在本文中捧存，我們嘗試模仿繪制文獻中的Figure 2a，所選文獻為J. Med. Chem. 2016, 59, 4087?4102鹰霍，原圖如下所示：
image
本例中使用的PDB code: 3oc0
首先加載大分子，使用fetch命令可直接從PDB數(shù)據(jù)庫下載。為了方便操作迈窟，我們先把大分子和小分子分成兩個對象保存：
fetch 3oc0
create lig, /3oc0/G/A/900
remove /3oc0/G/A/900
現(xiàn)在就可以看到兩個對象，一個是除去配體的大分子忌栅，另一個是小分子：
image
改變大分子和配體的顯示樣式：
bg white //背景改為白色
as surface, 3oc0 //顯示大分子表面
color white, 3oc0 //將顏色改為白色
set transparency, 0.5 //設(shè)置透明度為50%
點擊右側(cè)控制臺的lig對象的C項车酣，選擇by element，碳原子為cyan索绪。
image
將我們需要的氨基酸殘基復(fù)制到新對象中
create residues, (3oc0 in resi 205+206+631+656+659+662+666)
此處resi意為residue identifier湖员，即殘基的編號。
改變殘基顯示樣式
as sticks, residues
與lig相同瑞驱，顏色選擇by element娘摔，不過這次的碳原子選green。
image
現(xiàn)在你可以看到唤反，已經(jīng)有文獻里圖片的內(nèi)味了凳寺。
文獻中的殘基要比默認(rèn)值更細(xì)，接下來修改粗細(xì)：
set_bond stick_radius, 0.1, residues
顯示氫鍵：可以看到拴袭，文獻中的圖片只有一個氨基的氫鍵顯示了出來读第，因此我們需要按住control鍵，再用鼠標(biāo)中鍵單機該氮原子拥刻，現(xiàn)在右側(cè)可以看到(pk1)對象怜瞒，在其A項中選擇find -> polar contacts -> to any atoms
image
修改氫鍵樣式：在上方菜單欄選擇Setting -> Edit All，輸入dash般哼，將dash_color修改為red吴汪，按回車鍵確認(rèn)修改。
image
最后將視圖調(diào)整到合適的位置蒸眠，就可以渲染輸出了：
set_view (\
0.596928358, 0.462212354, 0.655772686,\
0.506054461, -0.851173997, 0.139291167,\
0.622557700, 0.248710677, -0.742000937,\
-0.000598469, 0.000388961, -60.677524567,\
54.435737610, 52.480457306, 29.589189529,\
57.677524567, 549.791076660, 20.000000000 )
ray 1200,800
png Figure1.png
最終效果
