零基礎學生信入門筆記(R語言匀奏、Linux、Python学搜、RNA-seq娃善、單細胞測序、質(zhì)譜流式瑞佩、TCGA聚磺、GEO、單細胞經(jīng)典文獻解讀)

醫(yī)學生零基礎學生信是先學Python還是先學R語言炬丸？
如何學習R語言

linux入門學習筆記100篇

不止100篇瘫寝，但上手上游分析遠遠不夠，可以作為入門參考稠炬。
linux學習100篇1：xshell焕阿、Xftp下載安裝 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇2：綁定Xftp和XShell上傳和下載文件 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇3：Error in open.connection(3L, "rb") 換個時間點就打開了 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇4：在服務器中使用R--RStudio Server在windows 10上安裝Linux版Rstudio？ - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇5：linux如何進入R - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇6：設置清華鏡像和安裝miniconda3 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇7：設置環(huán)境 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇8：ERROR: configuration failed for package 'curl' - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇9：Seurat安裝1 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇10：使用清華鏡像設置 - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇11：install.packages('ggplot2') - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇12:Linux安裝R以及依賴庫出現(xiàn)的一些問題及解決方法 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇13:安裝clusterProfiler - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇14:安裝org.Mm.eg.db - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇15:安裝org.Hs.eg.db - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇16:Error in open.connection(10L, "rb") :Connection timed out after 10004 milliseconds - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇17：修改字體顏色 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇18：xshell設置字體 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇19：設置復制粘貼方式 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇20：上傳文件到服務器并查看 - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇21：Rstudio Server的安裝和使用（附常見問題） - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇22:linux安裝R包的安裝 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇23:install.packages("plotly") - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇24: 首启？install.packages("uwot") - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇25: linux -R包安裝--Seurat - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇26: R-studio 更新包出現(xiàn)error：failed to lock directory解決方法 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇27:Linux入門背景知識 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇28:刪除00LOCK-RSpectra - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇29:安裝RSpectra - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇30:安裝uwot - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇31:刪除目錄 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇32:如何在rstudio sever打開上傳到服務器的文件 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇33：linux 里的系統(tǒng)文件默認在哪里放暮屡？ - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇34：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝mutiqc - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇35：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝fastp - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇36：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝sra-tools - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇37：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝samtools - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇38：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝salmon - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇39：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝trim-galore - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇40：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝featureCounts - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇41：刪除一個空目錄 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇42:linux命令格式 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇43：文件和文件夾常用命令 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇44：cd .. 到上一級目錄 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇45：linux的一些默認快捷符號 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇46：絕對路徑和相對路徑 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇47：常用快捷鍵 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇48：cd命令常見用法 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇49：ls命令常見用法 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇50：文件權限設定 - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇51：正則表達式：元字符 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇52：創(chuàng)建文件夾，文件 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇53：Ubuntu 安裝tree及用法 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇54：touch 新建文件 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇55：復制粘貼 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇56：文件移動刪除重命名 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇57：tree -L 1 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇58：rm -r可以刪除文件夾 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇59：創(chuàng)建軟連接 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇60：tar壓縮解壓縮文件 - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇61：光標處打字是輸入在后面 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇62：head tail less - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇63：wc統(tǒng)計文本 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇64：cut:文本切割 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇65：sort排序 - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇101：轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝subread - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇102：conda search fastqc - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇103：conda list - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇104：conda list fast* - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇105：查看指定環(huán)境的軟件conda list -n rnaseq - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇106：查看conda版本conda -V - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇107：conda常用命令 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇108：安裝 manba - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇109：mamba search fastp - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇110：mamba 刪除軟件mamba remove -n rnaseq fastqc - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇111：mamba安裝軟件mamba install -y fastqc - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇112：查看安裝的軟件之間的依賴關系 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇113：環(huán)境變量 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇114：環(huán)境變量echo $PATH - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇115：其他軟件安裝方式 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇116:bget ：一個優(yōu)雅地下載 OA 文獻和附件的命令行工具 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇117:hisat2二進制安裝 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇118:samtools源代碼安裝 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇119:linux文件系統(tǒng)結構 - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇120:確認安裝了java及安裝java 編譯的軟件 - 簡書 (jianshu.com)

linux學習100篇121:reboot重啟系統(tǒng) - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇122:apt-get install htop 來安裝 htop - 簡書 (jianshu.com)
linux學習100篇123:變量 - 簡書 (jianshu.com)

