不知不覺已經(jīng)進入第3天的學(xué)習計劃了艰山，本節(jié)課主要內(nèi)容為conda工具安裝軟件湖雹，話不多說，現(xiàn)在就讓我們開始吧曙搬！
什么是conda
先引用生信星球的通俗解釋
- 簡單介紹一下歷史知識
conda是大Boss摔吏，最初為管理python包而建立，它是一個大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器纵装。
anaconda是總管征讲，職務(wù)比conda低，但干的活不少橡娄，也是個有內(nèi)涵的家伙
miniconda是區(qū)域經(jīng)理诗箍，說白了就是干事的，而且比較專一挽唉，主要負責生信領(lǐng)域
可見conda更像是一個軟件庫滤祖，正如花花所說其實就是linux的app store；
而其中miniconda就是為生信領(lǐng)域服務(wù)的瓶籽，所以此次也是以miniconda為例匠童。
下載miniconda
這是為后續(xù)安裝軟件做準備工作：
清華鏡像網(wǎng)站
通過鏡像網(wǎng)站可以找到需要的miniconda（國內(nèi)的鏡像速度還是挺快的）
連接好服務(wù)器后輸入命令 uname -a（查看服務(wù)器位數(shù)）
找到最新版本（latest，以“.sh”為結(jié)尾的）
復(fù)制下載鏈接
wget命令用以下載miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh然后開始安裝塑顺，中間按提示完成操作汤求，如按Enter俏险，或輸入yes。（一路enter/yes就好）
安裝后需要輸入source ~/.bashrc來激活conda
然后執(zhí)行conda扬绪，會顯示相應(yīng)信息竖独。
下載軟件
先添加鏡像(感謝生信星球豆花兩位前輩的指導(dǎo)！)：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda list可以查看軟件列表
conda search 軟件名搜索想要下載的軟件
conda install fastqc -y自動安裝軟件（以fastqc為例）
conda remove fastqc -y刪除軟件（與windows卸載一樣）
conda環(huán)境
我們可以按照自己不同的需求挤牛，建立不同的conda環(huán)境莹痢，這樣方便我們的使用。
conda info --envs:查看當前conda環(huán)境數(shù)量
conda creat -n rna-seq python=3 trimmomatic:建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境赊颠，然后指定python版本是3格二，安裝軟件fastqc、trimmomatic竣蹦。
activate conda rna-seq:激活環(huán)境
輸入軟件名如fastqc會顯示該軟件的信息顶猜，表明可以使用。
環(huán)境的存在是為了便于彼此獨立地進行不同生信項目痘括，不用反復(fù)安裝及卸載還是很方便的长窄！
今天的軟件安裝的學(xué)習就先到這了，堅持下去纲菌，還需繼續(xù)加油澳尤铡！
