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Linux學(xué)習(xí)筆記
《Linux命令行與shell腳本編程大全》第11章筆記（上）
《Linux命令行與shell腳本編程大全》第11章筆記（下）
結(jié)構(gòu)化命令 之 if-then绿渣； if-then-else語(yǔ)句
結(jié)構(gòu)化命令 之 test命令(長(zhǎng)文慎入）
結(jié)構(gòu)化命令 之 復(fù)合條件測(cè)試
結(jié)構(gòu)化命令 之 if-then高級(jí)特性
結(jié)構(gòu)化命令 之 case命令
結(jié)構(gòu)化命令 之 for命令
結(jié)構(gòu)化命令 之 while命令
結(jié)構(gòu)化命令 之 until命令
結(jié)構(gòu)化命令 之 嵌套循環(huán)
控制循環(huán)
處理循環(huán)的輸出
shell腳本編程--處理用戶輸入
如何使用服務(wù)器下載和處理文件/以及傳輸文件至本地文件夾
利用TrimGalore去除adapter以及過(guò)濾fastq文件
更改Putty主題背景
如何根據(jù)染色體坐標(biāo)批量提取對(duì)應(yīng)的DNA序列（bedtools）
計(jì)算bam文件中比對(duì)上基因組的reads以及合并多個(gè)bam文件
file命令睡蟋，find命令
怎么在linux里訪問(wèn)U盤(pán)里的數(shù)據(jù)
輸入/輸出/重定向
R學(xué)習(xí)筆記
如何在散點(diǎn)圖里添加特定標(biāo)簽
如何修改操作系統(tǒng)分配給R的內(nèi)存上限
用R畫(huà)Circular barplot圖（環(huán)狀柱形圖）
用R畫(huà)弧形圖（Arc Diagram）
GENIE3——一款預(yù)測(cè)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的R包
RNA-seq的差異基因除了熱圖/火山圖，你還可以如何展示舞竿？
RCircos包的使用
洛克菲勒大學(xué)2021年生信課1：Introduction to R, session 1
洛克菲勒大學(xué)2021年生信課2：Introduction to R, session 2
python學(xué)習(xí)筆記
學(xué)習(xí)Python:最開(kāi)始的開(kāi)始（入門(mén)教程+軟件安裝）
Biopython學(xué)習(xí)筆記（一）
Biopython學(xué)習(xí)筆記（二）序列的分析
Biopython學(xué)習(xí)筆記（三）Blast
Biopython學(xué)習(xí)筆記（四）訪問(wèn)NCBI Entrez數(shù)據(jù)庫(kù)
利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析（一）預(yù)處理和聚類(lèi)
利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析（二）軌跡推斷
利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析（三）Marker基因的可視化
ipython的初步了解
Numpy筆記（NumPy ndarray）
Numpy筆記（Transposing Arrays）
Numpy筆記(File Input and Output with Arrays)
pandas筆記（pandas Data Structures）
pandas筆記（Essential Functionality）
pandas筆記（Summarizing and Computing Descriptive Statistics）
pandas筆記（Handling Missing Data）
pandas筆記(Data Transformation)
python可視化：matplotlib學(xué)習(xí)筆記
python可視化：Plotting with pandas and seaborn
python筆記：Functions
python筆記：將function儲(chǔ)存在module里
python筆記：Class（類(lèi)）
python筆記：打開(kāi)/訪問(wèn)文件
perl學(xué)習(xí)筆記
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（1）第二章Scalar Data
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（2）第三章Lists and Arrays
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（3）第四章：子程序
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（4）第五章 Input and Output
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（5）第六章 Hashes
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（6）第七章 正則表達(dá)式
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（7）第八章 使用正則表達(dá)式進(jìn)行matching
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（8）第九章 Processing Text with Regular Expressions
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（9）：Strings and Sorting
circos軟件使用初探
circos軟件學(xué)習(xí)筆記：語(yǔ)法搀捷、顏色、字體和文件格式
circos軟件學(xué)習(xí)筆記：添加刻度
circos軟件學(xué)習(xí)筆記：更改染色體的比例其馏、顏色凤跑、方向
circos軟件學(xué)習(xí)筆記：在圓圈里添加lines（interaction）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記
RNA-seq練習(xí) 第一部分（原始數(shù)據(jù)下載，提取fastq文件叛复，fastqc質(zhì)控）
RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載仔引，注釋文件下載，索引下載褐奥，比對(duì)咖耘，比對(duì)質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)，輸出count矩陣文件）
RNA-seq練習(xí) 第三部分（DEseq2篩選差異表達(dá)基因,可視化）
理解SAM文件格式以及過(guò)濾sam文件
GSEA學(xué)習(xí)筆記
幾種標(biāo)準(zhǔn)化方法的學(xué)習(xí)筆記
比對(duì)軟件STAR的使用
ChIP-seq & ATAC-seq筆記
ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)
ChIP-seq實(shí)踐（非轉(zhuǎn)錄因子撬码，非組蛋白）
在IGV里同時(shí)查看多個(gè)region/gene
ATAC-seq分析練習(xí)
結(jié)合CHIP-seq和ATAC-seq結(jié)果進(jìn)行分析
GREAT網(wǎng)頁(yè)版學(xué)習(xí)筆記（預(yù)測(cè)順式調(diào)控元件）
使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析
