Debian系列和Ubuntu系列Linux平臺安裝BEAST捎琐，配置beagle加速庫匈子。
其他發(fā)行版以及更具體的信息參考
- Downloading and installing BEAST on UNIX/Linux
- Using BEAGLE with BEAST
- Installing BEAGLE on Linux
- The latest version of BEAST
sudo apt-get install build-essential autoconf automake libtool git pkg-config htop openjdk-8-jdk
git clone --depth=1 https://github.com/beagle-dev/beagle-lib.git
cd beagle-lib
./autogen.sh
./configure --prefix=$HOME
make install
cd
#下載BEASTv1.10.3并解壓
wget https://github.com/beast-dev/beast-mcmc/releases/download/v1.10.3/BEASTv1.10.3.tgz
tar zxvf BEASTv1.10.3.tgz
sudo vim .bashrc
#按i進入編輯模式蛀恩，將以下內(nèi)容粘貼進去让歼，切換到大寫鍵盤病梢，雙擊Z保存退出箕般。
##以下是粘貼到.bashrc的內(nèi)容，其中g(shù)oogleyun1和BEASTv1.10.3根據(jù)自己的用戶名和BEAST版本以及所在路徑進行更改
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
export PATH=$PATH:/home/googleyun1/BEASTv1.10.3/bin
export CLASSPATH=.:/home/googleyun1/BEASTv1.10.3/lib
##以下是粘貼到.bashrc的內(nèi)容
#更新.bashrc
source .bashrc
#測試beagle是否安裝成功
beast -beagle_info
安裝成功則顯示類似如下格式信息
BEAGLE resources available:
0 : CPU
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE ...
1 : Intel(R) HD Graphics 530
Global memory (MB): 1536
Clock speed (Ghz): 1.05
Number of compute units: 24
Flags: PRECISION_SINGLE COMPUTATION_SYNCH ...
2 : Tesla K40c
Global memory (MB): 11520
Clock speed (Ghz): 0.74
Number of cores: 2880
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE ...
安裝過程中常見問題
- 已經(jīng)安裝了正確版本的jdk顽分，但是程序仍然調(diào)用其他版本的java或找不到j(luò)ava
解決方案1.改變默認java版本
解決方案2.暫時添加正確版本變量
