真核生物有3種依賴DNA的RNA聚合酶咕宿，即RNA聚合酶1烂翰、2、3休溶。RNA聚合酶1負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄rRNA代赁。RNA聚合酶2負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)基因mRNA和部分snRNA。RNA聚合酶3負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄tRNA和5s rRNA兽掰。

真核生物RNA聚合酶2必須與多與20個轉(zhuǎn)錄因子TF2（transcription factor; 或稱轉(zhuǎn)錄起始因子芭碍，transcription initiation factor，TIF孽尽；或稱一般轉(zhuǎn)錄因子窖壕，general transcription factor，GTF）逐級組裝成“完全的轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合物”（complete transcriptional initiation complex，complete TIC）才能啟動轉(zhuǎn)錄過程瞻讽。

真核生物中沒有類似原核生物中可以識別啟動子的α亞基的對應(yīng)物狐蜕，所以真核生物RNA聚合酶2在行使轉(zhuǎn)錄起始時(shí)，需要TF2先期識別或結(jié)合啟動子卸夕，幫助RNA聚合酶2定位到DNA上的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)层释，并與RNA聚合酶2共同組裝成轉(zhuǎn)錄起始的基本裝置（basal apparatus），此時(shí)由于一個或多個TF2的作用快集，DNA的構(gòu)象從封閉式轉(zhuǎn)換為開放式贡羔。

RNA聚合酶2的轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合物的裝配

基本轉(zhuǎn)錄作用的開始需要許多基本因子（basal factor），稱為一般轉(zhuǎn)錄因子（general transcription factor, GTF）个初，簡稱轉(zhuǎn)錄因子（transcription factor, TF）乖寒，每個轉(zhuǎn)錄因子在轉(zhuǎn)錄起始作用時(shí)所扮演的角色都不盡相同。

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步驟一：TFⅡD
如圖二院溺，一般DNA的轉(zhuǎn)錄起點(diǎn)前面都有一段DNA序列叫做啟動子（promoter）楣嘁，是由腺嘌呤（adenine, A）及胸腺嘧啶（thymine, T）所組成的，稱為TATA盒（TATA box）珍逸，其標(biāo)準(zhǔn)序列（consensus sequence）為TATAAAA逐虚。

圖二

在最先，轉(zhuǎn)錄因子TFⅡD蛋白（分子量120～140kDa）會找出這段TATA盒序列谆膳，并與這段DNA序列進(jìn)行蛋白／DNA結(jié)合作用叭爱。早期的研究指出，TFⅡD是一個復(fù)合體（complex）漱病，由多個多勝肽鏈（polypeptide）組合而成买雾，因此在TFⅡD復(fù)合體中專門與DNA結(jié)合的蛋白，我們就稱它為TATA結(jié)合蛋白（TATA binding protein杨帽，簡稱TBP）漓穿。
TBP的分子量因不同的生物體而異，由27kDa（酵母菌）到38kDa（果蠅與人類細(xì)胞）都有注盈。雖然TBP專責(zé)與DNA結(jié)合晃危，但TBP跟其他能與DNA結(jié)合的DNA結(jié)合蛋白（DNA binding protein,簡稱DBP）有許多不同的地方。首先当凡，TBP只需要單獨(dú)行動即可山害，是以單元體（monomer）形式和DNA作用，而非一般DBP要形成二聚體（dimer）才能和DNA結(jié)合（可進(jìn)一步參考《科學(xué)月刊》25卷8期〈簡述視黃酸的訊息傳遞〉中以二聚體形式作用的DBP）沿量。其次浪慌，TBP是與DNA分子螺旋結(jié)構(gòu)上的小溝（minor groove）地方作用，而非一般DBP作用是在大溝（major groove）上朴则；另外权纤，TBP在蛋白上本身無法區(qū)分具有特定功能的功能部位（domain）钓简，亦即當(dāng)TBP缺乏一些胺基酸片段后，它的DNA結(jié)合能力與轉(zhuǎn)錄啟動活性均告喪失（參考《科學(xué)月刊》25卷8期〈簡述視黃酸的訊息傳遞〉中有功能部位區(qū)分的核中受體）汹想。從分子結(jié)構(gòu)層次來看外邓，TBP整個分子呈對稱的馬鞍狀，與DNA的結(jié)合方式就好像馬鞍套在馬背上一樣古掏。當(dāng)TBP與DNA結(jié)合后损话，除了TBP蛋白本身的形狀改變外，DNA亦會被扭曲槽唾，以便讓以后其他的轉(zhuǎn)錄因子來作用（可參閱1993年十月份英國的《Nature》中的許多計(jì)算機(jī)立體圖形）丧枪。
TFⅡD除了TBP之外，還有另外六個蛋白庞萍，它們被稱為TBP附著因子（TBP-associated factor, TAF）拧烦，能與其他TFⅡD以外的蛋白作用，例如活化子與抑制子钝计，所以它們是負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄活性調(diào)控的功能恋博。
由于TFⅡD中的TBP結(jié)合到DNA的TATA序列上，是整個轉(zhuǎn)錄作用的首要之務(wù)私恬，隨后引發(fā)一連串事件债沮，最終促使轉(zhuǎn)錄之進(jìn)行，因此這個蛋白（TFⅡD）與DNA的復(fù)合物践付，稱為起始復(fù)合體（initiation complex）秦士。
在早期的實(shí)驗(yàn)指出，另外有一個轉(zhuǎn)錄因子TFⅡA會結(jié)合到起始復(fù)合體上并穩(wěn)定其結(jié)構(gòu)永高，但目前已證實(shí)TFⅡA只是在純化TFⅡD時(shí)一起沉淀下來的蛋白而巳，在轉(zhuǎn)錄的起始過程中并非是必需的因子提针。