用MEME-CHIP預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合
利用HOMER預(yù)測(cè)目標(biāo)序列的motif（從運(yùn)行程序到結(jié)果解讀儿倒，以及注意事項(xiàng)）
Motif scanning tool: FIMO（在線版分析筆記）
如何提取ATAC-seq數(shù)據(jù)的差異peaks?（DiffBind包的使用）
shadow enhancers
CUT&Tag學(xué)習(xí)筆記
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（3）
Hi-C學(xué)習(xí)筆記
Hi-C技術(shù)的初步了解
Hi-C分析練習(xí)（從fastq文件到contact矩陣）
Hi-C分析練習(xí)（從cool文件到可視化熱圖）
甲基化測(cè)序分析學(xué)習(xí)筆記
陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)記錄--甲基化測(cè)序
Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（一）數(shù)據(jù)預(yù)處理
Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（二）甲基化信息提取以及文件解讀
WGBS vs RRBS
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記
單細(xì)胞RNA-seq入門(mén)文獻(xiàn)學(xué)習(xí)
單細(xì)胞測(cè)序?qū)崙?zhàn)（第一部分）
單細(xì)胞測(cè)序?qū)崙?zhàn)（第二部分）
單細(xì)胞測(cè)序?qū)崙?zhàn)（第三部分）
(Smartseq2) single cell RNA-seq分析練習(xí)
10×單細(xì)胞測(cè)序分析練習(xí)（一）
10×單細(xì)胞測(cè)序分析練習(xí)（二）
單細(xì)胞測(cè)序分析之Monocle2包學(xué)習(xí)筆記
單細(xì)胞測(cè)序分析之Seurat（3.0）包學(xué)習(xí)筆記
單細(xì)胞測(cè)序分析之scater包學(xué)習(xí)筆記
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（一）
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（二）
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（三）
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（四、五）
單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)整合練習(xí)（詳細(xì)代碼）
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（六）
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（七）
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（八）
Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（九：空間轉(zhuǎn)錄組）
單細(xì)胞軌跡推斷（Trajectory inference）分析（詳細(xì)代碼）
RNA velocity of single cells文獻(xiàn)學(xué)習(xí)
RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理
RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝
RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom文件
RNA velocity分析練習(xí)（四）聚類(lèi)以及velocity可視化
cellranger使用的初步探索（1）
cellranger使用的初步探索（2）理解cellranger count輸出文件
cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr
cellranger使用的初步探索（4）：R讀取cellranger的輸出文件
單細(xì)胞ATAC-seq學(xué)習(xí)筆記
Single-Cell ATAC-Seq的初步了解
scATAC-seq數(shù)據(jù)分析練習(xí)（成年小鼠大腦組織）
[scATAC-seq]利用Monocle3構(gòu)建細(xì)胞“軌跡”
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記2:基于ArchR推測(cè)Doublet
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記3:創(chuàng)建ArchRProject
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記4:ArchR的降維
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記5:ArchR的聚類(lèi)
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記6:單細(xì)胞嵌入（Single-cell Embeddings）
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記7:ArchR的基因評(píng)分和Marker基因
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記8:定義與scRNA-seq一致的聚類(lèi)
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記9:ArchR的偽批量重復(fù)
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記10:ArchR的call peak
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記11:鑒定Marker峰
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記12:Motif和Feature富集
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記13:ChromVAR偏差富集
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記14:ArchR的Footprinting分析
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記15:ArchR的整合分析
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記16（上）:ArchR的軌跡推斷分析
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記16（下）:ArchR的軌跡推斷分析
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí)筆記
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的初次了解
如何批量下載TCGA里的數(shù)據(jù)（gdc-client方法）
