之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站躏筏，一個(gè)是build2 怀骤；另一個(gè)是CLUE平臺(tái)魁兼。bulid2在cMAP在線分析——舊版build2的使用 那期已經(jīng)講解過典徊，今天就來簡(jiǎn)單介紹下CLUE平臺(tái)的使用颤专！由于CLUE平臺(tái)的功能很多寄啼，會(huì)分多期講解逮光。上一期cMAP新版clue的使用——Touchstone已經(jīng)簡(jiǎn)單介紹了Touchstone的操作方法，今天開始 Data Library的介紹墩划！
cMAP新版clue在線分析 涕刚，網(wǎng)站：https://clue.io/。
clue的主工具區(qū)（Tools）
今天主要介紹Data Library乙帮，該工具主要用于探索分析各個(gè)數(shù)據(jù)庫杜漠。
- 首先點(diǎn)擊Tools—Data Library，進(jìn)入如下界面察净，網(wǎng)站截至目前共收錄11個(gè)數(shù)據(jù)庫驾茴，共計(jì)501237條信息。
- 任選一個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行探索氢卡，這里以" CRCGN_ABC" 為例沟涨，該數(shù)據(jù)庫定位在致癌生物標(biāo)志物，點(diǎn)擊數(shù)據(jù)庫名稱异吻，
進(jìn)入以下詳情頁面裹赴，界面主要分三塊：1-CRCGN_ABC數(shù)據(jù)庫的總概；2-Analysis in clue具體的分析工具诀浪；3-Supporting Files棋返。
一、數(shù)據(jù)庫總概述
從這部分可以看到雷猪，CRCGN_ABC數(shù)據(jù)庫涉及500個(gè)Perturbagens睛竣，4個(gè)細(xì)胞系，6種劑量求摇，3個(gè)時(shí)間點(diǎn)射沟，3個(gè)重復(fù)殊者。具體情況可點(diǎn)擊Data table查看，這里就展示了CRCGN_ABC數(shù)據(jù)庫共計(jì)5996條表達(dá)譜信息验夯。接下來猖吴，可以選擇自己感興趣的表達(dá)譜或者選擇后創(chuàng)建list，然后點(diǎn)擊Go to anaysis進(jìn)一步分析挥转，界面向下跳至analysis in clue部分海蔽。
二、Analysis in CLUE
1-Touchstone connectivity
跳轉(zhuǎn)至分析部分绑谣，第一個(gè)就是Touchstone connectivity党窜，大家會(huì)發(fā)現(xiàn)上面選擇的4條記錄已經(jīng)自動(dòng)填充到"Choose a subset"區(qū)域，"Show summary results only"選擇與否看自己需求借宵，這里選上為節(jié)約時(shí)間幌衣。然后點(diǎn)擊VIEW IN ICV就可以只管查看這四條表達(dá)譜記錄與touchstone數(shù)據(jù)庫中表達(dá)譜的相似性(加載時(shí)間很長(zhǎng))。
2-Introspect analysis
還可以使用Introspect analysis查看ICV中的這些perturbagens如何相互連接（加載時(shí)間很長(zhǎng)）壤玫。
3-T-SNE
通過單擊t-SNE泼掠，您可以查看數(shù)據(jù)集整體的空間結(jié)構(gòu)，還可以按特定的字段進(jìn)行顏色和大小自定義顯示圖垦细。
4-Transcriptional Activity Score (TAS)
通過該分析可以查看所有表達(dá)譜記錄的TAS值择镇，該值代表該記錄是否被激活。一般情況下TAS值>0.2被認(rèn)為被激活括改∧逋悖可以對(duì)TAS設(shè)置閾值，標(biāo)記出閾值范圍內(nèi)的記錄嘱能。
在t-SNE和TAS分析中荸型，都可以將signature保存到列表中鞍历，以便以后進(jìn)行調(diào)查力试。比如對(duì)TAS高的一組signature感興趣毛仪，并且希望了解這些signature在Touchstone中與哪些擾動(dòng)相關(guān)。首先套索工具選擇這些signature对粪，然后將它們保存到列表中右冻。
最后，回到Data table著拭，點(diǎn)擊齒輪按鈕纱扭，然后選擇"Lists"。選擇相應(yīng)list儡遮，又可以輪回上面的分析內(nèi)容乳蛾。
4-PCA
同t-SNE比較類似，通過單擊PCA，可以查看數(shù)據(jù)集整體的空間結(jié)構(gòu)肃叶，也可以按特定的字段進(jìn)行顏色和大小自定義顯示圖蹂随。
三、Supporting Files
這部分是CRCGN_ABC數(shù)據(jù)庫的下載鏈接因惭，有需要下載需求的岳锁，可以自行下載。
最后衍生
Data Libray目前收錄有多個(gè)數(shù)據(jù)庫筛欢，如果這里面的數(shù)據(jù)庫都不能滿足分析需求浸锨。比如之前提到的：以CX3CR1+和CX3CR1-基因集為signature唇聘，60個(gè)單細(xì)胞表達(dá)譜為參考數(shù)據(jù)庫版姑，看CX3CR1+和CX3CR1-這組signature與60例單細(xì)胞數(shù)據(jù)的相似性，從而評(píng)估這些細(xì)胞的類型迟郎，哪些屬于CX3CR1+剥险，哪些屬于CX3CR1-？要完成這項(xiàng)分析宪肖，如何構(gòu)建60個(gè)細(xì)胞的參考數(shù)據(jù)庫表制？
經(jīng)查詢，CLUE平臺(tái)也可以支持外來數(shù)據(jù)控乾，具體方法見https://clue.io/connectopedia/data_library_manifest
最后么介，使用過程中有疑問的話，可直接參考幫助網(wǎng)頁：https://clue.io/connectopedia/
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