Coronavirus GenBrowser
大量的新冠數(shù)據(jù)如何分析？海量的數(shù)據(jù)無從下手哨颂？新檢測的境外輸入序列如何鑒定來源？讓Coronavirus GenBrower來幫你共虑！
歷時近七個月洞坑，在四個單位的10余個專家、程序猿/媛的共同努力下依许，GenBrowser正式上線啦峭跳！GenBrowser不但建立了新的理論體系缺前，還從無到有建立了完整的數(shù)據(jù)分析流程衅码、數(shù)據(jù)可視化平臺逝段∪鞘眩基于新的理論框架，依托于中科院北京基因組研究所（國家生物信息中心）數(shù)據(jù)庫朗儒，Coronavirus GenBrower可以幫助你完成新冠病毒基因組序列的分析和日常更新醉锄，監(jiān)測病毒變異頻率的變化恳不，監(jiān)測境外輸入的病毒株系可能的來源开呐。
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中科院上海營養(yǎng)與健康所新冠病毒****genbrowser****：https://www.biosino.org/genbrowser
中科院北京基因組研究所（國家生物信息中心）新冠病毒****genbrowser****：https://bigd.big.ac.cn/genbrowser
中科院北京基因組研究所（國家生物信息中心）公共數(shù)據(jù)接口：https://bigd.big.ac.cn/ncov/apis/
（支持用手機(jī)瀏覽喔）-
以上為官方宣傳阻肿，下面進(jìn)入正題沮尿，Coronavirus GenBrowser可以做什么畜疾？
一、 上萬條新冠數(shù)據(jù)展示
依托于中科院北京基因組研究所（國家生物信息中心）數(shù)據(jù)庫乍楚，Coronavirus GenBrowser將替你完成從數(shù)據(jù)下載→質(zhì)量控制→序列比對→前處理→建樹→極大似然分析的繁雜過程徒溪，將結(jié)果及數(shù)據(jù)直接展示在你面前臊泌。且隨著新數(shù)據(jù)的增加渠概，Coronavirus GenBrowser會自動幫你完成數(shù)據(jù)更新播揪，展現(xiàn)最新數(shù)據(jù)的分析結(jié)果猪狈。
下面是整體預(yù)覽圖：
二、 傳播與演化推斷
基于新的理論框架灶伊，實(shí)現(xiàn)了突變的鑒定和時間的推斷疆前，重現(xiàn)新冠病毒的傳播過程聘萨，幫助梳理新冠病毒序列系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系竹椒。你可以通過Coronavirus GenBrowser查看樹上的每個節(jié)點(diǎn)的發(fā)生時間和突變信息米辐。
三书释、 靈活的搜索與過濾功能
Coronavirus GenBrowser提供了搜索功能和多樣的過濾功能，幫你快速篩選出你所關(guān)注的數(shù)據(jù)舶吗。搜索操作支持對樣本名、突變择膝、Accession number進(jìn)行搜索且支持搜索過后的進(jìn)行過濾操作。同時你也可以自己在樹上點(diǎn)擊選中節(jié)點(diǎn)肴捉，然后點(diǎn)擊search處的過濾按鈕進(jìn)行過濾齿穗。
除了搜索過濾跺株，Coronavirus GenBrowser還提供了多樣化的條件過濾脖卖，包括國家、性別袖扛、年齡十籍、日期蛆封，都可根據(jù)需要進(jìn)行自由組合，最終幫助你挑選出你所感興趣的樣本以便進(jìn)行后續(xù)分析勾栗。
四惨篱、 獨(dú)有的追蹤功能
為了幫助防疫防控，Coronavirus GenBrowser還提供了獨(dú)有的譜系追蹤功能围俘，幫助追溯新測病毒株系可能的來源妒蛇。只需導(dǎo)入新測基因組序列的fasta文件，Coronavirus GenBrowser就會在已有進(jìn)化樹中幫你追尋最為相近的病毒株（包括葉子節(jié)點(diǎn)和內(nèi)節(jié)點(diǎn)）并標(biāo)出其演化軌跡楷拳。Coronavirus GenBrowser不僅支持葉子的追蹤（即已有樣本）也支持內(nèi)節(jié)點(diǎn)（即未被采樣的祖先病毒株）的追蹤绣夺。
五、 譜系分類與標(biāo)記功能
Coronavirus GenBrowser提供了主要譜系分類體系的標(biāo)記功能欢揖，包括S-D614G陶耍、L/S、A/B/C分類體系她混，通過在左側(cè)控制面板進(jìn)行點(diǎn)擊選擇就可快速獲得樣本對應(yīng)的譜系分類類型烈钞。
除此之外泊碑，還可以通過選中節(jié)點(diǎn)后右擊選擇Annotation進(jìn)行自定義的標(biāo)記。
六毯欣、 多樣的樹展示方式與美化功能
Coronavirus GenBrowser提供了豐富是樹展示布局馒过，除了常見的矩型、環(huán)型酗钞、傾斜型腹忽、無根樹還提供了特有的螺旋型⊙庾鳎可以根據(jù)需求選擇合適的布局窘奏。
同時還提供了多樣的染色方式，支持根據(jù)國家/大洲葫录、性別着裹、年齡、日期的染色米同，此外還支持自定義的染色方式骇扇，幫助實(shí)現(xiàn)特定枝的高亮。你也可以通過右擊節(jié)點(diǎn)選擇Recolor進(jìn)行這一操作面粮，自定義染色文件也會自動進(jìn)行同步匠题。
七、 基因組瀏覽器
該板塊提供了多條track但金，可以查看基因組結(jié)構(gòu)韭山、主要結(jié)構(gòu)域、各位點(diǎn)突變頻率冷溃、相似度曲線钱磅、序列聯(lián)配以及常用引物序列∷普恚可以通過拖拽灰色選中框進(jìn)行選擇區(qū)域的調(diào)節(jié)盖淡，也可以使用左側(cè)控制面板進(jìn)行精確調(diào)節(jié)。還可以通過右擊空白區(qū)進(jìn)行track的顯示/隱藏設(shè)置凿歼。
八褪迟、 高度的交互性與多樣化工具
Coronavirus GenBrowser有著高度的交互性，提供了大量的右擊菜單操作和詳細(xì)的用戶提示答憔，幫助你更好觀察和展示以及獲取你所關(guān)心的數(shù)據(jù)味赃。
寫在最后，同時上線的還有eGPS 1.6版虐拓，包括許多去年年底心俗、今年年初完成，但是沒有來得及發(fā)布的一些新功能。同樣可通過www.egps-software.net下載免費(fèi)軟件城榛。另外歡迎加入eGPS官方QQ群（550899355）參與討論揪利。
