植物研究相關(guān)數(shù)據(jù)庫匯總

01?綜合性數(shù)據(jù)庫

http://www.bioinfo.wsu.edu/? ? ? ?作物基因組迟隅、遺傳和育種研究的分析計(jì)算工具和數(shù)據(jù)庫

https://www.agbiodata.org/? ? ? ? 農(nóng)業(yè)生物數(shù)據(jù)庫和相關(guān)資源綜合平臺

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html? ? ? ? 植物比較基因組學(xué)資源庫

http://www.plantontology.org? ? ? ? 集成植物基因組學(xué)扛伍、表型和遺傳學(xué)數(shù)據(jù)的共享型平臺

http://harvest.ucr.edu/? ? ? ? 作物EST序列及相關(guān)分子信息數(shù)據(jù)平臺

http://www.gramene.org/?? ? ? ? Gramene：用于作物和模式物種的比較功能基因組學(xué)分析的綜合平臺

https://www.uniprot.org/? ? ? ? ? ? 蛋白質(zhì)序列和功能信息資源數(shù)據(jù)庫和分析平臺

http://urgi.versailles.inra.fr/? ? ? ? URGI：針對有農(nóng)學(xué)意義的植物研究生物信息平臺

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#? ? ? ? agriGO：GO分析工具包和數(shù)據(jù)庫綜合平臺

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL? ? ? ? 基于Web的用于表達(dá)定量性狀位點(diǎn)（eQTL）研究的工作臺和數(shù)據(jù)庫

http://www.plantgdb.org/? ? ? ? 植物基因組序列數(shù)據(jù)庫

https://mpss.danforthcenter.org/index.php? ? ? ? 二代測序（NGS）數(shù)據(jù)庫奶镶，包括植物的RNA和基因組信息資源

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp? ? ? ? 植物基因組數(shù)據(jù)庫

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home? ? ? ? 植物snoRNA基因數(shù)據(jù)庫

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/? ? ? ? 植物順式調(diào)控元件、增強(qiáng)子和抑制子數(shù)據(jù)庫

http://metacrop.ipk-gatersleben.de? ? ? ? 作物代謝途徑數(shù)據(jù)庫

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome? ? ? ? 植物器官研究數(shù)據(jù)庫

?http://www.drastic.org.uk? ? ? ? 植物細(xì)胞的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)分析數(shù)據(jù)庫

http://www.pathoplant.de? ? ? ? 植物-病原體相互作用的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)物質(zhì)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/? ? ? ? 植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/? ? ? ? 植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1? ? ? ? 作物EST數(shù)據(jù)庫

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace? ? ? ? 植物順式調(diào)控DNA元件數(shù)據(jù)庫

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/? ? ? ? 植物線粒體蛋白運(yùn)輸元件數(shù)據(jù)庫

http://www.mirbase.org/?? ? ? ? 生物microRNA數(shù)據(jù)庫

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm? ? ? ? FAT-PTM：用于分析蛋白質(zhì)和代謝途徑的翻譯后修飾數(shù)據(jù)庫

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/? ? ? ? 谷物特別是水稻和玉米的小RNA數(shù)據(jù)庫

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx? ? ? ? 擬南芥和玉米蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫

http://atted.jp/? ? ? ? ATTED-II ：基于互秩指數(shù)統(tǒng)計(jì)特性的植物共表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/? ? ? ? 植物Circular RNAs數(shù)據(jù)庫

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi? ? ? ? 植物基因編輯數(shù)據(jù)庫慕购，收集CRISPR / Cas9技術(shù)產(chǎn)生植物的信息

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php? ? ? ? 植物性狀全球數(shù)據(jù)庫

http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/? ? ? ? 植物基因和基因組重復(fù)的數(shù)據(jù)庫

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/? ? ? ? 植物microRNA數(shù)據(jù)庫

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl? ? ? ? 植物相關(guān)微生物的多基因座序列分型和分析數(shù)據(jù)庫及網(wǎng)站

