參考QIIME 2用戶文檔. 01簡(jiǎn)介和安裝 Introduction & Install(2020.2)
1. 下載并安裝MiniConda2
下載最新版miniconda2
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
運(yùn)行安裝程序
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
刪除安裝程序，下次你會(huì)下載新版
rm Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
添加常用下載頻道
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
添加清華鏡像加速下載
site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
conda config --add channels {site}/pkgs/main/
conda config --add channels {site}/pkgs/r/
conda config --add channels {site}/cloud/msys2/
conda config --add channels {site}/cloud/pytorch/
升級(jí)conda及相關(guān)程序
conda update conda
安裝下載工具
conda install -y wget
2. conda環(huán)境安裝QIIME 2
mkdir -p 2020.2 && cd 2020.2
下載軟件安裝列表
wget -c https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml （一般無(wú)法下載，手動(dòng)下載后上傳）
創(chuàng)建虛擬環(huán)境并安裝qiime2艇棕，防止影響其它己安裝軟件
time conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
刪除軟件列表
rm qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
3. QIIME 2環(huán)境的啟動(dòng)
下面我們進(jìn)入虛擬環(huán)境，
如果想不起來(lái)你建議的虛擬環(huán)境名稱(chēng)旅赢，用如下命令查看：
conda info --envs
激活工作環(huán)境，命令如下：
conda activate qiime2-2020.2
測(cè)試安裝是否成功
qiime --help
QIIME 2運(yùn)行成功橘荠，顯示如下幫助信息：
Usage: qiime [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
QIIME 2 command-line interface (q2cli)
....
Commands:
info Display information about current deployment.
......
關(guān)閉工作環(huán)境
conda deactivate
不用QIIME 2時(shí)關(guān)閉環(huán)境雪侥，不然你其它程序可能找不到或運(yùn)行可能會(huì)出錯(cuò)
