使用nextflow败去，主要有2種方式：
- 本地安裝 如果你熟悉docker和git，或者離線工作模式盗飒，這是首選的方式嚷量；
- 使用gitpod，這對(duì)于初學(xué)者友好逆趣，因?yàn)檫@個(gè)平臺(tái)包含了所需要的程序和數(shù)據(jù)蝶溶。只需要點(diǎn)擊鏈接并且使用GitHub賬戶登錄即可使用教程。
1.1本地安裝
Nextflow 可用于任何 POSIX 兼容系統(tǒng)（Linux宣渗、macOS抖所、Linux 的 Windows 子系統(tǒng)等）。
- Bash
- Java 11（或更高版本痕囱，最高為18 ）
- Git
- Docker
本教程的可選要求
- Singularity2.5.x（或更高版本）
- Conda4.5（或更高版本）
- Graphviz
- AWS Cli
- 配置好的 AWS Batch 計(jì)算環(huán)境
1.1.1下載 Nextflow
在您的終端中輸入此命令：
wget -qO- https://get.nextflow.io | bash
或者田轧，如果你更喜歡curl：
curl -s https://get.nextflow.io | bash
然后確保下載的二進(jìn)制文件是可執(zhí)行的：
chmod +x nextflow
并將nextflow可執(zhí)行文件放入您的$PATH（例如/usr/local/bin或/bin/）
1.1.2 Docker
確保您的計(jì)算機(jī)上正在運(yùn)行 Docker Desktop。在此處下載 Docker 鞍恢。
1.1.3培訓(xùn)材料
您可以在此處查看培訓(xùn)材料：https://training.nextflow.io/
要下載材料傻粘，請(qǐng)使用以下命令：
git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
然后cd進(jìn)入nf-training目錄巷查。
1.1.4檢查安裝
nextflow通過(guò)運(yùn)行以下命令檢查安裝是否正確：
nextflow info
這應(yīng)該顯示當(dāng)前版本、系統(tǒng)和運(yùn)行時(shí)抹腿。
1.2 Gitpod
使用 Gitpod 可以使用預(yù)配置的 Nextflow 開(kāi)發(fā)環(huán)境。
要求
- 一個(gè) GitHub 帳戶
- 網(wǎng)絡(luò)瀏覽器（谷歌瀏覽器旭寿、火狐瀏覽器）
- 網(wǎng)絡(luò)連接
1.2.1 Gitpod快速入門
運(yùn)行 Gitpod：
- 點(diǎn)擊以下網(wǎng)址：nextflow-io/training
- 這是我們的 GitHub 存儲(chǔ)庫(kù) URL警绩，前綴為
https://gitpod.io/#
- 這是我們的 GitHub 存儲(chǔ)庫(kù) URL警绩，前綴為
- 登錄到您的 GitHub 帳戶（并允許授權(quán)）。
登錄后盅称，Gitpod 應(yīng)該會(huì)加載（skip prebuild if asked）肩祥。
1.2.2探索你的 Gitpod IDE
您現(xiàn)在應(yīng)該看到類似于以下內(nèi)容的內(nèi)容：
- 側(cè)邊欄允許您自定義 Gitpod 環(huán)境并執(zhí)行基本任務(wù)（復(fù)制、粘貼缩膝、打開(kāi)文件混狠、搜索、git 等）疾层。單擊資源管理器按鈕以查看此存儲(chǔ)庫(kù)中有哪些文件将饺。
-
終端允許您運(yùn)行存儲(chǔ)庫(kù)中的所有程序。例如痛黎，
nextflow和docker都已安裝并可以執(zhí)行予弧。 - 主窗口允許您查看和編輯文件。單擊資源管理器中的文件將在主窗口中打開(kāi)它湖饱。您還應(yīng)該看到 nf-training 材料瀏覽器 ( https://training.nextflow.io/ )掖蛤。
要測(cè)試環(huán)境是否正常工作，請(qǐng)?jiān)诮K端中鍵入以下內(nèi)容：
nextflow info
這應(yīng)該會(huì)提供 Nextflow 版本和運(yùn)行時(shí)信息：
Version: 22.10.4 build 5836
Created: 09-12-2022 09:58 UTC
System: Linux 5.15.0-47-generic
Runtime: Groovy 3.0.13 on OpenJDK 64-Bit Server VM 17.0.3-internal+0-adhoc..src
Encoding: UTF-8 (UTF-8)
1.2.3 Gitpod資源
- Gitpod 每月提供 500 個(gè)免費(fèi)積分井厌，相當(dāng)于使用標(biāo)準(zhǔn)工作區(qū)（最多 4 個(gè)內(nèi)核蚓庭、8 GB RAM 和 30 GB 存儲(chǔ)）的 50 小時(shí)免費(fèi)環(huán)境運(yùn)行時(shí)間。
- 還有一個(gè)大型工作區(qū)選項(xiàng)仅仆，可提供多達(dá) 8 個(gè)內(nèi)核器赞、16GB RAM 和 50GB 存儲(chǔ)空間。但是蝇恶，大型工作區(qū)會(huì)更快地使用您的免費(fèi)積分拳魁，并且您訪問(wèn)該空間的時(shí)間會(huì)更少。
- Gitpod 將在 30 分鐘不活動(dòng)后超時(shí)撮弧，并將保存你的更改達(dá)約2 周（請(qǐng)參閱下一節(jié)以重新打開(kāi)超時(shí)會(huì)話）潘懊。
有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)參閱gitpod.io 贿衍。
1.2.4重新打開(kāi) Gitpod 會(huì)話
您可以從https://gitpod.io/workspaces重新打開(kāi)環(huán)境授舟。在列表中找到您以前的環(huán)境，然后選擇省略號(hào)（三點(diǎn)圖標(biāo)）并選擇打開(kāi)贸辈。
如果您已經(jīng)保存了之前 Gitpod 環(huán)境的 URL释树，您只需在瀏覽器中打開(kāi)它即可。
或者，您可以通過(guò)以下 Gitpod URL 啟動(dòng)一個(gè)新工作區(qū)： https: //gitpod.io/#https ://github.com/nextflow-io/training
如果您丟失了環(huán)境奢啥，您可以在該目錄中找到本教程中使用的主要腳本（main script）nf-training秸仙。
1.2.5將文件從 Gitpod 保存到本地機(jī)器
要從資源管理器面板保存任何文件，請(qǐng)右鍵單擊該文件并選擇下載桩盲。
1.2.6培訓(xùn)材料
可以在瀏覽器中訪問(wèn)培訓(xùn)課程寂纪，網(wǎng)址為https://training.nextflow.io/
1.3選擇 Nextflow 版本
默認(rèn)情況下，Nextflow 會(huì)拉榷慕帷（pull）最新的穩(wěn)定版本捞蛋。可以在 GitHub上查看最新版本。
如果要使用特定版本的 Nextflow柬姚，可以NXF_VER如下所示設(shè)置變量：
export NXF_VER=22.04.5
筆記
本教程研討會(huì)需要NXF_VER=22.04.0或更高版本拟杉。此版本將默認(rèn)使用 DSL2。
再次運(yùn)行nextflow -version以確認(rèn)更改已生效量承。
