單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組-開端
前言
最近一個(gè)多月主要學(xué)習(xí)Linux的基本操作和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄相關(guān)的文獻(xiàn)叛薯，特別是綜述、最新的技術(shù)和分析文件，基本上了解了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的分析流程。最為關(guān)鍵的步驟是：單細(xì)胞分離和捕獲纯出，作為單細(xì)胞測序的第一步，通分離捕獲獲得單個(gè)的細(xì)胞及細(xì)胞的數(shù)量會影響下游建庫和分析敷燎。
單細(xì)胞分離：
顯微操縱（精密控制）（micromanipulation）
熒光激活的流式分選：flow sorting using fluorescence-activated cell sorting (FACS)
激光捕獲顯微切割（Laser Capture Microdissection暂筝，LCM）
微流體技術(shù)（microfluidic device）
還有微孔技術(shù)（microwell）和微滴（droplet）等
微孔技術(shù)（microwell）
基于微孔的捕獲技術(shù)可以使用細(xì)胞移液器或激光捕獲分離細(xì)胞，并將他們放置于微液流孔中硬贯。優(yōu)勢是：可以與熒光觸發(fā)細(xì)胞分離技術(shù)(FACS)結(jié)合焕襟，實(shí)現(xiàn)基于表面標(biāo)記的細(xì)胞選擇。對于想要分離特定細(xì)胞群的研究很有效饭豹；另外一個(gè)優(yōu)勢就是胧洒，可以對細(xì)胞進(jìn)行拍照，幫助確定孔中是否存在損傷的或者重復(fù)的細(xì)胞墨状。當(dāng)然，它的缺點(diǎn)是通量低菲饼，對每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行操作需要很大的工作量肾砂。
微滴（droplet）
微滴技術(shù) 是將單個(gè)細(xì)胞包裹在μl級別的液滴中，液滴被搭載到建庫所用的酶上宏悦，每個(gè)微滴包含一個(gè)獨(dú)特的條碼(barcode)镐确，由那個(gè)被包裝好的細(xì)胞產(chǎn)生的所有reads都被貼上了該條碼包吝，也是為了之后對于不同細(xì)胞reads的分辨。一般微滴技術(shù)的通量最大源葫，查資料得知一秒能包裝7萬個(gè)以上的液滴诗越，并且建庫費(fèi)用合適--0.05美元/細(xì)胞。但是高額測序費(fèi)用又成了他的短板息堂，鑒定出的一般只有一千多個(gè)差異轉(zhuǎn)錄本嚷狞，覆蓋度還是比較低的。
一荣堰、網(wǎng)絡(luò)教程
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二宏娄、全網(wǎng)第一的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)演練
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