yùn)行上一節(jié)下載的samtools-faidx為例衔彻，在終端（linux系統(tǒng)）或命令提示符（windows系統(tǒng)）運(yùn)行命令：
sixrunrC:\Users\6oclock\Downloads\samtools-faidx.cwlC:\Users\6oclock\Downloads\samtools-faidx.job.yaml
其中，
samtools-faidx.cwl為下載自sixoclock軟件倉庫的samtools-faidx軟件主文件幅疼，
samtools-faidx.job.yaml為該軟件對(duì)應(yīng)的用戶可視化配置的運(yùn)行參數(shù)米奸。
4.3 linux用戶
對(duì)于linux用戶，下載并安裝Sixbox linux版本后爽篷，終端運(yùn)行命令：
sixbox run /home/test/samtools-faidx.cwl samtools-faidx.job.yaml
其中悴晰，
samtools-faidx.cwl為下載自sixoclock軟件倉庫的samtools-faidx軟件主文件，
samtools-faidx.job.yaml為該軟件對(duì)應(yīng)的用戶可視化配置的運(yùn)行參數(shù)。
4.4 查看結(jié)果
軟件成功運(yùn)行將會(huì)生成輸出文件路徑匯總結(jié)果和運(yùn)行日志铡溪。
以windows cmd窗口運(yùn)行為例（其它平臺(tái)類似）漂辐，最終結(jié)果為：
至此，一個(gè)完整的數(shù)據(jù)處理過程結(jié)束了棕硫，您可以開始嘗試處理自己的數(shù)據(jù)髓涯。
References
[1]下載中心:http://www.sixoclock.net/download-center
[2]Sixbox windows版使用說明:http://www.sixoclock.net/support-center/sixbox-windows
[3]Sixbox linux版使用說明:http://www.sixoclock.net/support-center/sixbox-linux
[4]sixoclock軟件倉庫:http://www.sixoclock.net/application/pipes
[5]hg19.chr21.fasta:http://www.sixoclock.net/resources/data/NGS/Homo_sapiens/Reference/hg19.chr21.fasta
[6]sixrunr:https://pypi.org/project/sixrunr/
