高等真核細(xì)胞核中的染色質(zhì)被各種 RNA 物種廣泛結(jié)合焦人。最近開發(fā)了一種通過固定透化核的深度測序(GRID-seq)原位捕獲全局 RNA 與 DNA 相互作用的方法挥吵，其允許以無偏見的方式鑒定染色質(zhì)相關(guān) RNA 的整個庫。GRID-seq 的實驗設(shè)計與最近發(fā)表的兩種策略(MARGI (映射 RNA-基因組相互作用)和 ChAR-seq (染色質(zhì)相關(guān) RNA 測序))相關(guān)花椭，這兩種策略也使用二價接頭連接 RNA 和 DNA忽匈。然而，重要的是矿辽，GRID-seq 還實施了一種聯(lián)合的實驗和計算方法來控制在文庫構(gòu)建過程中可能發(fā)生的非特異性 RNA-DNA 相互作用丹允，這對于準(zhǔn)確解釋檢測到的 RNA-DNA 相互作用是至關(guān)重要的。GRID-seq 通常發(fā)現(xiàn)與組織特異性啟動子和增強子(特別是超級增強子)相互作用的編碼和非編碼 RNA (ncRNA) 袋倔，從中可以推導(dǎo)出全局啟動子-增強子連接性圖譜雕蔽。在這里，提供了一個詳細(xì)的 GRID-seq 方案宾娜，包括細(xì)胞核制備批狐，染色質(zhì)片段化，RNA 和 DNA 與二價接頭的原位連接前塔，PCR 擴(kuò)增和高通量測序贾陷。為了進(jìn)一步提高 GRID-seq 的效用，提供了一個稱為 GridTools 的數(shù)據(jù)分析管道嘱根，其中集成了背景校正和基因組元件鄰近性推斷等關(guān)鍵步驟髓废。對于在分子生物學(xué)方面經(jīng)驗豐富、生物信息學(xué)技能較少的研究人員來說该抒，該方案從細(xì)胞固定到文庫構(gòu)建通常需要4-5天慌洪，數(shù)據(jù)處理則需要2-3天顶燕。
GRID-seq for comprehensive analysis of global RNA–chromatin interactions | Nature Protocols
