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IMGT/HLA 數(shù)據(jù)庫收錄了HLA不同Allel 的序列信息筷弦,網(wǎng)址如下
https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/
最近更新日期為2018年7月11號,版本為3.33.0, 數(shù)據(jù)庫中收錄的信息如下
1. 數(shù)據(jù)概覽
數(shù)據(jù)庫中主要收錄了HLA I 型和II 型基因的Allel信息术唬,此外薪伏,還包含了一些非HLA基因的Allel
2. HLA I 型
對于HLA-I 型基因,包含了經(jīng)典的HLA-A, HLA-B, HLA-C 等基因粗仓,此外嫁怀,還有部分假基因
3. HLA II 型
HLA II 型基因主要包含了DR, DQ, DP, DO, DM系列基因
4.? 其他基因
包含了HFE
, MICA
, MICB
, TAP1
, TAP2
這幾個基因
對于不同的Allel, ?除了WHO委員會指定的標準命名外,還提供了一個HLA編號借浊,示意圖如下
在如下鏈接中塘淑,可以查看每個allel的詳細情況
https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/docs/version_r3330.html
帶下劃線的都是超鏈接,可以點擊查看詳細情況蚂斤。以A*01:01:01:14
為例存捺,詳細信息如下
該數(shù)據(jù)庫還提供了FTP服務(wù),用于下載不同Allel的基因或者蛋白序列,鏈接如下
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ipd/imgt/hla/
在FTP中,提供了fasta
, msf
, pir
等多種格式捌治,通常下載fasta就可以了岗钩,同時提供了dna, rna, protein 3個不同水平的序列
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