將prmtop和dcd軌跡導入vmd中国觉，隨后用vmd生成每一幀的PDB文件
pbc wrap -centersel "protein" -center com -compound residue -all
set ref [atomselect top backbone frame 0]
set sel [atomselect 0 backbone]
set prot [atomselect 0 protein]
set n [molinfo 0 get numframes]
for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } {
????$sel frame $i
? ? $prot frame $i
? ? $prot move [measure fit $sel $ref]
? ? $prot writepdb ./$i.pdb
}
quit
此tcl腳本可用于將每一幀的構(gòu)象與初始時刻的構(gòu)象align，并生成每一幀的PDB文件。如果不進行align，則為斜體部分。
