單細(xì)胞組學(xué)系列學(xué)習(xí)筆記

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scRNA-seq數(shù)據(jù)分析

Seurat包學(xué)習(xí)筆記

Seurat包學(xué)習(xí)筆記(一):Guided Clustering Tutorial
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(二):Integration and Label Transfer
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(三):Analysis of spatial datasets
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(四):Using sctransform in Seurat
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(五):Using Seurat with multi-modal data
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(六):scATAC-seq + scRNA-seq integration
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(七):Stimulated vs Control PBMCs
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(八):Cell-Cycle Scoring and Regression
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(九):Differential expression testing
Seurat包學(xué)習(xí)筆記(十):New data visualization methods in v3.0
Seurat CheatSheet思維導(dǎo)圖
Seurat對(duì)象解讀思維導(dǎo)圖
使用Shiny搭建基于Seurat包的單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)


Scater包學(xué)習(xí)筆記

使用scater包進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析(一):數(shù)據(jù)導(dǎo)入與SCESet對(duì)象構(gòu)建
使用scater包進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析(二):數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
使用scater包進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析(三):數(shù)據(jù)降維與可視化


Monocle2包學(xué)習(xí)筆記

Monocle2包學(xué)習(xí)筆記(一):Getting Started with Monocle
Monocle2包學(xué)習(xí)筆記(二):Classifying and Counting Cells
Monocle2包學(xué)習(xí)筆記(三):Constructing Single Cell Trajectories
Monocle2包學(xué)習(xí)筆記(四):Differential Expression Analysis


Palantir包學(xué)習(xí)筆記

使用Palantir進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析


scATAC-seq數(shù)據(jù)分析

Signac包學(xué)習(xí)筆記

使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析(一):Analyzing PBMC scATAC-seq
使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析(二):Motif analysis with Signac
使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析(三):scATAC-seq data integration
使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析(四):Merging objects


Cicero包學(xué)習(xí)筆記

使用Cicero包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq分析(一):Cicero introduction and installing
使用Cicero包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq分析(二):Constructing cis-regulatory networks
使用Cicero包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq分析(三):Single-cell accessibility trajectory

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