當我想查看軟件運行結(jié)束后得到的BAM, BigWig, BED和GTF文件時，我都需要先把他們下載到本地袄秩，然后用IGV打開阵翎。每每這個時候，我就會非常痛苦之剧，因為我懶得下載郭卫。
為了解決這個問題，我根據(jù)igv.js 寫了一個Python腳本背稼，輸出一個網(wǎng)頁贰军，然后通過利用 node.js 或者 Python的網(wǎng)頁服務器打開一個端口，直接在網(wǎng)頁上進行查看。
代碼地址: https://github.com/xuzhougeng/myscripts/blob/master/igv_web.py
可以下面這行代碼進行下載腳本, 例如我放在了家目錄
wget https://raw.githubusercontent.com/xuzhougeng/myscripts/master/igv_web.py
python3 ~/igv_web.py -r ref/genome.fa -m 01-read-align/*.bam -b feature.bed
接著用python的 SimpleHTTPServer 模塊啟動一個網(wǎng)頁服務器
/usr/bin/python -m SimpleHTTPServer 9999
當然更加推薦使用npm的http-server词疼，通過網(wǎng)頁進行訪問
npx http-server ./ -p 9999 -a 0.0.0.0
效果如下
image.png
