1. 什么是reads
高通量測序平臺產(chǎn)生的序列成為reads
2. 什么是contig
拼接軟件基于reads之間的overlap區(qū)诸典，拼接獲得的序列稱為contig（重疊群）。
3. 什么是scaffold
基因de novo測序垃环，通過reads拼接獲得contigs后昂拂，通常還要構(gòu)建454 paired-end庫或者Illumina Mate-pair庫兼搏，以獲得一定大小片段（如3kb衙傀，6kb梢为，10kb，20kb）雙端序列弛针〉铮基于這些序列，可以確定一些contig直接的順序關(guān)系削茁，這些先后順序已知的contigs組成scaffold宙枷。
4. 什么是Contig N50
Reads拼接后會獲得一些不同長度的Contigs。將所有的Contig長度相加茧跋，能獲得一個Contig總長度慰丛。然后將所有的Contigs按照從長到短進行排序，如獲得Contig 1瘾杭，Contig 2诅病，Contig 3...………Contig 25。將Contig按照這個順序依次相加粥烁，當(dāng)相加的長度達(dá)到Contig總長度的一半時贤笆，最后一個加上的Contig長度即為Contig N50。舉例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig總長度*1/2時讨阻，Contig 4的長度即為Contig N50芥永。Contig N50可以作為基因組拼接的結(jié)果好壞的一個判斷標(biāo)準(zhǔn)。
5. 什么是Scaffold N50
Scaffold N50與Contig N50的定義類似变勇。Contigs拼接組裝獲得一些不同長度的Scaffolds恤左。將所有的Scaffold長度相加贴唇，能獲得一個Scaffold總長度搀绣。然后將所有的Scaffolds按照從長到短進行排序，如獲得Scaffold 1戳气，Scaffold 2链患，Scaffold 3...………Scaffold 25。將Scaffold按照這個順序依次相加瓶您，當(dāng)相加的長度達(dá)到Scaffold總長度的一半時麻捻，最后一個加上的Scaffold長度即為Scaffold N50。舉例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold總長度*1/2時呀袱，Scaffold 5的長度即為Scaffold N50贸毕。Scaffold N50可以作為基因組拼接的結(jié)果好壞的一個判斷標(biāo)準(zhǔn)。
