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從UCSC下載的ref.bed:

mammal-mouse-GRCm38/mm10-genes and gene predictions-gencode XX-basic-genome-BED-gzip-gte output

一共下載了5個(gè)files:

大小

du

行數(shù):

wc

head:

一樣

# 驗(yàn)證下bed是否和ensembl搭配:

選擇3個(gè)轉(zhuǎn)錄本
1-ok
2-ok
3-ok
隨機(jī)1
隨機(jī)2

結(jié)論:與ensembl相同

后來注意到:

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結(jié)論:comprehensive比basic全面,更多!

去掉id后的版本號(hào):

awk 'BEGIN{OFS="\t"} {gsub(/.[0-9]$/,"",$4); print $0}' mm10.gencode-vm18.compre.bed > mm10.gencode-vm18.compre.fine.bed

## geneid和genename關(guān)系下載:

第一步
第二步

點(diǎn)擊get output:

good!


法二:

RSeQC網(wǎng)站下載:https://sourceforge.net/projects/rseqc/files/

下載ref:RseQC的bedfiles下載 - 簡書

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