單細胞測序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程

Seurat4.0系列教程1：標準流程 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程2：多模式數(shù)據(jù)聯(lián)合分析 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程3：合并兩個樣品的10x數(shù)據(jù)集 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程4：整合分析 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程5：交互技巧 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程6：常用命令 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程7：數(shù)據(jù)可視化方法 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程8：細胞周期評分和回歸分析 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程9：差異表達檢測 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程10：降維 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程11：使用sctransform - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程12：大數(shù)據(jù)集整合的方法 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程13：使用互惠 PCA （RPCA） 快速整合數(shù)據(jù) - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程14：整合scRNA-seq and scATAC-seq數(shù)據(jù) - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程15：映射和注釋查詢數(shù)據(jù)集 - 簡書 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程16：多模式參考映射注釋細胞 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程17：Mixscape - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程18：Weighted Nearest Neighbor Analysis（WNN)） - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程19：多線程并行策略 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程20：單細胞對象的格式轉(zhuǎn)換 - 簡書 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程21： 結合Cell Hashing分析雙細胞 - 簡書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程22：空間轉(zhuǎn)錄組的分析毅桃、可視化與整合 - 簡書 (jianshu.com)

單細胞108篇文獻解讀

單細胞108篇文獻解讀之1---Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob... - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之3---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之4---Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates str... - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之5---Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss
單細胞108篇文獻解讀之7---Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated ... - 簡書 (jianshu.com)
[單細胞108篇文獻解讀之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response](http://www.reibang.com/p/92f266700c09）
單細胞108篇文獻解讀之9---Single-cell analysis reveals transcriptomic remodellings in distinct cell types t... - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat - 簡書 (jianshu.com)

單細胞108篇文獻解讀之11---SCENIC: 單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡和細胞功能聚類 - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之12---Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast s... - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之13---Cross-tissue organization of the fibroblast lineage - 簡書 (jianshu.com)
單細胞108篇文獻解讀之14---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer - 簡書 (jianshu.com)

R語言

R語言學習.1-R安裝及向量介紹 - 簡書 (jianshu.com)
R包安裝設置清華鏡像的三種方法 - 簡書 (jianshu.com)
R語言學習.2/3-數(shù)據(jù)類型 - 簡書 (jianshu.com)
R語言學習.4-R包 - 簡書 (jianshu.com)
R語言學習4.1_包的安裝_tidyverse - 簡書 (jianshu.com)
R語言學習.5-數(shù)據(jù)讀寫 - 簡書 (jianshu.com)
R語言學習.6---繪圖 - 簡書 (jianshu.com)
R語言學習6.1---ggplot繪圖 - 簡書 (jianshu.com)
R語言學習7.1----stringr處理字符串 - 簡書 (jianshu.com)

R數(shù)據(jù)科學

GEO

數(shù)據(jù)挖掘?qū)W習---GEO 數(shù)據(jù)庫簡介 - 簡書 (jianshu.com)

GEO數(shù)據(jù)挖掘--下載數(shù)據(jù)的3種方式 - 簡書 (jianshu.com)

GEO數(shù)據(jù)挖掘之繪制PCA熱圖和差異基因火山圖 - 簡書 (jianshu.com)
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GEO數(shù)據(jù)挖掘入門---使用pheatmap繪制分組聚類熱圖 - 簡書 (jianshu.com)

TCGA

RNA-seq

sra與fastq數(shù)據(jù)簡介及下載 - 簡書 (jianshu.com)

外顯子

全外顯子組測序技術WES簡介及結題報告解讀 - 簡書 (jianshu.com)

python

《利用Python進行數(shù)據(jù)分析·第2版》第1章 準備工作 - 簡書 (jianshu.com)
《利用Python進行數(shù)據(jù)分析·第2版》第2章 Python語法基礎褒纲，IPython和Jupyter Notebooks - 簡書 (jianshu.com)

質(zhì)譜流式

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