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD? ? ? ? 植物非編碼RNA數(shù)據(jù)庫

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB? ? ? ? 植物長非編碼RNA數(shù)據(jù)庫

http://prgdb.org/prgdb/? ? ? ? 植物抗病R基因數(shù)據(jù)庫

https://www.inetbio.org/aranet/? ? ? ? 擬南芥和一些非模式植物的功能基因網(wǎng)絡(luò)改進(jìn)數(shù)據(jù)庫

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page? ? ? ? 基于Wiki的植物長非編碼RNAs數(shù)據(jù)庫

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi? ? ? ? 植物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫

?

02? ? 擬南芥數(shù)據(jù)庫

http://rarge.gsc.riken.jp/? ????? 擬南芥cDNA邻邮、突變體和微陣列數(shù)據(jù)庫

http://www.athamap.de/? ? ? ? 擬南芥的全基因組范圍的假定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

https://www.gabi-kat.de/? ? ? ? 擬南芥的基于側(cè)翼序列標(biāo)簽（FST）的T-DNA插入突變體查找?guī)?/p>

http://www.plprot.ethz.ch/? ? ? ? 擬南芥質(zhì)體蛋白數(shù)據(jù)庫

http://seedgenes.org/? ? ? ? 擬南芥發(fā)育關(guān)鍵基因數(shù)據(jù)庫

http://suba.live/? ? ? ? 擬南芥蛋白的亞細(xì)胞定位數(shù)據(jù)庫

http://travadb.org/? ? ? ? 基于RNA-seq分析的擬南芥基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫

http://atrm.cbi.pku.edu.cn/? ? ? ? 擬南芥轉(zhuǎn)錄調(diào)控圖譜數(shù)據(jù)庫

http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/? ? ? ? 擬南芥根部單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)庫


03?水稻數(shù)據(jù)庫

http://www.ricedata.cn/index.htm? ? ? ? 國家水稻數(shù)據(jù)中心

https://omictools.com/bgi-ris-tool? ? ? ? BGI-RIS：水稻以及其他谷類作物和植物基因組研究的信息資源和分析平臺

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/? ? ? ? 粳稻日本晴基因組注釋計(jì)劃

http://rice.plantbiology.msu.edu/? ? ? ? 粳稻日本晴基因組注釋計(jì)劃

http://redb.ncpgr.cn/? ? ? ? ? ?水稻EST數(shù)據(jù)庫

http://rmd.ncpgr.cn/? ? ? ? 水稻突變體數(shù)據(jù)庫

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE? ? ? ? 水稻功能基因組表達(dá)數(shù)據(jù)庫

https://tos.nias.affrc.go.jp/? ? ? ? 水稻逆轉(zhuǎn)座子Tos17插入突變數(shù)據(jù)庫

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/? ? ? ? 水稻T-DNA插入突變數(shù)據(jù)庫

http://server.ncgr.ac.cn/ricd/? ? ? ? 秈稻cDNA數(shù)據(jù)庫

https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/? ? ? ? 水稻遺傳學(xué)和基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫

https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/? ? ? ? 水稻基因共表達(dá)數(shù)據(jù)庫

https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/? ? ? ? 水稻糖基轉(zhuǎn)移酶數(shù)據(jù)庫

http://rice.hzau.edu.cn/rice/? ? ? ? 秈稻基因組的綜合生物信息學(xué)平臺


04? ? 其他作物數(shù)據(jù)庫

http://www.wheatgenome.org/? ? ? ? 小麥基因組信息數(shù)據(jù)庫

https://wheatproteome.org/? ? ? ? 小麥蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫

http://wheat.pw.usda.gov? ? ? ? 小麥族和燕麥屬的分子和表型信息數(shù)據(jù)庫

http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi? ? ? ? 大麥種質(zhì)資源和基因組分析數(shù)據(jù)

