寫在前面
我們在paper中經(jīng)常需要畫到細胞結(jié)構(gòu)圖哨苛，新手ppt一點一點畫，高手可能會用AI手搓建峭，土豪直接使用BioRender。??
今天給大家大家分享一個代碼畫細胞結(jié)構(gòu)圖的R包亿蒸，如果你覺得自己不會寫代碼，不想看了姑食，那你就錯過了哦茅坛。??
這個R包還開發(fā)了shiny，實現(xiàn)交互灰蛙，鼠標點點就可以完成。??
真希望有一天開發(fā)出個AI摩梧，人們描繪一下要畫什么樣的圖，就有了叛薯，而且還特別有創(chuàng)意笙纤，解放我等科研狗的雙手。??
用到的包
rm(list = ls())
# devtools::install_github("svalvaro/drawCell")
library(drawCell)
library(tidyverse)
Shiny交互式繪圖
3.1 開啟Shiny
現(xiàn)在做Shinyapp的越來越多了省容，方便大家的使用。??
這里也是一樣的腥椒，大家運行下面這段代碼，開啟Shiny洒放。??
drawCell::drawCellShiny()
3.2 選擇細胞類型
這里我們做幾個示范吧滨砍，都很簡單妖异。??
大家可以選擇自己需要的細胞類型领追，還是挺多的，這個包是基于SwissBioPics API開發(fā)的矩乐，所以圖片都是來自SwissBioPics：??
https://www.swissbiopics.org/
3.3 標記細胞核
我們試著點一下細胞核回论，這樣就標記上了。??
3.4 換個顏色
接著我們試試換一下顏色傀蓉，這里貌似不能直接輸入色號，是個問題误甚。??
3.5 標記線粒體
最后再標記一下線粒體谱净，然后就download你的圖片吧。??
代碼實現(xiàn)繪圖
4.1 示例一
我們試著標記人類細胞的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)冈钦，線粒體和高爾基體吧李请。??
顏色的話大家可以去各種取色網(wǎng)站獲取，挑選你自己的心頭好导盅。??
drawCell(organism_identifier = '9606',
list_sl_colors = list("SL0173" = "#00337C", "SL0101" = "#03C988","SL0135" = "#FEC868"))
4.2 示例二
畫個肌細胞吧，我們標記一下肌纖維乍炉，線粒體和細胞橋粒滤馍。??
drawCell(organism_identifier = '6072',
list_sl_colors = list("SL0312" = "#579BB1", "SL0173" = "#58287F", "SL0092" = "#FBC252"))
4.3 示例三
最后再畫個神經(jīng)元，我們標記一下髓鞘纪蜒，細胞核和高爾基體此叠。??
drawCell(organism_identifier = '6072',
list_sl_colors = list("SL0176" = "#C0DEFF", "SL0191" = "#2B3467", "SL0135" = "#FAAB78"))
補充一下
5.1 物種ID
大家在尋找你需要的物種時随珠，可能不知道對應(yīng)的代號是什么猬错，其實這個是基于taxonomy id，大家可以在下面這里查到：??
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/
5.2 亞細胞結(jié)構(gòu)ID
對于需要標記的亞細胞結(jié)構(gòu)显沈，如細胞核逢唤，線粒體等，對應(yīng)的SL codes可以在這里Uniprot和uniprotkb_sl2go找到：??
1?? https://www.uniprot.org/help?query=subcell
2?? http://current.geneontology.org/ontology/external2go/uniprotkb_sl2go
<center>最后祝大家早日不卷!~</center>
點個在看吧各位~ ?.???? ??? ?
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