表觀轉(zhuǎn)錄組調(diào)控之meRIP(m6A甲基化修飾)

RNA修飾過去的研究基礎(chǔ)是認(rèn)為RNA在核酸結(jié)構(gòu)上的化學(xué)微調(diào)镇饺,隨著科學(xué)技術(shù)發(fā)展以及相關(guān)產(chǎn)品化抗體出現(xiàn)堵第,對RNA修飾的研究不只是停留在結(jié)構(gòu)微調(diào),當(dāng)前發(fā)現(xiàn)RNA修飾在轉(zhuǎn)錄組水平廣泛存在,并且是可逆的動態(tài)調(diào)控狀態(tài)宗兼,參與生物進(jìn)程鐘的多方面抚垄,包括:細(xì)胞分化蜕窿、性別決定、腫瘤的發(fā)生和轉(zhuǎn)移呆馁、DNA的損傷修復(fù)等生物學(xué)功能桐经,今天帶給大家的是RNA甲基化修飾研究內(nèi)容。RNA甲基化發(fā)生在RNA分子上不同位置的甲基化修飾現(xiàn)象浙滤,常見的RNA轉(zhuǎn)錄后修飾方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine阴挣,m6A)和5-甲基胞嘧啶(5-methylcytidine,m5C)纺腊。

1畔咧、技術(shù)簡介

甲基化RNA免疫共沉淀基于抗體(m6A)特異性結(jié)合甲基化修飾的堿基茎芭,以磁珠包被的抗體結(jié)合修飾RNA,通過免疫結(jié)合吸附誓沸,純化產(chǎn)物富集甲基化修飾片段梅桩,后續(xù)通過高通量測序,在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究發(fā)生甲基化的RNA區(qū)域拜隧,可以是lncRNA宿百、mRNA、circRNA等虹蓄。

2犀呼、技術(shù)流程

? 細(xì)胞樣品m6A RNA表達(dá)量測定(dot-blot方法)

? 細(xì)胞裂解,獲取總RNA樣本

? M6a抗體IP沉淀結(jié)合與磁珠共價形成復(fù)合物

? 洗脫純化獲取甲基化修飾的RNA產(chǎn)物

? 高通量測序

? 生物信息學(xué)分析

3薇组、技術(shù)應(yīng)用

?mRNA修飾

?轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控

??轉(zhuǎn)錄和翻譯過程的聯(lián)系

4外臂、應(yīng)用案例

m6A mRNA methylation regulates CTNNB1 to promote the proliferation?of?hepatoblastoma

作者選取肝母細(xì)胞癌未模型,在細(xì)胞水平研究上調(diào)m6A甲基化修飾和m6A因子律胀,對肝癌HB細(xì)胞的生長宋光、增殖、凋亡的影響炭菌,探究得出METTL3作為預(yù)后因子在HB細(xì)胞中起關(guān)鍵調(diào)節(jié)作用罪佳,繼而在動物水平,建立NC組和shRNA敲低組黑低,觀察腫瘤形成的大小赘艳,闡明METTLL3在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中起重要調(diào)節(jié)作用,表型闡述后進(jìn)一步在表觀遺傳水平克握,研究分子機(jī)制蕾管,通過m6a-Seq和生信分析尋找METTL-3的靶標(biāo)結(jié)合CTNNB1。

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? 僅限人菩暗、大鼠掰曾、小鼠物種的樣本,細(xì)胞核組織均可停团;

? 細(xì)胞旷坦,數(shù)量1-3x107個;

? 組織佑稠,所需10-30mg秒梅。

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? 用于m6a甲基化RIP實驗的抗體;

? Dot-blot檢測本底甲基化修飾RNA水平舌胶;

? MeRIP免疫共沉淀實驗番电;

? 高通量測序及生物信息學(xué)個性化分析;

? 完整實驗報告及原始數(shù)據(jù)結(jié)果辆琅。

推薦閱讀:RNA甲基化修飾(m6A)研究技術(shù)及方案設(shè)計文獻(xiàn)

1.RNA demethylase ALKBH5 preventspancreatic cancer progression byposttranscriptional activation of PER1 in an m6A-YTHDF2-dependent manner漱办;

2.m6A-dependent glycolysis enhances colorectal cancer progression;

3.METTL14-mediated N6-methyladenosine modification of SOX4 mRNA inhibits tumor metastasis in colorectal cancer婉烟;

4.m6A mRNA methylation initiated by METTL3 directly promotes YAP translation and increases YAP activity by regulating the MALAT1-miR-1914-3p-YAP axis to induce NSCLC drug resistance and

Metastasis娩井。

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