對(duì)于通路分析結(jié)果的可視化而言席覆，最常用的展現(xiàn)方式就是在通路中高亮顯示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在線服務(wù)，可以方便的完成這一任務(wù)晦嵌。
網(wǎng)址如下：
這個(gè)工具使用比較簡(jiǎn)單，分為4步：
在
Select KEGG pathway map輸入框中輸入想要標(biāo)記的pathway ID ;在
Enter data中輸入需要標(biāo)記的基因和對(duì)應(yīng)的信息，或者通過選擇文件按鈕惭载，上傳對(duì)應(yīng)的文件旱函；在
Option中選擇和上一步輸入的文件格式相匹配的操作；點(diǎn)擊
Exec按鈕描滔，提交任務(wù)陡舅；
從上面的截圖可以看出，這個(gè)工具提供了3種標(biāo)記方式 伴挚，下面我們以hsa05200這條通路為例靶衍，看下實(shí)際用法
用指定顏色標(biāo)記基因
輸入文件的格式如下：
第一列為需要標(biāo)記的基因或者KO，其他列為對(duì)應(yīng)的前景色和背景色茎芋，背景色簡(jiǎn)單理解就是方框的填充色颅眶，前景色就是邊框和文字的顏色。
每一列之間用\t分隔田弥，指定顏色的時(shí)候涛酗，可以有兩種寫法，第一種寫法一列只有一個(gè)顏色偷厦，代表該顏色為背景色商叹， 比如1630 blue；第二種寫法一列有兩種顏色只泼，兩種顏色用逗號(hào),連接剖笙，則第一種顏色為背景色，第二種顏色為前景色请唱，比如1630 blue,red弥咪。指定顏色時(shí)，可以用常用的顏色名稱十绑，也可以是十六進(jìn)制的代碼聚至，注意必須要有#開頭的注釋行，為每一列指定一個(gè)名稱本橙，這個(gè)名稱是可以自己定義的扳躬。
示例：
#hsa highlight
1630 blue,red
836 blue
842 #00cc33
26060 #ff3366
999 #3366ff
標(biāo)記的效果圖如下：
用基因表達(dá)量標(biāo)記基因
當(dāng)使用基因表達(dá)量時(shí)，需要指定一個(gè)顏色范圍甚亭，將數(shù)值映射到該顏色范圍中去贷币，適合展示表達(dá)量上的漸變關(guān)系。
輸入文件一共兩列狂鞋，第一列為基因ID,第二列為基因的表達(dá)量（當(dāng)然片择，這里的表達(dá)量可以是任何的數(shù)值，只要是你想要表示的數(shù)據(jù)即可骚揍，比如基因的長(zhǎng)度字管，folg change 數(shù)值都可以）啰挪，也是必須有#開頭的表頭
示例
#hsa count
hsa:25 678
hsa:861 26
hsa:867 13
標(biāo)記的效果圖如下
采用barplot 的形式表示基因
輸入文件格式和第二種方法完全相同，最后會(huì)輸出一個(gè)網(wǎng)頁(yè)嘲叔，將數(shù)值的轉(zhuǎn)換為柱子的高度亡呵， 示意圖如下：
總結(jié)
通過
color pathway, 我們可以有多種方式在通路圖中標(biāo)記我們的基因，可以直接指定顏色硫戈，也可以將表達(dá)量等數(shù)值信息映射到圖中锰什。對(duì)于每種輸入格式，必須要有
#開頭的注釋行丁逝。color pathway一次只可以標(biāo)記1張通路圖汁胆，不適合大規(guī)模的標(biāo)記。
