在前面的文章中舱馅，我們介紹了RNAmmer這款rRNA預測軟件，這個軟件只有大學和科研機構的用戶可以免費使用刀荒。本著開源的精神代嗤，有個科研團隊開發(fā)了barrnap這款軟件，完全開源免費缠借，github鏈接如下
https://github.com/tseemann/barrnap
該軟件支持以下類型的rRNA的預測
bacteria (5S,23S,16S),
archaea (5S,5.8S,23S,16S),
metazoan mitochondria (12S,16S)
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eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)
和RNAmmer相比干毅，除了基礎的細菌，古菌烈炭，真核生物外溶锭，新增了線粒體生的rRNA預測宝恶。
該軟件采用perl語言開發(fā)符隙，依賴nhmmer和bedtools,安裝過程如下
git clone https://github.com/tseemann/barrnap通過git將源代碼下載到本地即可，在bin目錄下垫毙，就是可執(zhí)行程序霹疫。需要注意的是，要確保nhmmer和bedtools這兩個軟件已經(jīng)安裝综芥，并且將對應的路徑添加到PATH環(huán)境變量中丽蝎。
軟件的基本用法如下
barrnap --kingdom bac ?--threads 8 --quiet small.fna ?> rRNA.gff3--kingdom參數(shù)指定物種類型，bac代表細菌膀藐，arc代表古菌屠阻，euk代表真核生物，mito代表后生動物線粒體额各；--threads指定并行的線程數(shù)国觉。
預測結果以GFF3格式保存，示例如下