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::? ? ? ? 大麥基因組資源平臺

http://maize.jcvi.org/? ? ? ? 玉米基因組數(shù)據(jù)庫

https://www.maizegdb.org/? ? ? ? 玉米基因組和遺傳分析平臺

https://www.panzea.org/? ? ? ? 玉米及其野生近緣種的基因組工程資源庫

https://soybase.org/? ? ? ? 大豆基因組學(xué)和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi? ? ? ? 大豆蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫

http://www.ildis.org/LegumeWeb/? ? ? ? 國際豆科植物數(shù)據(jù)庫和信息服務(wù)

https://www.cottongen.org/? ? ? ? 棉花基因組學(xué)，遺傳學(xué)和育種數(shù)據(jù)庫

http://ted.bti.cornell.edu/? ? ? ? 番茄功能基因組數(shù)據(jù)庫

https://www.inetbio.org/tomatonet/? ? ? ? 番茄的復(fù)雜性狀挖掘的全基因組協(xié)同網(wǎng)絡(luò)平臺

https://solgenomics.net/? ? ? ? 茄科物種基因組測序數(shù)據(jù)庫

http://tropgenedb.cirad.fr/? ? ? ? 管理熱帶作物的遺傳和基因組信息的數(shù)據(jù)庫

http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml? ? ? ? 藥用植物基因組和代謝組資源庫

http://gabipd.org/projects/Pomamo/? ? ? ? 馬鈴薯生物信息數(shù)據(jù)庫

http://vitisgdb.ynau.edu.cn/? ? ? ? 葡萄育種和遺傳信息綜合數(shù)據(jù)庫

http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/? ? ? ? 谷子功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/? ? ? ? 辣椒基因組信息數(shù)據(jù)庫

https://www.inetbio.org/wheatnet/? ? ? ? 面包小麥的全基因組規(guī)模功能基因網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫

http://brassicadb.org/brad/? ? ? ? 重要蕓苔屬作物全基因組規(guī)模的遺傳數(shù)據(jù)庫


05??生物信息學(xué)工具

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/? ? ? ? TargetP：亞細(xì)胞定位/N端功能肽預(yù)測

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/? ? ? ? EasyGo：提供一系列待查基因的功能注釋以及微陣列探針信息

http://smart.embl-heidelberg.de/? ? ? ? SMART：蛋白保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測工具

http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html? ? ? ? GenAlEx：群體遺傳分析軟件

https://mapman.gabipd.org/mapman-download/? ? ? ? MapMan：適用于多組學(xué)數(shù)據(jù)分析的蛋白質(zhì)分類和注釋框架

https://genevestigator.com/? ? ? ? GENEVESTIGATOR: 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘比對云平臺

http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm? ? ? ? BAR：植物生物學(xué)分析工具平臺

http://skl.scau.edu.cn/? ? ? ? CRISPR-GE: 用于CRISPR基因組編輯的便捷軟件工具包

http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/? ? ? ? CRISPR-P: 用于植物基因組編輯的改進(jìn)的CRISPR / Cas9工具包

https://www.michalopoulos.net/act/? ? ? ? ACT：擬南芥共表達(dá)分析工具

http://orygenesdb.cirad.fr/? ? ? ? OryGenesDB：用于水稻反向遺傳學(xué)研究的交互式工具

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress? ? ? ? T-DNA Express：擬南芥基因定位工具

http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/? ? ? ? pssRNAit: 通過全基因組脫靶基因評估設(shè)計(jì)有效和特異性的植物RNAi siRNA

http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/? ? ? ? DSDecode：基于Web的用于對目標(biāo)突變基因型的序列色譜圖進(jìn)行解碼的工具

https://github.com/srbehera11/stag-cns?? ? ? ? STAG-CNS：一種可用于任意數(shù)量物種的順序保守非編碼序列發(fā)現(xiàn)工具

http://www.hi-tom.net/FED? ? ? ? ? ? FED：基因組編輯外源成分檢測平臺

https://m2sb.org/? ? ? ? GeneCloud：使用語義技術(shù)來掃描特定基因列表的基因描述

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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