表觀基因組關(guān)聯(lián)分析（Epigenome-wide Association Study噪矛，EWAS）量蕊，即基于全基因組范圍尋找組間的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記的差別或特征，是研究復(fù)雜疾病遺傳學(xué)基礎(chǔ)的一種有效方法摩疑。來自哈爾濱醫(yī)科大學(xué)的研究人員開發(fā)了一個(gè)綜合性的EWAS數(shù)據(jù)庫：EWASdb危融，為疾病/表型的表觀遺傳學(xué)研究提供便捷的數(shù)據(jù)資源。其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic acids research》雷袋。
EWASdb存儲(chǔ)了EWASs DNA甲基化的表觀遺傳關(guān)聯(lián)結(jié)果吉殃。目前的版本中辞居，其已經(jīng)管理了1319個(gè)EWASs，與302種疾病/表型相關(guān)蛋勺。
為什么要構(gòu)建EWASdb瓦灶？
EWASs的結(jié)果缺乏專業(yè)數(shù)據(jù)庫存檔
DNA甲基化在調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)方面起著關(guān)鍵作用，參與了人類發(fā)育抱完、衰老贼陶、基因組印記和抑癌基因失活等多種關(guān)鍵生物學(xué)過程。EWAS為復(fù)雜疾病或表型的研究提供了有效手段巧娱。然而碉怔，并沒有一個(gè)完整的數(shù)據(jù)庫來存檔EWASs的結(jié)果。
EWASdb存儲(chǔ)了EWASs DNA甲基化的表觀遺傳關(guān)聯(lián)結(jié)果禁添，可用于查詢復(fù)雜疾病或表型顯著相關(guān)的DNA甲基化標(biāo)記撮胧、基因、KEGG通路和GO分類老翘。
EWASdb能做什么芹啥？
查詢功能
模塊一：EWAS for single marker ?
在這個(gè)搜索模塊中，EWASdb提供了五種不同的方法來搜索與疾病/表型相關(guān)的單個(gè)DNA甲基化標(biāo)記的詳細(xì)信息：1）疾病名稱/表型铺峭；2）EWAS ID：可以輸入從EWAS1到EWAS1319的任何條目墓怀；3）基因名稱；4）
CpG位點(diǎn)編號(hào)：cg#卫键；5）染色體區(qū)域位置：chr#傀履。
操作示例：以膠質(zhì)瘤為例，Search by disease/phenotype輸入glioma永罚，即可得到與膠質(zhì)瘤相關(guān)的DNA甲基化標(biāo)記列表啤呼，點(diǎn)擊EWAS ID可得到每個(gè)EWAS的詳細(xì)信息。
模塊二：EWAS for KEGG Pathway ?
在這個(gè)搜索模塊中呢袱，用戶可使用單一條件搜索（KEGG ID、KEGG名稱翅敌、EWAS ID）或多條件搜索（KEGG ID/KEGG名稱+EWAS ID）羞福， 獲取涉及該通路的EWASs詳細(xì)信息。
操作示例：以半乳糖代謝為例蚯涮，Search by KEGG_Name輸入Galactose metabolism治专，即可獲取涉及該通路的EWASs列表，點(diǎn)擊EWAS ID可得到每個(gè)EWAS的詳細(xì)信息遭顶。
模塊三：EWAS for GO Category ??
在這個(gè)搜索模塊中张峰，用戶可使用單一條件搜索（GO分類名稱、GO分類ID棒旗、EWAS ID）或多條件搜索（GO分類名稱/GO分類ID+EWAS ID）喘批， 獲取與該GO分類相關(guān)的EWASs詳細(xì)信息。
操作示例：以線粒體基因組維護(hù)為例，Search by GO_Term_Name輸入Mitochondrial genome maintenance饶深，即可得到與該GO分類相關(guān)的EWASs列表餐曹，點(diǎn)擊EWAS ID可得到每個(gè)EWAS的詳細(xì)信息。
瀏覽和下載功能
EWASdb允許用戶按照類別或按照字母瀏覽數(shù)據(jù)敌厘，其中類別子頁面中包含7個(gè)大類302個(gè)子分類
所有數(shù)據(jù)都可以從“下載”頁面免費(fèi)下載台猴。
用戶還可以點(diǎn)擊“EWAS軟件”下載EWAS v2.0分析自己的數(shù)據(jù)。
EWASdb訪問地址：http://www.ewas.org.cn/ewasdb
首發(fā)公號(hào)：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺(tái)
參考文獻(xiàn)
Di liu, Linna Zhao, Zhaoyang Wang, et al. EWASdb: epigenome-wide association study database[J]. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D989-D993..
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