步驟二：TFⅡB
如圖三命爬，轉(zhuǎn)錄因子TFⅡB對起始復(fù)合體的結(jié)合與否，為轉(zhuǎn)錄起始作用過程的速率限制步驟（rate-limiting step）辐脖。而RNA聚合酶Ⅱ能否與起始復(fù)合體結(jié)合并開始轉(zhuǎn)錄作用饲宛，也完全視乎TFⅡB的結(jié)合與否。一些能使轉(zhuǎn)錄作用增強(qiáng)的活化子之所以能使轉(zhuǎn)錄作用加速嗜价，其原因就是可以加速TFⅡB結(jié)合到起始復(fù)合體上艇抠。

圖三

TFⅡB為單一蛋白結(jié)構(gòu)，分子量由35kDa（老鼠細(xì)胞）到41kDa（酵母菌）都有久锥。TFⅡB的功能是讓RNA聚合酶結(jié)合到起始復(fù)合體上家淤，并且測定出轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)的位置。

步驟三：TFⅡF與RNA聚合酶
圖四中瑟由，另外一個轉(zhuǎn)錄因子TFⅡF是由兩個分子量分別為30kDa與74kDa的多勝肽鏈所組成的異型二聚體（heterodimer）絮重，所以又稱為RAP30/74。它首先在細(xì)胞核中與未和DNA結(jié)合的游離RNA聚合酶結(jié)合，然后攜帶著RNA聚合酶與前述在起始復(fù)合體上的TFⅡB結(jié)合青伤；因此TFⅡF就好像「媒人」一般督怜，拖著RNA聚合酶與TFⅡB認(rèn)識并與之結(jié)合。目前已知能與RNA聚合酶結(jié)合的蛋白除了TFⅡF與TFⅡB之外狠角，前述TFⅡD中的TBP也被證實(shí)有跟RNA聚合酶結(jié)合的能力号杠。

圖四

值得一提的是：RNA聚合酶二型在轉(zhuǎn)錄過程中有兩個形式存在，一是沒有被磷酸化（non-phosphorylation）時(shí)稱為A型（即RNA polymerase ⅡA）丰歌，而如果已被磷酸化（phosphorylation）姨蟋，則稱為O型（即RNA polymerase ⅡO）。磷酸化的位置集中在RNA聚合酶的羰基端动遭，稱之為羰基端功能部位（carboxyl-terminal domain, CTD）芬探。而TFⅡF只與RNA聚合酶A型作用。
這時(shí)厘惦，RNA聚合酶A型結(jié)合到DNA上偷仿，整個復(fù)合體已有能力打開DNA的雙股螺旋結(jié)構(gòu)了，但它還未有足夠的能力移動而停留在原地宵蕉，這時(shí)的DNA與眾多的蛋白所形成的復(fù)合體酝静，稱為起始前復(fù)合體（pre-initiation complex, PIC）或最小起始復(fù)合體（minimal initiation complex）。

步驟四：TFⅡE（但是也有文獻(xiàn)說是TFⅡA在這一步起作用羡玛，我們先說是E吧）
圖五中别智，轉(zhuǎn)錄因子TFⅡE已證實(shí)能與前述的TBP、TFⅡF及RNA聚合酶ⅡA型稼稿、和下一步的轉(zhuǎn)錄因子TFⅡH結(jié)合（詳見步驟五）薄榛。TFⅡE由兩個多勝肽鏈（分別為34kDa及56kDa）所組成，它與PIC的結(jié)合可以穩(wěn)定PIC让歼，并引導(dǎo)下一個轉(zhuǎn)錄因子TFⅡH往PIC上結(jié)合敞恋。

圖五

從一開始的第一步（TFⅡD與DNA上的TATA序列結(jié)合），一直至目前（TFⅡE與PIC結(jié)合）谋右，所有的蛋白與DNA或蛋白與蛋白的結(jié)合反應(yīng)都是可逆的步驟（reversible pathway）硬猫，所以表示轉(zhuǎn)錄因子就算結(jié)合后也不一定會往下一步走。

