比對(duì)結(jié)束后僚祷，需要了解比對(duì)結(jié)果的情況酷师，可以采用samtools flagstat進(jìn)行統(tǒng)計(jì)
samtools flagstat統(tǒng)計(jì)bam文件比對(duì)后每一個(gè)參數(shù)的解釋如下：
14608455 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) ## reads總數(shù)
37967 + 0 secondary ##出現(xiàn)比對(duì)到參考基因組多個(gè)位置的reads數(shù)
0 + 0 supplementary ##可能存在嵌合的reads數(shù)
0 + 0 duplicates ##重復(fù)的reads數(shù)
14590894 + 0 mapped (99.88% : N/A) ##比對(duì)到參考基因組上的reads數(shù)
14570488 + 0 paired in sequencing ##屬于PE read的reads總數(shù)。
7285244 + 0 read1 ##PE read中Read 1 的reads 總數(shù)惜浅。
7285244 + 0 read2 ##PE read中Read 2 的reads 總數(shù)瘫辩。
14507068 + 0 properly paired (99.56% : N/A) ##完美比對(duì)的reads總數(shù)。PE兩端reads比對(duì)到同一條序列赡矢，且根據(jù)比對(duì)結(jié)果推斷的插入片段大小符合設(shè)置的閾值杭朱。
14551500 + 0 with itself and mate mapped ##PE兩端reads都比對(duì)上參考序列的reads總數(shù)。
1427 + 0 singletons (0.01% : N/A) ##PE兩端reads吹散，其中一端比上弧械，另一端沒比上的reads總數(shù)。
26260 + 0 with mate mapped to a different chr ##PE read中空民，兩端分別比對(duì)到兩條不同的序列的reads總數(shù)刃唐。
17346 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5) ##PE read中，兩端分別比對(duì)到兩條不同的序列界轩，且mapQ>=5的reads總數(shù)画饥。
如果有些結(jié)果全部為0，可以檢查一下是否對(duì)這些參數(shù)進(jìn)行標(biāo)記浊猾。比如標(biāo)記重復(fù)MarkDuplicates抖甘。