利用R包TCGAbiolinks進(jìn)行各種數(shù)據(jù)下載
TCGA的差異基因分析
整合gdc-client批量下載的文件
如何把從TCGA下載的HTseq count轉(zhuǎn)換成FPKM
如何生成WGCNA分析所需的臨床表型信息
WGCNA學(xué)習(xí)筆記
TCGA數(shù)據(jù)生存分析
TCGA甲基化數(shù)據(jù)下載以及相關(guān)臨床信息整理
TCGA甲基化數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和差異分析（使用ChAMP包）
如何將WGCNA導(dǎo)出的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化（cytoscape軟件的使用）
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)MAF文件的分析以及可視化（maftools包的使用）
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)copy number variation數(shù)據(jù)分析（第一部分：從數(shù)據(jù)下載到GISTIC輸出文件）
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)copy number variation數(shù)據(jù)分析（第二部分：利用maftools進(jìn)行可視化）
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí)筆記
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀任匦Α）
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（ID轉(zhuǎn)換）
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（了解你的表達(dá)矩陣）
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（差異分析夫否、可視化、GSEA）
cBioPortal數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí)筆記
cBioPortal學(xué)習(xí)筆記（1）
cBioPortal學(xué)習(xí)筆記（2）
WGS學(xué)習(xí)筆記
GATK的初次了解
GATK官網(wǎng)學(xué)習(xí)筆記Data pre-processing for variant discovery
Broad Institute視頻筆記 Introduction to High-throughput Sequencing Data
Broad Institute視頻筆記Introduction to Data Preprocessing
Broad Institute視頻筆記 Introduction to Variant Discovery
Broad Institute視頻筆記Introduction to Germline Variant Discovery
Broad Institute視頻筆記Introduction to Somatic Variant Discovery
Broad Institue視頻筆記：Variant Calling with HaplotypeCaller
Broad Institute視頻筆記Hello World WDL Tutorial
Broad Institute視頻筆記Run Haplotypecaller（WDL+Cromwell）
文獻(xiàn)閱讀筆記
增強(qiáng)子和啟動(dòng)子真的是兩種完全不同的調(diào)控元件嗎叫胁？【Nature Reviews Genetics】文獻(xiàn)閱讀
TT-seq文獻(xiàn)閱讀(TT-seq maps the human transient transcriptome)
eRNA文獻(xiàn)閱讀
PRO-seq文獻(xiàn)閱讀
增強(qiáng)子(enhancer)靶向表觀基因組編輯技術(shù)enCRISPRa和enCRISPRi文獻(xiàn)學(xué)習(xí)
CROP-seq文獻(xiàn)學(xué)習(xí)（CRISPR液滴測(cè)序）
SMRT測(cè)序文獻(xiàn)閱讀筆記
文獻(xiàn)閱讀筆記：CUT&RUN
文獻(xiàn)閱讀筆記：CUT&Tag
文獻(xiàn)閱讀Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor
文獻(xiàn)閱讀：細(xì)胞異質(zhì)性的表觀遺傳學(xué)基礎(chǔ)
【文獻(xiàn)筆記】DNA凰慈，RNA以及組蛋白的甲基化在衰老和腫瘤中的作用
StatQuest視頻學(xué)習(xí)筆記
StatQuest——生物信息相關(guān)原理的入門(mén)系列(一)
StatQuest——生物信息相關(guān)原理的入門(mén)系列(二)
StatQuest（PCA系列）step by step為你解釋PCA的那些事兒
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StatQuest——Hierarchical Clustering學(xué)習(xí)筆記
StatQuest——K-means到底是什么？
StatQuest-你想很輕松的理解Covariance和Correlation嗎?(Part 1)
StatQuest-你想很輕松的理解Covariance和Correlation嗎?(Part 2)
Epigenetics筆記
Epigenetics筆記一：Writers, Readers, Erasers
Epigenetics文獻(xiàn)學(xué)習(xí)：Regulation of chromatin by histone modifications
Epigenetics文獻(xiàn)學(xué)習(xí)：染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域
Epigenetics文獻(xiàn)閱讀：The molecular hallmarks of epigenetic control
Epigenetics文獻(xiàn)學(xué)習(xí)：Writing, erasing and reading histone lysine methylation
Epigenetics文獻(xiàn)學(xué)習(xí)：Histone H3突變的致癌機(jī)制
Epigenetics文獻(xiàn)學(xué)習(xí)：組蛋白標(biāo)記在控制轉(zhuǎn)錄周期中的功能作用
SWI/SNF復(fù)合體在腫瘤里的作用
新英格蘭醫(yī)學(xué)：癌癥的表觀遺傳治療
NATURE:組蛋白標(biāo)記H3K36me2招募DNMT3A并調(diào)節(jié)基因間DNA甲基化分布
NATURE:基因-環(huán)境協(xié)同誘導(dǎo)的表觀遺傳程序起始腫瘤發(fā)生
NATURE:組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶NSD3異惩斩欤活化可誘導(dǎo)肺鱗狀細(xì)胞癌的發(fā)生
NATURE:組蛋白變體在調(diào)節(jié)染色質(zhì)組織和功能中的作用
Nature Reviews Cancer:實(shí)體瘤"劫持"組蛋白變體互作網(wǎng)絡(luò)
Nature Reviews Genetics：3D基因組組織工程
NCB: 核纖層的功能機(jī)制與異常
CUT&RUN實(shí)驗(yàn)原理和步驟
【Nature Review Cancer】癌癥中染色質(zhì)修飾的“l(fā)anguage”