步驟五：TFⅡH
圖六中改执，當(dāng)轉(zhuǎn)錄因子TFⅡH（又稱為BTF2）結(jié)合到TFⅡE上時(shí)啸蜜，整個包括RNA聚合酶的復(fù)合體可稱為完整起始復(fù)合體（complete initiation complex）。TFⅡH是一個多功能蛋白辈挂，由五個多勝肽鏈所構(gòu)成的復(fù)合體（大約有200kDa）衬横，它最特別的地方是：在目前眾多轉(zhuǎn)錄因子的功能中，只有它擁有激酶（kinase呢岗；進(jìn)行磷酸化的酵素種類）冕香、螺旋酶（helicase蛹尝；能打開DNA螺旋結(jié)構(gòu)的酵素）及ATP水解酶（ATPase；水解ATP分子而產(chǎn)生能量的酵素種類）的活性悉尾。而當(dāng)TFⅡE及TFⅡH與PIC結(jié)合后突那，這時(shí)TFⅡH的ATP水解酶活性就會水解ATP分子而釋出能量，而螺旋酶的活性也可使雙股DNA打開的地方更大构眯，這時(shí)期稱為啟動子廓清（promoter clearance）階段愕难，它可以說是介于啟動復(fù)合體與延長復(fù)合體（elongation complex）之間。而TF ⅡH的激酶活性是用來對RNA聚合酶的CTD作磷酸化作用的惫霸，藉以把RNA聚合酶ⅡA型轉(zhuǎn)變成ⅡO型猫缭，而CTD被磷酸化之后，RNA聚合酶隨即可以移動并開始轉(zhuǎn)錄作用壹店。我們可以想象TFⅡH是一個開關(guān)猜丹，可以打開RNA聚合酶的動力機(jī)制，使之前進(jìn)硅卢。

圖六

另外射窒，在今年七月份英國《Nature》期刊中指出，TFⅡH中有一個與酵母菌RAD25蛋白很像的次單位（subunit）将塑，稱為ERCC3（因此又稱為RAD25/ERCC3次單位）脉顿，它具有修補(bǔ)（repair）的作用，當(dāng)轉(zhuǎn)錄中RNA聚合酶遇到有錯誤序列時(shí)点寥，可能會促進(jìn)修補(bǔ)機(jī)制之進(jìn)行艾疟，而使轉(zhuǎn)錄機(jī)制與修補(bǔ)機(jī)制偶合在一起（transcription-repair coupling）。

步驟六：TFⅡG及TFⅡJ
目前還有兩個轉(zhuǎn)錄因子TFⅡG及TFⅡJ敢辩，但研究人員對其功能與存在的必要性仍有爭議蔽莱，只知道它們出現(xiàn)在TFⅡH以后的步驟中。

步驟七：轉(zhuǎn)錄啟動
RNA聚合酶被磷酸化后戚长，即可向前移動碾褂，當(dāng)?shù)竭_(dá)轉(zhuǎn)錄起啟點(diǎn)時(shí)，即可開始利用核 酸來進(jìn)行聚合反應(yīng)（polymerization）而合成RNA历葛。
當(dāng)RNA聚合酶向前移動時(shí)，完整起始復(fù)合體卻沒有完全分解開嘀略，反而分成三大陣營：一部分留在原地（TATA序列上）恤溶，一部分跟著RNA聚合酶移動，剩下的部分解離出去帜羊。目前已知TFⅡD和TFⅡB停留不動咒程，死咬著TATA序列不動；而TFⅡF與RNA聚合酶一起移動讼育，共同進(jìn)退帐姻；至于TFⅡE及TFⅡH則從復(fù)合體中解離出去稠集，重獲自由身。
TFⅡD和TFⅡB停留在原地之復(fù)合物被稱為后啟動復(fù)合物（post-initiation complex）饥瓷，它們賴著不走的目的主要是要與下一個轉(zhuǎn)錄因子作用剥纷，也就是說在下一輪的轉(zhuǎn)錄作用中，TFⅡD不必再花費(fèi)時(shí)間和能量再去找TATA序列呢铆，TFⅡB也不必再重新找一遍TFⅡD晦鞋，而重復(fù)做一次PIC的形成過程（見圖七）。

圖七

第一個被聚合的核苷酸經(jīng)常是嘌呤棺克，大約在mRNA被轉(zhuǎn)錄出30個核苷酸后悠垛，鳥嘌呤轉(zhuǎn)移酶將第一個核苷酸修飾成一個帽子結(jié)構(gòu)。所以RNA聚合酶2的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)有時(shí)也稱為帽子位點(diǎn)娜谊。

上面所述得有個問題就是TF2F只能和RNA聚合酶A型結(jié)合确买，那么RNA聚合酶被磷酸化后為什么沒有脫離呢?

參考：
Roeder, Robert G. (1991). "The complexities of eukaryotic transcription initiation: regulation of preinitiation complex assembly". Trends in Biochemical Sciences. 16: 402–408. doi:10.1016/0968-0004(91)90164-Q