主要參考 祝讓飛 的文章及 Tufts 網(wǎng)站中的信息慎宾，特此致謝狡汉。
首先放一張測(cè)序示意圖，在DNA片段兩端所加的序列即接頭序列瀑罗，也就是我們今天要講述的主角胸嘴。
1 基本概念
1.1 adapter
接頭，為一段已知的短核苷酸序列斩祭，用于鏈接未知的目標(biāo)測(cè)序片段
1.2 index或barcode
幾個(gè)堿基組成的寡核苷酸鏈劣像，用于在混合測(cè)序時(shí)，區(qū)分不同樣本
1.3 insert
待測(cè)序的目標(biāo)序列摧玫，位于兩個(gè)adapter之間
測(cè)序片段包括幾個(gè)部分：universal_adapter-insert-indexed_adapter耳奕。
測(cè)序由5'端開(kāi)始，最開(kāi)始的幾個(gè)堿基無(wú)法測(cè)得诬像，第一個(gè)adapter在數(shù)據(jù)輸出時(shí)去除屋群，由于測(cè)序讀長(zhǎng)的限制，第二個(gè)adapter通常測(cè)不到坏挠。
但是如果插入片段本身較短芍躏，測(cè)序會(huì)測(cè)穿，即會(huì)得到 insert-部分adapter 這樣的read降狠，這里的adapter便是我們常常提到的需要去除的接頭部分对竣。
2 序列信息
2.1 接頭序列（示例）
universal adapter:
5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’
indexed adapter:
5’-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC(barcode)ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’
仔細(xì)看上面這對(duì)接頭序列，universal adapter的3'末端的T與待測(cè)片段新增的A配對(duì)榜配，那么剩余序列的反向互補(bǔ)鏈為
GATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT
與 indexed adapter 的前面12個(gè)堿基一致
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC否纬，即兩段接頭序列部分互補(bǔ)，形成Y型的結(jié)構(gòu)芥牌。
2.2 index序列
可根據(jù)fastq序列中的信息獲取
@HWI-ST1276:71:C1162ACXX:1:1101:1208:2458 1:N:0:CGATGT
fastq的格式信息不再贅述烦味，第一行最末的 CGATGT 即本次測(cè)序所使用的index。
3 去接頭的軟件
常見(jiàn)的相關(guān)軟件包括 Trimmomatic壁拉、cutadapt谬俄、fastx_toolkit、fastp 等弃理。
關(guān)于Trimmomatic的使用溃论，可以參見(jiàn)wangpeng905的文章，介紹很全面痘昌。
