今天的推文繼續(xù)學(xué)習(xí)A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19論文中的代碼袄友。今天推文的主要內(nèi)容是介紹如何使用R語言繪制散點(diǎn)圖并且添加擬合曲線和置信區(qū)間

這篇論文是在簡書 土豆學(xué)生信 分享的內(nèi)容看到的秧廉。簡書的鏈接是 http://www.reibang.com/p/bbf9cb13b41a

論文是

image.png

論文對應(yīng)的代碼是公開的 https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVID

image.png

今天重復(fù)的內(nèi)容是論文中的 補(bǔ)充材料Fig9 小提琴圖

image.png

數(shù)據(jù)格式如下

image.png

需要示例數(shù)據(jù)可以直接在文末留言

首先是讀入數(shù)據(jù)

df<-read.csv("Single_Cell/violineplot-1.csv",header=T)
colnames(df)
head(df)

最基本的小提琴圖

library(ggplot2)
#help(package="ggplot2")
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()

image.png

更改主題設(shè)置擂找，包括

• 去掉灰色背景
• 去掉網(wǎng)格線
• 添加坐標(biāo)軸的線

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())

image.png

將x軸文字標(biāo)簽更改為垂直

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))

image.png

更改坐標(biāo)軸的標(biāo)題，并給整幅圖添加一個標(biāo)題

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")

image.png

填充顏色

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")

image.png

疊加散點(diǎn)圖

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")+
  geom_jitter(size=0.5)

image.png

這樣的話論文中的圖就復(fù)現(xiàn)出來了溉瓶。上圖疊加的散點(diǎn)圖是矩形的，最近看到一個函數(shù)geom_sina()可以讓散點(diǎn)圖也以小提琴的形狀顯示，我們試一下用這個函數(shù)的效果唬渗，這個函數(shù)來自ggforce這個包典阵，使用前需要先加載

library(ggforce)
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")+
  geom_sina(size=0.1,alpha=0.2)

image.png

這樣看起來比論文中的圖好像好看一點(diǎn)

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